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[GROMACS] 电解液中的聚合物添加剂该如何建模和创建力场文件

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老师好,我在用gromacs进行电解液的分子动力学模拟前,需要准备各组分的itp,gro以及top文件。阴阳离子及小分子溶剂的文件我都是通过sobtop程序生成的,并且结合Multiwfn计算了RESP电荷。唯一就是有一个添加剂是聚乙二醇(以下附上了结构图),有两个问题:(1)聚合物建模该怎么建呢?是建单体的模型然后往盒子里插吗?(2)聚合物的itp文件该如何生成呢?该选用什么力场?




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发表于 Post on 2024-12-27 20:38:38 | 只看该作者 Only view this author
1 是

2 http://sobereva.com/soft/Sobtop/ 里面搜 聚合物,有充分说明
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-28 00:31:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-27 20:38
1 是

2 http://sobereva.com/soft/Sobtop/ 里面搜 聚合物,有充分说明

好的老师,是我没仔细看帖子,感谢老师指导

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