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[GROMACS] 如何在拓扑文件中添加额外的离子信息

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本帖最后由 NEW12138 于 2025-4-30 14:44 编辑

我的模拟体系采用charmm36力场模拟,由三部分组成,1.带水的磷脂膜(charmm-gui构建,已有拓扑文件包括forcefield.itp,POPC/POPE.itp,TIP3.itp),2.配体分子(charmm-gui的ligand模块获得拓扑文件),3. 离子K/CL.
问题:没有离子拓扑信息,我应该如何加到磷脂膜的拓扑文件里,我采用的方法如下,想请教各位老师这种方法是否正确。

1.想直接采用磷脂膜的forcefield.itp,所以将配体分子的charmm.itp里面的atomtype,dihedraltype等信息粘贴至了forcefield.itp最后的部分,配体的[ moleculetype ]、[ atoms ]部分还有原子之间的相互作用包括在LIG.itp文件中
2.由于还要用离子平衡体系,而磷脂膜里的forcefield.itp是没有离子的信息的,所以我将charmm36-2022版力场包里的ffnobonded.itp里的atomtype部分的K/CL信息复制到了磷脂膜里的forcefield.itp的atomtype部分,ions.itp部分我直接从力场包里的ions.itp部分复制下来。forcefield.itp加进去的离子信息、ions.itp、topol.top文件内容如下图,请求各位老师指导这种方法是否合适或者有更简便的方法参考,谢谢!!








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