计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 275|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 周期的三维结构在下方box中放水水填不满怎么办

[复制链接 Copy URL]

22

帖子

0

威望

187

eV
积分
209

Level 3 能力者

我想利用毛细现象在我的三维碳结构下填充一个8nm的水层(多孔碳结构z=7.5)然后把水吸上去,但是使用gmx solvate  -cp out.gro  -cs tip4p.gro -o conf.gro 指令的时候发现水填不满下方的的盒子,反而在形成水阵的形式见图1。我怎么做可以填满整个下方。 以前做碳纳米管的时候也遇到类似现象,也没解决。请大家支支招

微信图片_20250319180055.png (47.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图1

图1

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120073

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-3-19 18:10:53 | 只看该作者 Only view this author
方法1 先做个纯水盒子,再放三维碳结构到上头
方法2 用packmol或gmx insert-molecules
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

22

帖子

0

威望

187

eV
积分
209

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-19 21:43:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-19 18:10
方法1 先做个纯水盒子,再放三维碳结构到上头
方法2 用packmol或gmx insert-molecules

感谢老师,老师能不能介绍一下第一种的操作?我今天晚上尝试合并充满纯水盒子和三维碳结构的gro文件但是放在VMD之后显示不出来很苦恼

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120073

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-3-20 04:19:45 | 只看该作者 Only view this author
潇潇的kk 发表于 2025-3-19 21:43
感谢老师,老师能不能介绍一下第一种的操作?我今天晚上尝试合并充满纯水盒子和三维碳结构的gro文件但是 ...

合并之后记得改gro文件里的原子数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

22

帖子

0

威望

187

eV
积分
209

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-20 15:33:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-20 04:19
合并之后记得改gro文件里的原子数

好的老师,我已经修改这个问题。现在MD已经跑起来了,但是现在这样水分子毛细不上去了,就是在原有水层运动。是我结构的问题吗?使用gmx solvate 添加的水分子在同样的条件下很快就上去了

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120073

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2025-3-20 16:23:50 | 只看该作者 Only view this author
潇潇的kk 发表于 2025-3-20 15:33
好的老师,我已经修改这个问题。现在MD已经跑起来了,但是现在这样水分子毛细不上去了,就是在原有水层运 ...

检查密度,是不是密度太低,因而压力太小
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 00:14 , Processed in 0.170424 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list