求助：使用Sobtop生成的小分子拓扑文件在gromacs中出现大量lincs warning

whitemouse · 发表于 Post on 2023-3-9 10:55:00

本帖最后由 whitemouse 于 2023-3-9 15:32 编辑

各位老师好，我按照sob老师博文（http://sobereva.com/531）中的方式在B3LYP-D3/6-311G**下优化并用Multiwfn计算了甘露醇的RESP2电荷，然后根据sob老师博文（http://sobereva.com/635）用Sobtop读取频率计算的.fch文件生成了GAFF立场的拓扑文件，但是当我把甘露醇加到体系中模拟后发现模拟开始仅10ps，gromacs就开始出现大量lincs warning并导致崩溃。我检查了优化后的结构没有发现虚频和明显不合理的键角，我的gromcas版本是2020.6GPU版。后来我改用acpype重新生成甘露醇的拓扑文件并把之前计算的RESP2电荷粘贴进去，放入体系里跑动力学却没有出现问题，所以我想弄清楚这其中哪里出了问题，还请老师为我解惑。

附件中提供了优化和频率计算的文件，还有在气相和隐式溶剂中的单点能计算文件，最后还有给Sobtop读取的.mol2文件和生成的拓扑文件。

dzdhp · 发表于 Post on 2023-3-9 14:21:20

你的itp文件里电荷那一栏全是0啊，并没有导入电荷数据。我看不出来你这个是啥原因，但是我之前有一个跟你很类似的情况，那就是计算出来的resp电荷跟实际的结构没对上，就是我把这个结构算出来的电荷贴到另外一个结构生成的itp文件里面了，也是一模拟就炸了，问题都是粗心导致的，希望对你有帮助

whitemouse · 发表于 Post on 2023-3-9 15:33:44

dzdhp 发表于 2023-3-9 14:21
你的itp文件里电荷那一栏全是0啊，并没有导入电荷数据。我看不出来你这个是啥原因，但是我之前有一个跟你很 ...

谢谢回复，不好意思粗心了，上传的是直接用sobtop生成的itp文件，我已经修改了附件并且上传了粘贴了电荷的sobtop生成的itp文件和acpype生成的itp文件。

dzdhp · 发表于 Post on 2023-3-9 16:13:09

whitemouse 发表于 2023-3-9 15:33
谢谢回复，不好意思粗心了，上传的是直接用sobtop生成的itp文件，我已经修改了附件并且上传了粘贴了电荷 ...

我自己用sobtop生成的文件跑起来完全没问题，我怀疑是你生成itp文件的方法错误了，导致键的能量不合理所以炸了，你可以对比一下你两种itp文件的键和键叫参数，我用sobtop生成itp选择的命令是1.3.4；参数内容对比你用acpype生成的基本一致。

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-9 16:18:36

这种体系明显就不应该基于Hessian矩阵算力常数，认真看sobtop主页上超级清楚明确的说明http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11 FAQ 11：什么时候才需要Sobtop基于Hessian算力常数？

whitemouse · 发表于 Post on 2023-3-9 16:29:05

dzdhp 发表于 2023-3-9 16:13
我自己用sobtop生成的文件跑起来完全没问题，我怀疑是你生成itp文件的方法错误了，导致键的能量不合理所 ...

谢谢回复，我明白是什么问题了！

whitemouse · 发表于 Post on 2023-3-9 16:29:41

sobereva 发表于 2023-3-9 16:18
这种体系明显就不应该基于Hessian矩阵算力常数，认真看sobtop主页上超级清楚明确的说明http://sobereva.com ...

谢谢sob老师回复，是我学习还不到位

FanZhou · 发表于 Post on 2025-6-3 19:39:28

whitemouse 发表于 2023-3-9 16:29
谢谢回复，我明白是什么问题了！

请问是什么问题呀，怎么解决的，学习一下

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