请教各位老师关于500个原子以上的聚合物片段的结构优化方式选择问题

Fencros7y · 发表于 Post on 2024-12-8 10:29:07

各位老师好，现在我希望初步去对比两个共轭聚合物片段（都是500个原子以上的）的优化之后的结构（大致观察一下扭曲程度和一些单元之间的二面角等等）

由于计算小白只接触过Gaussian，不知道用b3lyp/6-31g(d)这样的方法单纯做opt能算的动上述的结构吗？

或者说各位老师有没有更适合去做多原子结构优化的软件和方法可以推荐一下，不胜感激~

pikachuupup · 发表于 Post on 2024-12-8 14:15:07

Gaussian应该算不动，试试ORCA的3c方法或者直接用xtb吧

shalene · 发表于 Post on 2024-12-8 14:35:22

Fencros7y · 发表于 Post on 2024-12-8 15:07:22

shalene 发表于 2024-12-8 14:35
xtb

感谢老师回复，我去搜索学习一下

Fencros7y · 发表于 Post on 2024-12-8 15:11:37

pikachuupup 发表于 2024-12-8 14:15
Gaussian应该算不动，试试ORCA的3c方法或者直接用xtb吧

感谢老师回复，我都去搜搜看学习一下。

我还有一点好奇，请问用这两者去优化结构在文献里都是精度可以接受的常见做法吗

shalene · 发表于 Post on 2024-12-8 15:33:32

Fencros7y 发表于 2024-12-8 15:11
感谢老师回复，我都去搜搜看学习一下。

我还有一点好奇，请问用这两者去优化结构在文献里都是精度可以 ...

这个尺度，没什么选择。不接受也得接受

Fencros7y · 发表于 Post on 2024-12-8 16:01:42

shalene 发表于 2024-12-8 15:33
这个尺度，没什么选择。不接受也得接受

好的明白，刚搜了sob老师的xtb的帖子，就用xtb试试了。再次感谢您的解答。

pikachuupup · 发表于 Post on 2024-12-8 16:09:56

Fencros7y 发表于 2024-12-8 15:11
感谢老师回复，我都去搜搜看学习一下。

我还有一点好奇，请问用这两者去优化结构在文献里都是精度可以 ...

精度一般，但是500原子的体系想提精度也算不动

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-8 16:54:49

这种尺寸哪怕用3c系列最便宜的HF-3c也超级吃力
xtb的GFN-xTB或MOPAC的PM6-D3H4X是首选

另外，直接用b3lyp/6-31g(d)从精度上也是完全不靠谱的，仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413

Fencros7y · 发表于 Post on 2024-12-10 09:48:11

sobereva 发表于 2024-12-8 16:54
这种尺寸哪怕用3c系列最便宜的HF-3c也超级吃力
xtb的GFN-xTB或MOPAC的PM6-D3H4X是首选

感谢sob老师的回复。

我有个疑问，您博文中提到的“大共轭体系”是特指18碳环这种大范围离域的环状共轭结构呢，还是也包括线性的共轭有机长链呢（如导电聚合物、聚酰亚胺）或者COF那种分子层呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-11 02:18:40

Fencros7y 发表于 2024-12-10 09:48
感谢sob老师的回复。

我有个疑问，您博文中提到的“大共轭体系”是特指18碳环这种大范围离域的环状共 ...

线型也算

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