关于过渡态搜寻直接得到对应产物的问题

wang011127

在优化一个DA反应，如图，设定了如下的初猜作为初始输入，使用# opt=(calcfc,ts,noeigen) freq wb97xd/6-31g(d) scrf=(iefpcm,solvent=water)作为输入选项

经过一段时间后发现1号与9号原子，2号与6号原子出现了键连关系

已经倾向于形成我直接优化产物的结构了（计算仍在进行中，不知道是不是应该停掉）

是不是我的初猜结构不很合理？由于是重复文献的工作，但使用的基组不同（文献中使用B3LYP/6-31G(d)进行过渡态搜索，在不考虑溶剂下进行计算），同时文献给出了过渡态的坐标，我用那个坐标在我的计算条件下进行也得到了类似的结果（即倾向于直接得到了产物结构而不是停留在过渡态类似结构，计算仍在进行中），是哪里出了问题呢？还是说这个就是正常的，等计算完毕后通过虚频和IRC进一步判断？希望大家不吝赐教

wang011127

用文献过渡态坐标进行计算得到的结果有很小的虚频，而且振动方向并不是成键方向，同时得到的过渡态1号与9号原子，2号与6号原子完全成键，可以认定该过渡态搜寻并不合理

tonganlhy

过渡态的搜索是个精细活。用xtb先看一下。

wal

wang011127 发表于 2025-2-4 19:46
用文献过渡态坐标进行计算得到的结果有很小的虚频，而且振动方向并不是成键方向，同时得到的过渡态1号与9号 ...

你跟文献用的软件版本还有计算级别一样吗

wang011127

wal 发表于 2025-2-5 12:26
你跟文献用的软件版本还有计算级别一样吗

不一样的，我只是将他的坐标作为初猜输入，我用的g16代替g09，计算级别从B3LYP/6-31G(d)改为了wb97xd/6-31G(d)，并额外添加了水的隐式溶剂模型作为修正

wal

wang011127 发表于 2025-2-5 12:49
不一样的，我只是将他的坐标作为初猜输入，我用的g16代替g09，计算级别从B3LYP/6-31G(d)改为了wb97xd/6-3 ...

你先按原文的软件和级别做个freq试试 一上来就下"该过渡态搜寻并不合理"这种结论有点哈人了

而且你计算级别变化这么大 原来的结构当初猜也不一定合适了

wang011127

wal 发表于 2025-2-5 13:06
你先按原文的软件和级别做个freq试试 一上来就下"该过渡态搜寻并不合理"这种结论有点哈人了

而且你计 ...

不不不，我的意思是我的操作有问题，不是说文献有问题