GROMACS怎么计算输出某个分子的质心位置？

1900 · 发表于 Post on 2024-12-25 15:52:33

我想要用GROMACS输出不同残疾的质心坐标，需要怎么做？

Dempey · 发表于 Post on 2024-12-25 16:01:30

gmx traj命令中的-com选项可以输出给定残基的质心坐标

先建立不同残基的索引，再使用gmx traj -s md.tpr -f md.xtc -com -n index.ndx -ox com.xvg，选择你想要的残基就会把坐标输出到com.xvg里了

1900 · 发表于 Post on 2024-12-25 16:08:21

Dempey 发表于 2024-12-25 16:01
gmx traj命令中的-com选项可以输出给定残基的质心坐标

先建立不同残基的索引，再使用gmx traj -s md.tpr ...

好的好的。十分感谢

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