计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1573|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 采用gaussian计算Zn晶面上水分子吸附能的相关设置问题

[复制链接 Copy URL]

94

帖子

0

威望

1007

eV
积分
1101

Level 4 (黑子)

老师好,我在使用gaussian计算Zn002晶面与水分子之间的吸附能,如图所示。有以下问题(1)我是否可以先对晶面结构进行单独的优化,然后再在优化的结构上建水分子的模,然后再整体进行几何优化算能量?(2)之前算过一次石墨烯炭层对有机小分子的吸附能,采用的是B3LYP-D3(BJ)/6-311G*优化,B3LYP-D3(BJ)/6-311+G(2d,p)计算能量,考虑counterpoise;那么这样的方法是否也可以用于计算上述的Zn晶面对水分子的吸附能?(3)如果判断水分子之间的O与Zn会产生相互作用,那么在几何优化前,是否需要把O与晶面的某个Zn原子连接成键再进行优化?                  

1万

帖子

0

威望

9740

eV
积分
21936

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2024-12-17 04:03:43 | 只看该作者 Only view this author
这种体系不要用高斯算,用CP2K算,又快(有ADMM加速)又准(有周期性条件)还免费
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124686

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2024-12-17 05:56:12 | 只看该作者 Only view this author
1 先单独优化晶面没什么意义,白多花时间

2 石墨烯吸附小分子,和你当前的簇模型有天壤之别。当前一大堆Zn,全都用全电子基组巨贵

3 不需要。本来DFT计算就不依赖于成键关系,属于基本量子化学常识。摆个合适的结构当初猜就完了


当前模型非要用量子化学程序算也能算,下文也给了类似例子,但是耗时相当高,远不如用CP2K,又能完美考虑周期性,耗时还只有Gaussian算这个的零头。通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/KFP)学习CP2K的话很快就能用CP2K顺利跑起来这个计算。

使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

94

帖子

0

威望

1007

eV
积分
1101

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-17 12:53:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-17 05:56
1 先单独优化晶面没什么意义,白多花时间

2 石墨烯吸附小分子,和你当前的簇模型有天壤之别。当前一大堆 ...

好的,谢谢老师的指导

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-24 17:12 , Processed in 0.175228 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list