求助：lammps计算msd的结果和VMD的趋势不同

yeyeyeyeye · 发表于 Post on 2024-11-15 16:57:33

体系为多孔碳材料吸附NaCl水溶液，5ns

通过lammps命令计算all的msd，一直上升，而通过VMD计算RMSD后平方，曲线后续进入非线性部分。
为什么两种曲线的趋势不相同，应该那种是对的？另外不太理解为什么lammps计算出的曲线一直上升。

thor · 发表于 Post on 2024-11-15 21:57:49

计算all是所有的一起算？不应该分组计算？

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-16 00:42:15

粒子如果能自由扩散，本来MSD就该一直上升

能用诸如gromacs的msd命令以更周全方式计算时，不建议用VMD的RMSD曲线取平方得到MSD曲线，因为此时没法自动考虑时间平均，统计误差大。

yeyeyeyeye · 发表于 Post on 2024-12-12 16:13:29

thor 发表于 2024-11-15 21:57
计算all是所有的一起算？不应该分组计算？

有进行分组计算，使用vmd计算na、cl离子时出现很明显的波动，而lammps的计算显示持续上升，所以想问问应该考虑哪种计算方式

yeyeyeyeye · 发表于 Post on 2024-12-12 16:15:35

sobereva 发表于 2024-11-16 00:42
粒子如果能自由扩散，本来MSD就该一直上升

能用诸如gromacs的msd命令以更周全方式计算时，不建议用VMD的 ...

我期望材料中对离子有吸附，是不是按照lammps的计算结果来看，体系中材料对离子的吸附作用很弱啊？

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-13 01:47:24

yeyeyeyeye 发表于 2024-12-12 16:15
我期望材料中对离子有吸附，是不是按照lammps的计算结果来看，体系中材料对离子的吸附作用很弱啊？

用VMD画个空间分布函数（sdf）等值面图，一目了然

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[Lammps] 求助：lammps计算msd的结果和VMD的趋势不同