请教各位老师关于几何优化过程中保持片段构象的问题

Fencros7y · 发表于 Post on 2025-1-7 15:09:38

各位老师好，如果我先对一个大共轭片段A进行了结构优化，然后我将两个优化好的A面对面对齐，想优化A-A之间的间距探究弱相互作用，但我不希望单个A的结构继续发生变化了，请问我应该如何将单个A的结构冻结住，让第二次的优化只发生A-A之间的间距变化呢？

sobereva · 发表于 Post on 2025-1-8 06:38:32

看下文里dimerscan相关内容，做垂直距离的刚性扫描
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）

Fencros7y · 发表于 Post on 2025-1-8 15:30:03

本帖最后由 Fencros7y 于 2025-1-8 16:06 编辑

sobereva 发表于 2025-1-8 06:38
看下文里dimerscan相关内容，做垂直距离的刚性扫描
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/4 ...

感谢社长的回复。看了您的教学之后我有个疑问，Scan是我通过设置区间和步长去改变间距来进行扫描，最后可以通过能量变化趋势去找到其中能量最低的点。不过有可能实现像Opt那样，直接优化出一个更精确的结果，避免扫描的时候跳过这个间距吗？如果不行的话我就先扫描确定一个小区间，再在这个小区间内用小步长去确定一下。

（话说您的回复系统竟然没有消息提醒，我是直接刷新网页才看到的）

imasen · 发表于 Post on 2025-1-8 16:42:11

本帖最后由 imasen 于 2025-1-8 16:45 编辑

Fencros7y 发表于 2025-1-8 15:30
感谢社长的回复。看了您的教学之后我有个疑问，Scan是我通过设置区间和步长去改变间距来进行扫描，最后可 ...

在对两个单体的结构冻结的基础上，再限制住两个相互交叉的键角就可以实现了（如果两个角共面或者所在平面平行的话会发生两个环之间的滑移）。

benz_dimer.gjf (1.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

Fencros7y · 发表于 Post on 2025-1-8 19:41:30

imasen 发表于 2025-1-8 16:42
在对两个单体的结构冻结的基础上，再限制住两个相互交叉的键角就可以实现了（如果两个角共面或者所在平面 ...

感谢老师的回复，不过我还是没太明白具体的操作

在我的理解里，社长的方法是通过他开发的软件方便地实现了dimer的相对平移效果以及高斯计算文件的生成。由于间距的移动是手动设定的，后面计算的是每一帧的单点能，所以每个单体的结构自然不会发生改变。

当然最好是可以在单个opt任务里分别冻结两个单体的结构，这样opt就只能优化层间距了。我大概理解您说的限制键角的方法可以避免层间的相对滑移，但前面的“分别冻结两个单体的内部结构”要如何实现呢？（我一个单体有130多个原子）

imasen · 发表于 Post on 2025-1-8 21:57:10

Fencros7y 发表于 2025-1-8 19:41
感谢老师的回复，不过我还是没太明白具体的操作

在我的理解里，社长的方法是通过他开发的软件 ...

高斯里应该没法做到独立的多个片段的冻结，ORCA里可以约束多个独立片段https://orca-manual.mpi-muelheim ... agment-optimization。

Fencros7y · 发表于 Post on 2025-1-8 22:45:00

本帖最后由 Fencros7y 于 2025-1-8 22:46 编辑

imasen 发表于 2025-1-8 21:57
高斯里应该没法做到独立的多个片段的冻结，ORCA里可以约束多个独立片段https://orca-manual.mpi-muelheim ...

感谢老师的耐心回复，那我学习一下ORCA。小白多学一个软件有点吃力，希望和高斯差不多

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