进行pull处理时拉伸方向问题

zhangfaxue

进行拉伸过程，紫色为参考分子，蓝色为拉伸分子，想要沿着z拉伸，mdp文件参数如下：
1、将速度设置为0.005则会报错：Distance between pull groups1and22.023212 nm)is larger than .49 times
the boxsize(2.023210))
2、将速度修改为-0.005，其他不变，不报错，但是最终拉伸方向是将分子从下往上拉伸，也就是沿着y正方向拉伸，而我的mdp是向z，请问是为什么？
3、将mdp中的pull_coord1_dim  = Y N N 尝试修改成N N Y 或者N Y N 发现分子都是沿着y正方向拉伸，请问是为什么？应该如何设置方向？

拉伸示意图：


pull.mdp

RandomError

http://bbs.keinsci.com/thread-36490-1-1.html

可能可以参考一下这篇帖子

zhangfaxue

RandomError 发表于 2025-2-20 18:53
http://bbs.keinsci.com/thread-36490-1-1.html

可能可以参考一下这篇帖子

谢谢您。我就是参考的这篇帖子，然后调整为使用direction 还是一样方向不对