是否有自动生成特定点群分子团簇的程序或小工具？

ginlpein

最近准备开始做一个分子团簇的计算，由配合物、有机阴阳离子和一堆溶剂分子组成。
单晶表征方面，由于团簇内含的溶剂存在大量无序，所以单晶结构解析达不到指标。但是根据解析一半的结构，可以知道整个分子团簇是I点群对称，多层三十二面体嵌套的结构。
计算建模上，我希望能够搓一个I对称的结构作为初始结构投入计算。根据解一半的单晶结构，我大概能知道各层三十二面体结构的几何参数，但由于分子众多，手搓有点搓不动。
请问，大家是否有用过可根据设定点群自动填充分子，自动生成整体分子团簇结构的工具？
(gaussian的对称性自动填充有试过，但是一来经常跑偏无法按设定点群填充，二来精确位置填充分子似乎不太好实现。）

丁越

我记得ABCluster好像有这个功能，你去查一下。

ginlpein

丁越 发表于 2025-1-6 11:27
我记得ABCluster好像有这个功能，你去查一下。

ABCluster我有关注到，但我翻看他的手册，依据对称性构筑的功能似乎是针对原子团簇的。那个输入指定点群我只看到应用于对称单元是金属原子的实例。分子团簇构筑可能需要在指定点群基础上再能指定分子种类和分子重心位置，不知道您有看到这样的应用实例吗？

丁越

ginlpein 发表于 2025-1-7 09:41
ABCluster我有关注到，但我翻看他的手册，依据对称性构筑的功能似乎是针对原子团簇的。那个输入指定点群 ...

我没有弄过这种例子。