模拟分子的晶体结构的方法？

氢原子 · 发表于 Post on 2016-12-3 20:36:37

请教大家，目前比较准确的模拟分子的晶体结构的方法有哪些呢？

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-12-4 08:05:22

我也不太懂哈，我也很想实现这个追求。
跑动力学，比如gromacs？
或者是calypso？之前群里有人说过这个软件

wei · 发表于 Post on 2016-12-4 10:43:43

1）如果是已知晶体结构cif文件，仅是优化结构，很多软件可以做。VASP,castep,dmol3,QE,crystal,siesta等,这些都是基于第一性原理的；不建议用分子力学优化结构。
2）如果是晶体结构预测，可以USPEX或者CALYPSO,这些软件都是通过遗传算法或蚁群算法提供一系列的可能结构，然后通过VASP,castep,dmol3,QE之类的程序来优化计算能量，保留或抛弃一些结构，计算量很大。MS的polymorph也可以做晶体结构预测，是基于compass力场的模拟退火算法，不太准。
以上，供参考。

三石草祭 · 发表于 Post on 2016-12-4 15:37:07

wei 发表于 2016-12-4 10:43
1）如果是已知晶体结构cif文件，仅是优化结构，很多软件可以做。VASP,castep,dmol3,QE,crystal,siesta等,这 ...

老师，您能详细说一下MS的polymorpb中对晶体结构预测的过程吗？或者有相关的网址文章，谢谢老师

wei · 发表于 Post on 2016-12-7 09:27:44

三石草祭发表于 2016-12-4 15:37
老师，您能详细说一下MS的polymorpb中对晶体结构预测的过程吗？或者有相关的网址文章，谢谢老师

1) Theoretical investigation on the crystal structures and electron transfer properties of cyanated TTPO and their selenium analogs
2)A strategy for predicting the crystal structures of flexible molecules: the polymorphism of phenobarbital

三石草祭 · 发表于 Post on 2016-12-7 14:37:40

wei 发表于 2016-12-7 09:27
1) Theoretical investigation on the crystal structures and electron transfer properties of cyanate ...

谢谢您

氢原子 · 发表于 Post on 2016-12-19 10:51:49

wei 发表于 2016-12-4 10:43
1）如果是已知晶体结构cif文件，仅是优化结构，很多软件可以做。VASP,castep,dmol3,QE,crystal,siesta等,这 ...

谢谢您的指导。我想做晶体预测，想用USPEX试试，现在还在跑例子。您用过USPEX吗，预测结果准确度怎么样呢？

wei · 发表于 Post on 2016-12-21 12:40:34

用过uspex。准确度取决于很多因素，所以没法评价

氢原子 · 发表于 Post on 2017-2-23 10:17:43

wei 发表于 2016-12-21 12:40
用过uspex。准确度取决于很多因素，所以没法评价

那您用过CALYPSO吗？这个软件在安装，使用和晶体预测结果方面怎么样啊？

wei · 发表于 Post on 2017-2-28 22:00:17

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