离子液体计算的审稿意见回复求助

Miss-Ma · 发表于 Post on 2019-3-4 17:45:39

实验室已毕业师兄帮忙做的模拟，现审稿意见不知道如何回复，希望能得到大家的帮助，谢过了！
1.How did the authors build the initial molecularstructures prior to the DFT studies?Which software did they use?这一点不太理解审稿人的意思，模拟的时候直接用的gv画的分子
2.Did the authors consider several differentspatial positions to optimize ILs (离子液体) first before they introduced NH3 samples tothe optimized ILs geometries?
这个师兄说是参考大量文献的基础上，充分考虑了ILs各种可能的阴阳离子结合方式，然后画了一些结构，通过比较能量和频率得到最终的构型，直接回复审稿人不知道有没有问题啊
3.which potential NH3interaction sites have beendetermined and simulated during the DFT studies?
这个也是参考之前的研究，然后将NH3放在可能的吸收位点处优化
4.How did the authors determine the DFT theorylevel (no justification has been given).

这个也是因为已发表的文献中用这种比较多B3LYP/6-311G++(d,p)，不知道具体该怎么给审稿人回复。
本文的研究体系是咪唑类离子液体吸收NH3，ILs阴阳离子以及ILs与NH3之间都是通过电荷作用和氢键结合的，因此模拟的时候师兄只是优化了结构然后计算了结合能，也没做啥势能面扫描，不过红外和核磁的结果跟模拟还是比较一致的。目前自己打算算一个ESP看一看ILs的电势分布，以此解释一下吸收NH3的作用位点没有选择错误，不知道是否可行。

有点长，谢谢各位了！

Miss-Ma · 发表于 Post on 2019-3-4 17:47:32

@Sobereva 希望老师能帮帮忙，小女子先谢过了

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-4 17:57:24

1 就说是gv画的
2 没问题
3 就这么说
4 引用一些用这个级别的相关文章即可。
吐槽：如今B3LYP算这种涉及弱相互作用的问题都强烈加上DFT-D校正。给氢加弥散完全多余，去掉后不降低精度还能节约时间，见
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

即曰，如果不想耗时高，又想结果好，建议用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G(2d,p)

可行，也鼓励这样，可以把问题说得更透

Miss-Ma · 发表于 Post on 2019-3-4 18:01:57

sobereva 发表于 2019-3-4 17:57
1 就说是gv画的
2 没问题
3 就这么说

太感谢老师了，一下子明朗了，也有信心了

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2019-3-5 10:41:21

本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-3-5 10:46 编辑

在2L的基础上补充，对第二个、第三个问题，如果是参考了之前的文献，最好在回复时列出（可以不加到正文引用、也可以加上），不然有可能多一个来回。

Miss-Ma · 发表于 Post on 2019-3-6 17:53:04

liyuanhe211 发表于 2019-3-5 10:41
在2L的基础上补充，对第二个、第三个问题，如果是参考了之前的文献，最好在回复时列出（可以不加到正文引用 ...

非常感谢

Miss-Ma · 发表于 Post on 2019-3-6 22:40:07

sobereva 发表于 2019-3-4 17:57
1 就说是gv画的
2 没问题
3 就这么说

老师，还想问一下How did the authors build the initial molecularstructures prior to the DFT studies?这个审稿人是啥意思啊，我的离子液体的阴阳离子都很小，都只有十来个原子，师兄说的直接用gaussview画出来然后clean就直接优化了，因为单个阴阳离子的结构很简单（类似于尿素）就没做构象搜索了。审稿人第一个问题两个问号我直接回gv是不是没回答完啊

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-7 02:53:54

Miss-Ma 发表于 2019-3-6 22:40
老师，还想问一下How did the authors build the initial molecularstructures prior to the DFT studies ...

把在gview里的完整操作过程写出来。尤其是“充分考虑了ILs各种可能的阴阳离子结合方式”这点要体现

严格方式构建离子液体结构应当做构型搜索，用genmer+molclus+Gaussian可以轻易实现，看
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

Miss-Ma · 发表于 Post on 2019-3-12 12:02:05

本帖最后由 Miss-Ma 于 2019-3-12 13:04 编辑

sobereva 发表于 2019-3-7 02:53
把在gview里的完整操作过程写出来。尤其是“充分考虑了ILs各种可能的阴阳离子结合方式”这点要体现

严 ...

谢谢老师！

SherryLiu · 发表于 Post on 2019-12-6 05:36:39

Miss-Ma 发表于 2019-3-12 12:02
谢谢老师！

请问楼主的文章发出来没有？同做离子液体吸收的，对你们的文章有兴趣，想看看你们的结果。

风起时想你 · 发表于 Post on 2019-12-6 11:38:27

SherryLiu 发表于 2019-12-6 05:36
请问楼主的文章发出来没有？同做离子液体吸收的，对你们的文章有兴趣，想看看你们的结果。

同行啊~

SherryLiu · 发表于 Post on 2019-12-7 01:31:04

风起时想你发表于 2019-12-6 11:38
同行啊~

对的差不多不过我是做CO2吸附的还在学习中

Duffy · 发表于 Post on 2021-11-25 00:52:30

离子液体热稳定性分析的，同求

gengps · 发表于 Post on 2024-12-11 15:50:05

理论计算新手，直接上手离子液体，痛苦的要死，不知道怎么把阴阳离子结合在一起做结构优化，（我看有一些文献是手工考虑建立各种相对位置来计算，用最低能量那个）还有一些说做构象搜索。不管那种对于小白来说都不友好，还没人教。呜呜呜

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[综合交流] 离子液体计算的审稿意见回复求助

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