请问MS构建完小分子后如何进行Gromacs水中自组装模拟

Grizz

求问各位大佬，我想要做的是小分子在水溶液中的自组装。我在materials studio画了个小分子（加氢clean外未进行其他处理，但是其中有在水溶液中带电的氨基酸），直接将它导出为pdb格式，然后在soptop软件中生成拓扑文件，构建水盒子并加入小分子，随后能量最小化，平衡模拟，最后进行模拟就可以了吗？

sobereva

那叫sobtop
用gview画结构，保存成mol2再给sobtop产生拓扑文件，没M$的事。并且还得赋予原子电荷，怎么弄http://sobereva.com/soft/Sobtop里都明确说了
而且不是往水盒子里加小分子，而是往editconf创建的带有小分子的空盒子里用gmx solvate填充水分子。

如果还有搞不清楚的细节，通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）系统学一遍、照着丰富的例子做一遍就都会了。

Grizz

sobereva 发表于 2025-3-9 00:17
那叫sobtop
用gview画结构，保存成mol2再给sobtop产生拓扑文件，没M$的事。并且还得赋予原子电荷，怎么弄h ...

好的，谢谢sob老师，请问最后进行分子动力学模拟的代码应该怎么写？和nvt，npt平衡的区别在哪呢？

sobereva

Grizz 发表于 2025-3-9 12:01
好的，谢谢sob老师，请问最后进行分子动力学模拟的代码应该怎么写？和nvt，npt平衡的区别在哪呢？

那叫命令不叫代码

我不可能在这里把一个完整教程都贴出来，需要的文字、图片、文件多了去了。所有模拟需要的知识在我上面提到的培训里都极其详细讲了，系统完整学一遍就全都明白了。