在Autodock Vina中能否自行添加原子信息？

youknowdcf

各位老师好，近期在使用Autodock Vina进行MoS2和蛋白受体对接的过程中，运行vina会出现报错“ ATOM syntax incorrect: "Mo" is not a valid AutoDock type.” ，通过google发现网上给出的解决方案都是针对Autodock 4而不是Vina的，我获取了开发者提供的含有更多原子信息的AD4_parameter.dat文件，并将原子信息写入了MGL文件夹的同名文件中，但是仍然报错，是我操作存在哪些问题，还是Vina本身就不能对自带库之外的原子进行对接呢？请各位老师解惑

wal

这个问题楼主后来解决了嘛

youknowdcf

wal 发表于 2024-8-24 15:00
这个问题楼主后来解决了嘛

vina添加不了，换用autodock 4就可以了

火热的羊

youknowdcf 发表于 2024-8-25 15:55
vina添加不了，换用autodock 4就可以了

楼主后来就用的autodock 4吗，我也是同样的问题，也是有钼原子。但我看的一篇文献，跟我用的同样的受体，同样含有Mo原子，但他就是用Vina对接的，不知道怎么整的😫

youknowdcf

火热的羊 发表于 2025-2-16 21:50
楼主后来就用的autodock 4吗，我也是同样的问题，也是有钼原子。但我看的一篇文献，跟我用的同样的受体， ...

用的autodock4，在AD4_parameters.dat文件里加入Mo的信息就可以了。据我了解，vina没有办法自定义或添加额外的原子信息，只是比autodock4操作简单一些，对于对接结果的不会有定性上的影响。

火热的羊

youknowdcf 发表于 2025-2-17 09:26
用的autodock4，在AD4_parameters.dat文件里加入Mo的信息就可以了。据我了解，vina没有办法自定义或添加 ...

好的，谢谢你❤

youknowdcf

火热的羊 发表于 2025-2-17 14:35
好的，谢谢你❤

不用客气，具体的操作流程可以看b站DS医学生的视频，有什么问题也可以随时交流。

18217265596

火热的羊 发表于 2025-2-16 21:50
楼主后来就用的autodock 4吗，我也是同样的问题，也是有钼原子。但我看的一篇文献，跟我用的同样的受体， ...

不要试图用对接去处理重原子对金属配位的问题
你要理解对接的精度和可信度 你要了解对接是怎么去处理互作的 而不是一味地相信对接能把你需要的故事给你讲出来
当然 讲故事随意
做实验的话。。。