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[GROMACS] 两种分子在水中混合模拟分子轨迹结果不符合预期

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各位老师好!我目前在做农药分子和助剂在水中的混合模拟。整个模拟过程参考的是培训班中的“常温常压下模拟乙醇+水盒子”,mdp文件分别是em、eq、prod三个,我现在pubchem上下的农药分子和醋酸分子的sdf,再用gv转成pdb,mol2.用sobtop生成GAFF力场文件,再替换成自己算的resp电荷。用packmol构建好初始结构就开始跑了。预期结果是几个农药分子会分散开来,但跑出来还是跟初始一样聚集在一起。不知道问题出在哪,请问各位老师们该从哪方面去解决或者检查。


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这是初始结构,水分子隐藏了

这是初始结构,水分子隐藏了

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跑完后的

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发表于 Post on 2024-12-31 21:48:30 | 只看该作者 Only view this author
看不清楚农药分子结构
中性水环境下羧基主要存在形态应当是去质子化的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-2 10:59:04 | 只看该作者 Only view this author
这是农药分子结构

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-2 11:04:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-31 21:48
看不清楚农药分子结构
中性水环境下羧基主要存在形态应当是去质子化的

农药分子结构发楼下了,还有一个问题要请教一下sob老师,刚刚在看帖子的时候看到力场选择的合理性,我们做的农药分子都是有机小分子,助剂也是小分子,我选择的是GAFF力场,这个要怎么去证明其合理性呢

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发表于 Post on 2025-1-3 00:42:21 | 只看该作者 Only view this author
Jisbudber 发表于 2025-1-2 11:04
农药分子结构发楼下了,还有一个问题要请教一下sob老师,刚刚在看帖子的时候看到力场选择的合理性,我们 ...

GAFF表现普通有机分子没有明显问题,其普适性早就经过无数研究的检验,根本不需要证明什么。倘若说GAFF不合适,那才是需要证明的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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