请教sobtop怎么产生ligand的参数文件

pkuchemistry · 发表于 Post on 2024-12-13 13:39:20

如图，用GMX处理蛋白-小分子复合物的时候，小分子摘出来，用sobtop进行处理产生相应gro, itp文件，但是没有教程上的prm文件，这部分没法像教程一样写进top文件里，请问这种sobtop处理的小分子的参数如何写入top文件呢？还是说不用添加prm那一行？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-13 14:39:48

gromacs框架下根本就没有叫prm文件的东西，若有某教程弄了个所谓的prm文件，那纯粹是那个人自己发明的，没有丝毫必要效仿。
另外，sobtop不直接支持产生兼容CHARMM力场的拓扑文件。sobtop产生GAFF力场的配体的拓扑文件结合AMBER力场描述蛋白质才是正途。

PS：北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）真正完整、系统、透彻讲怎么用GROMACS正确做模拟，把拓扑文件的所有知识要点都讲得极为清楚，并给了海量、十分清楚完整的例子，比看网上乱七八糟教程稀里糊涂学强百倍、少走无数弯路，也完全避免被误导的可能。培训里面也专门有蛋白质-配体复合物模拟的专题。

guoyingjie · 发表于 Post on 2024-12-15 16:35:06

请问你解决问题了吗？我也是按着教程做，但是没有配体的prm文件

Loading0760 · 发表于 Post on 2024-12-15 20:25:15

guoyingjie 发表于 2024-12-15 16:35
请问你解决问题了吗？我也是按着教程做，但是没有配体的prm文件

Gromcas根本就没有prm文件，prm是NAMD的参数文件。
详见，官网的手册中记载的支持的文件类型
https://manual.gromacs.org/2024. ... l/file-formats.html

pkuchemistry · 发表于 Post on 2024-12-15 22:56:59

Loading0760 发表于 2024-12-15 20:25
Gromcas根本就没有prm文件，prm是NAMD的参数文件。
详见，官网的手册中记载的支持的文件类型
https://m ...

谢谢友友！

pkuchemistry · 发表于 Post on 2024-12-15 22:57:30

guoyingjie 发表于 2024-12-15 16:35
请问你解决问题了吗？我也是按着教程做，但是没有配体的prm文件

如果你按教程可能有prm文件，如果你用sobtop程序生成，则不需要prm文件。

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