计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 988|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 结合能计算时结合体建模的问题?

[复制链接 Copy URL]

10

帖子

0

威望

25

eV
积分
35

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
结合体在建模时,已经优化好的单分子结构可以变吗?应用b3lyp/6-31g(d,p)优化结合体

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120201

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-1-1 03:46:36 | 只看该作者 Only view this author
柔性分子之间形成复合物的时候分子的构象经常发生显著变化。这也是为什么优化复合物结构之前先对单分子做结构优化往往是无意义的事

别试图B3LYP不带色散校正优化弱相互作用复合物,这年几乎一定挨批
仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html

谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

10

帖子

0

威望

25

eV
积分
35

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-1 16:10:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-1 03:46
柔性分子之间形成复合物的时候分子的构象经常发生显著变化。这也是为什么优化复合物结构之前先对单分子做结 ...

谢谢老师,可以问下如何判断是柔性分子?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120201

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-1-2 03:57:11 | 只看该作者 Only view this author
yuela 发表于 2024-1-1 16:10
谢谢老师,可以问下如何判断是柔性分子?

有容易旋转的键就算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

10

帖子

0

威望

25

eV
积分
35

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-3 14:59:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-2 03:57
有容易旋转的键就算

那老师再算这种结合能时,需要把结合体优化好的结构 单个分子分开再算能量吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120201

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2024-1-4 10:33:12 | 只看该作者 Only view this author
yuela 发表于 2024-1-3 14:59
那老师再算这种结合能时,需要把结合体优化好的结构 单个分子分开再算能量吗?

每个分子单独优化然后算高精度单点
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

10

帖子

0

威望

25

eV
积分
35

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-5 14:48:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-4 10:33
每个分子单独优化然后算高精度单点

好的谢谢老师!

158

帖子

0

威望

359

eV
积分
517

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2025-3-17 21:59:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yzh 于 2025-3-18 10:43 编辑
sobereva 发表于 2024-1-4 10:33
每个分子单独优化然后算高精度单点

sober老师,请教一下,是否先分别优化一下A分子和B分子的几何结构B3LYP-D3/6-31G*,然后通过molclus搜索A+B的复合体团簇结构,接着对A+B团聚结构进行结构/频率优化得到A-B复合物B3LYP-D3/6-31G*,最后在高精度下,对优化后的A-B复合物例如CCSD(T),A-B复合物中的A,A-B复合物中的B分别做单点计算得到电子能E(A-B),E(A),E(B)。最后,A-B的结合能就是E(A-B)-E(A)-E(B)?谢谢!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120201

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2025-3-18 05:08:05 | 只看该作者 Only view this author
yzh 发表于 2025-3-17 21:59
sober老师,请教一下,是否先分别优化一下A分子和B分子的几何结构B3LYP-D3/6-31G*,然后通过molclus搜索A ...

事先优化单分子结构通常没意义
分清楚CCSD(T)和CCSDT,认真看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

以及看下文,该说的都说了
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

158

帖子

0

威望

359

eV
积分
517

Level 4 (黑子)

10#
发表于 Post on 2025-3-18 10:43:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yzh 于 2025-3-18 12:16 编辑
sobereva 发表于 2025-3-18 05:08
事先优化单分子结构通常没意义
分清楚CCSD(T)和CCSDT,认真看
计算化学中的一些常见不良写法和用词

非常感谢老师解答,我已经修改了。感谢老师的耐心解释,我需要计算的是弱相互作用,因此参考文献用的△Ebind就可以。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 05:22 , Processed in 0.182432 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list