求助：纳米压痕模拟，如何创建虚拟刚性球形压头。

耿无敌 · 发表于 Post on 2022-11-8 01:08:50

目前正在进行通过反应力场对（金刚石-晶体纤维素）的纳米压痕模拟，在模拟过程中发现金刚石会与纤维素反应（图一），影响实验结果。
通过查找文献，发现一篇文章采用的时虚拟半球形压头（图二），想请教一下虚拟压头如何创建？或者是否有其他方法可以解决？

jrfjrf123 · 发表于 Post on 2022-11-8 13:20:40

不太清楚你用的模拟软件，
不过如果是lammps的话直接添加一个电荷为0，使用lj/expand势且只存在排斥势 (通过设置cutoff值) 的刚体球就不会有图一这种吸引的情况了

gromacs应该也可以实现，不过不知道怎么做

jrfjrf123 · 发表于 Post on 2022-11-8 13:21:00

不太清楚你用的模拟软件，

不过如果是lammps的话直接添加一个电荷为0，使用lj/expand势且只存在排斥势 (通过设置cutoff值) 的刚体球就不会有图一这种吸引的情况了

gromacs应该也可以实现，不过不知道怎么做

耿无敌 · 发表于 Post on 2022-11-8 21:15:58

jrfjrf123 发表于 2022-11-8 13:20
不太清楚你用的模拟软件，
不过如果是lammps的话直接添加一个电荷为0，使用lj/expand势且只存在排 ...

谢谢你的回复，我是在Material studio进行建模，在lammps进行模拟的。请问lj/expand势涉及到分子的范德华力、库仑力、氢键吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-11-9 05:34:34

金刚石表面一般是被氢原子（视金刚石制备方法而定，有时可能是羟基）饱和的，不能直接从金刚石晶胞里切一块拿来就用，要把边缘饱和。不然你想想，一整个表面都是碳自由基，当然会和纤维素反应。

bluewhale · 发表于 Post on 2022-11-9 07:39:17

纳米压痕使用fix indent命令，可设置压痕力、纳米球位置、半径以及纳米球下压的速度。

jiminfu · 发表于 Post on 2022-11-9 12:13:07

耿无敌发表于 2022-11-8 21:15
谢谢你的回复，我是在Material studio进行建模，在lammps进行模拟的。请问lj/expand势涉及到分子的范德 ...

Lammps 里面有fix indent命令，可以设置 sphere，cylinder，plane等多种形状，具体看手册

耿无敌 · 发表于 Post on 2022-11-9 21:17:16

wzkchem5 发表于 2022-11-9 05:34
金刚石表面一般是被氢原子（视金刚石制备方法而定，有时可能是羟基）饱和的，不能直接从金刚石晶胞里切一块 ...

谢谢您的解答。万分感谢！

耿无敌 · 发表于 Post on 2022-11-9 21:17:37

bluewhale 发表于 2022-11-9 07:39
纳米压痕使用fix indent命令，可设置压痕力、纳米球位置、半径以及纳米球下压的速度。

谢谢您的解答。万分感谢

耿无敌 · 发表于 Post on 2022-11-9 21:18:15

jiminfu 发表于 2022-11-9 12:13
Lammps 里面有fix indent命令，可以设置 sphere，cylinder，plane等多种形状，具体看手册

谢谢您的解答。万分感谢

皮蛋超人 · 发表于 Post on 2024-12-10 11:54:23

jrfjrf123 发表于 2022-11-8 13:21
不太清楚你用的模拟软件，

不过如果是lammps的话直接添加一个电荷为0，使用lj/expand势且只存在排斥 ...

请问，LAMMPS添加零电荷的刚体球怎么设置啊{:'
谢谢您

jrfjrf123 · 发表于 Post on 2024-12-11 10:18:03

皮蛋超人发表于 2024-12-10 11:54
请问，LAMMPS添加零电荷的刚体球怎么设置啊{:'
谢谢您

可以直接在data文件里定义一个原子，把电荷设置为0就行

或者用set命令设置指定id的原子的电荷为0

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