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[综合交流] 自由能计算问题

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楼主
各位老师能够介绍下分子动力学中常见的自由能计算方法原理么?通俗的语言,有条理的公式推导,或者有这方面的书籍资料分享下么?
1.(US+WHAM)与ABF区别是什么呢?
2. Metadynamics属于基于概率的自由能计算么?
3. TI对应实现的自由能计算在动力学软件中有哪些呢?

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发表于 Post on 2017-2-22 12:15:48 | 只看该作者 Only view this author
建议看看专著Free Energy Calculations-Theory and Applications in Chemistry and Biology(Chipot),网上有电子版
这篇也可以看看Current Opinion in Structural Biology 2007, 17:181–186

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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-23 16:26:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-22 12:15
建议看看专著Free Energy Calculations-Theory and Applications in Chemistry and Biology(Chipot),网上 ...

谢谢Sob老师建议

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-23 16:30:29 | 只看该作者 Only view this author

Sob老师,分子动力学里面的一维的PMF是否类似量子化学里面的IRC呢?是否可以类比呢?

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发表于 Post on 2017-2-24 01:29:03 | 只看该作者 Only view this author
harrypotty18 发表于 2017-2-23 16:30
Sob老师,分子动力学里面的一维的PMF是否类似量子化学里面的IRC呢?是否可以类比呢?


这种类比有点牵强。
PMF一般考察的是规定的一条路径的自由能变化,而IRC的路径是根据IRC算法跑出来的,并且数值是电子能量。
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