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[GROMACS] 根据实验浓度计算模拟盒子里表面活性剂和水分子个数求助

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本帖最后由 呀芽芽 于 2024-11-15 10:50 编辑

    我的盒子是油水油填充,表活分别在两个界面上,比如实验中表面活性剂浓度为300 mg/L,我先把这个浓度换算成mol/L的摩尔浓度,然后根据N=n*NA=C*V*NA来算表面活性剂分子数量,V我尝试带了整个盒子的体积和只带水盒子的体积,算出来结果都和文献对不上。五月份参加完科音培训后,在QQ群里问过卢老师,“如何根据实际的表活浓度来确定油水的两相模拟盒子中表活分子的数量,我怎么算都和文献中的对不上”。当时卢老师回复说“就是根据浓度计算表面活性剂和水的分子数的比例”,但我没有理解这句话,所以求助老师具体怎么算。
    下面我放了体系的图片,体系中是有4000个水分子,两个界面上分别有30个表活分子,盒子里共有60个表活,800个正癸烷分子。根据盒子里表活和水分子数量算出实际实验表活浓度也可以,请各位大神指教。

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发表于 Post on 2024-11-14 05:51:47 | 只看该作者 Only view this author
谁也不知道你说的文献是什么情况

有了某类分子的摩尔浓度、盒子体积,二者相乘,盒子里有多少此种分子自然直接知道,这是基本的逻辑
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发表于 Post on 2024-11-14 09:01:37 | 只看该作者 Only view this author
建议直接列文献数据,计算方式就是这样没什么问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-15 10:48:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-14 05:51
谁也不知道你说的文献是什么情况

有了某类分子的摩尔浓度、盒子体积,二者相乘,盒子里有多少此种分子自 ...

卢老师您好,我修改了原先的问题,上传了文献具体内容和链接。
这篇文献是模拟表面活性剂在油/水界面的行为,以及通过实验测量不同浓度下的吸附热。用于实验的表面活性剂浓度分别为100、300、500、700、900 mg/L , 然后文中说所有初始系统均由 300 个正十
二烷分子和 1000 个水分子组成,盒子尺寸为26 *26*150 Å3,模拟体积的尺寸进行了调整,以确保表面活性剂在相互作用过程中正确适合新形成的单层膜。如下是他得到的盒子中表面活性剂的填充数量,我想请教一下这个数字是怎么算出来的。
还有就是我想知道N=C*V*NA里面的V是水盒子体积,还是整个盒子体积,我按整个油水盒子体积和只按水盒子体积都算不出来文献里的数字。文献中实验的表面活性剂浓度100、300、500、700、900 mg/L,分别对应模拟盒子中表面活性剂数量10,30,50,70,90个。老师您当时回复的根据浓度计算表活和水分子数的比例是什么意思啊?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-15 10:51:52 | 只看该作者 Only view this author
pal 发表于 2024-11-14 09:01
建议直接列文献数据,计算方式就是这样没什么问题

老师您好,我已经已经修改了问题内容,上传了文献相关内容。这篇文献是模拟表面活性剂在油/水界面的行为,以及通过实验测量不同浓度下的吸附热。用于实验的表面活性剂浓度分别为100、300、500、700、900 mg/L , 然后文中说所有初始系统均由 300 个正十二烷分子和 1000 个水分子组成,盒子尺寸为26 *26*150 Å3,模拟体积的尺寸进行了调整,以确保表面活性剂在相互作用过程中正确适合新形成的单层膜。如下是他得到的盒子中表面活性剂的填充数量,我想请教一下这个数字是怎么算出来的。
还有就是我想知道N=C*V*NA里面的V是水盒子体积,还是整个盒子体积,我按整个油水盒子体积和只按水盒子体积都算不出来文献里的数字。文献中实验的表面活性剂浓度100、300、500、700、900 mg/L,分别对应模拟盒子中表面活性剂数量10,30,50,70,90个。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-18 08:54:44 | 只看该作者 Only view this author
pal 发表于 2024-11-14 09:01
建议直接列文献数据,计算方式就是这样没什么问题

老师,请问N=C*V*NA里面的V是水盒子体积,还是整个盒子体积?

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发表于 Post on 2024-11-18 10:57:06 | 只看该作者 Only view this author
呀芽芽 发表于 2024-11-18 08:54
老师,请问N=C*V*NA里面的V是水盒子体积,还是整个盒子体积?

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发表于 Post on 2025-2-20 20:34:46 | 只看该作者 Only view this author
我的理解是这样。既然N=n*Na,那么N(表活)/N(水)=n(表活)/n(水)=【m(表活)*M(水)】/【m(水)*M(表活)】
就拿100mg/l的例子来讲,1L就是1000ml,也就是1000g,也就是1000000mg,所以 m(表活)*M(水)=1/10000
N(表活)/N(水)=【1*18】/【10000*348.48】=5.165*10^-6,也就是说500万个水里边才能有1个表活。
不知道这样算对不对,论文的作者是不是考虑到这样建模不好建所以才改变比例的,我看有论文里边有作者邮箱,感觉可以给作者发邮件问问

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