求助：分子动力学模拟结果误差小于多少可以接受？

Tanghaoru

审稿人认为我的分子动力学模拟的密度结果与实际实验的密度结果误差有3.3%是没有啥意义。我没找合适的文献反驳，还是真的误差太大了吗？我不能按照审稿人的意思直接删了，就变相承认我的计算误差太大。请问有文献提到误差小于多少可以认为数据可用。拜托了！感谢！

wbqdssl

1.分子动力学模拟用的是分子力场，这是一种牺牲了精度换取速度的方法，因此由于方法本身的特性，就会产生误差。
2.从心理角度来说，你可以换位思考一下；既然审稿人他认为这误差不可接受，那你再去拿文献反驳意义不大。当然这是我个人意见，因为我在有次revision中拿文献反驳审稿人的某条意见，那个审稿人直接回复“引用其他作者的错误做法没有任何意义”，且给拒稿。所以即使你找到文献，审稿人认不认同你找的文献又是另一回事。人都是有点自尊心的。
3. 审稿人说他宁愿避免展示数据，你可以适当反驳。因为这数据确实是你跑MD做出来的，只要你的方法合理，那结果该是什么就是什么，你认为对文章有意义就可以展示。当然我不知道你文章的具体内容，如果这个密度对文章影响不大，真的可有可无，那你可以考虑委婉地回复，并把这部分删掉。理由是：这部分计算对文章贡献不大，且由于MD模拟本身方法带来的误差，计算结果误差较大。不能比较满意地解释实验现象，于是删去。
4.如果这个数值占比较重要的地位，不太好轻易删去，那你可以尝试改进方法，比如重新建体系；换力场；跑平行模拟取平均值等，想办法减少这个误差，并在文章里使用新的数据，审稿意见里说明你做了哪些工作来减少误差。
5.既然你做了实验，那MD模拟应当就只是个验证？你可以把重心放在实验那部分，即使有误差，那有实验撑腰，也可以实验为主。
6.我个人感觉，看审稿人意见，他说的是did not make much sense，他是觉得这数值对文章没贡献，而不是说你做错了。所以他可能就是想让你删了？

Seyilaxa

这取决于你做模拟的出发点是什么。举个例子，sob老师的这篇帖子（http://bbs.keinsci.com/thread-25479-1-1.html）里，单单对纯水这么“简单”的体系，不同的水模型对不同物理量计算出的精度都天差地别，对于溶剂模型而言，除了密度还有熔沸点、表面张力、和其他力场的适配度等等一堆东西可以拎出来说，在绝大多数的模拟中，要想实现某一方面的精准，就要牺牲其他方面的精度，所以除非你跑模拟的目的是复现实验测得的密度，否则很难界定密度误差对实际模拟有多大的影响
另外，对于非水体系的模拟，在mdp文件中把compressibility设置为实测的压缩系数，通常有助于改善对密度的表现

Tanghaoru

wbqdssl 发表于 2025-1-25 23:15
1.分子动力学模拟用的是分子力场，这是一种牺牲了精度换取速度的方法，因此由于方法本身的特性，就会产生误 ...

感谢！我当时的出发点是用了OPLS-AA力场算溶质在溶剂中的分布情况，算了radial distribution function（RDF）。想着加点内容，就算了误差来佐证我的力场选择没啥问题。误差结果放在SI中的。我是感觉这个误差对文章没啥影响。那我顺着审稿人的话说，然后我把误差结果删了？保留RDF结果可以吗？感谢！

Tanghaoru

Seyilaxa 发表于 2025-1-25 23:25
这取决于你做模拟的出发点是什么。举个例子，sob老师的这篇帖子（http://bbs.keinsci.com/thread-25479-1-1 ...

感谢！那我试试重新设置。

sobereva

Tanghaoru 发表于 2025-1-25 23:39
感谢！我当时的出发点是用了OPLS-AA力场算溶质在溶剂中的分布情况，算了radial distribution function（R ...

密度属于相对容易模拟准的量（除非当前体系本来就不好描述准），3.3%说大不大说小不小。既然密度是可有可无的，想作为力场的验证但实际上又没有完美地达到这个目的，审稿人又不喜欢这数据，索性删了完了。

Tanghaoru

sobereva 发表于 2025-1-26 11:51
密度属于相对容易模拟准的量（除非当前体系本来就不好描述准），3.3%说大不大说小不小。既然密度是可有可 ...

好的。感谢卢老师解惑！