求助固-液相异质结模型的构建

Assiduitas

如图所示，我构建的是一个固相+液相的模型，在step2利用CP2K进行液相优化的时候发现了一个问题：因为此时液相盒子具有周期性，可能会造成某些分子的一部分在盒子顶端，分子的剩余部分在盒子下端。当他仅仅是液相时，分子跨越盒子是没有问题的。但是当我加入slab后，原有的分子被新加入的slab隔断了。使得这个模型本身就不合理了，以水分子为例：可能会使得两个氢原子在最右侧盒子的上方，另一个氧原子在下侧slab的上方。因为由于slab的加入，实际上这三个原子在体系中已经不是一个水分子了。请问我在能不能在单独优化液相时候，让同一个分子不跨越上下的盒子边界呢？这样后续我用MS的build layer搭建的时候，所有的液相分子就不会被slab给割断，造成我最后大模型结构优化无法收敛。

sobereva

Multiwfn有把截断的分子保留完整的功能，看下文里的“(20)令被晶胞截断的分子保留完整”，处理后导出新文件即可
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）