柔性扫描报错RedCar failed

octopucee · 发表于 Post on 2025-1-4 19:47:16

我想寻找这两个分子的过渡态，首次柔性扫描只限定了键长，发现7号原子没法从右边结构恢复到6元平面，所以在键长基础上增加了二面角的扫描

结果就出现了报错：New curvilinear step failed, DQL= 6.97D+00 SP=-9.95D-01. RedCar failed.
请教一下各位老师应该怎么解决，非常感谢。

2877321934 · 发表于 Post on 2025-1-4 21:36:09

你是用的GIC吧，有时候程序觉得你设置的扫描方式太刁钻，它不知道咋继续扫描下去了，就会报错。这个解决方法很玄学。我先前也遇到过，也是用GIC扫描双变量，凑了另一种自认为能描述出反应过程的扫描方法就不会爆了。建议你先改下步长试试，实在不行就换扫描变量

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-1-5 01:33:48

本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-1-10 12:35 编辑

有机化学里键线式把环己烷或环己烯画成平面的，不代表其所有碳原子真就共平面，所以让7号原子“恢复到六元环平面”的要求也不合理。

仅供参考，B3LYP-D3(BJ)/6-31G(d,p)级别下优化的反应物（质子化的limonene）比较接近产物（bornane的2号位变成阳离子）的无虚频构象从两个视角看大概长这样，六元环更像是环己烷的扭船式构象。（编辑：请无视原子编号和手性与一楼模型的差别。此计算仅为简单定性讨论，实际体系中应当用更好的计算级别并适当考虑显式+隐式溶剂模型。）

编辑2：巧了，http://bbs.keinsci.com/thread-13398-1-1.html的头图也是这个体系

octopucee · 发表于 Post on 2025-1-13 18:44:41

2877321934 发表于 2025-1-4 21:36
你是用的GIC吧，有时候程序觉得你设置的扫描方式太刁钻，它不知道咋继续扫描下去了，就会报错。这个解决方 ...

我是做的柔性扫描，谢谢建议，我换一下变量吧

octopucee · 发表于 Post on 2025-1-13 18:59:20

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-1-5 01:33
有机化学里键线式把环己烷或环己烯画成平面的，不代表其所有碳原子真就共平面，所以让7号原子“恢复到六元 ...

谢谢回复！想再请教一下我做柔性扫描使得您给出的图片中的3，9号C距离增加结果3号C变成了这样，看上去整个离开了6元环的结构，请问应该如何调整扫描命令来寻找适合用于过渡态寻找的初始结构

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-1-13 19:23:44

octopucee 发表于 2025-1-13 18:59
谢谢回复！想再请教一下我做柔性扫描使得您给出的图片中的3，9号C距离增加结果3号C变成了这样，看上去整 ...

柔性扫描找过渡态的前提是联通反应物和产物的过渡态确实存在，然而这个体系未必，可以参考下
Org. Biomol. Chem., 2010, 8, 4589-4600和J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 47, 19454–19462的描述。（第二篇文献就是楼上我说的那个帖子头图的来源。文献的结构可以作为参考，但计算级别未必。）

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