N2O4 刚体小分子拓扑文件编写请教

raku · 发表于 Post on 2025-3-12 16:58:49

我最近在尝试构建N2O4小分子，但编写的拓扑文件总是报错。
N2O4中所有原子都在同一平面。N-N 键距离0.1782 nm,N-O键0.119 nm；O-N-O夹角135.4°；
目前已经尝试使用
   1. [constraint]限制N-N键长，N-O键长，同侧/对侧O-O键长；

   2.[ settles ]限制O-N-O长度+二面角
   3.[ constraint ] + [ angels ] 限制
但这几种要么报错提示约束过多，要么在计算中提示scaling more than 1% 的提示

想尝试用虚拟位点建模，但还没想明白该怎么设置。请教各位有这方面的经验吗

raku · 发表于 Post on 2025-3-20 15:12:16

喵星大佬发表于 2025-3-12 19:20
不能在同一个分子上混用不同的约束方式，并且SETTLES只能约束孤立非共线三原子分子

请教下老师说的不能混用不同约束方式是指[constraints] + [angles] 或 [ settles ]限制O-N-O长度+二面角这两个吗

raku · 发表于 Post on 2025-3-14 14:53:06

喵星大佬发表于 2025-3-12 19:20
不能在同一个分子上混用不同的约束方式，并且SETTLES只能约束孤立非共线三原子分子

谢谢喵老师回复，确实[settles]只能用在非线性三原子，用在N2O4上报错了

raku · 发表于 Post on 2025-3-14 14:52:10

sobereva 发表于 2025-3-13 07:47
没必要执着于刚性，用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于谐振势描述的拓扑文件就已经足够 ...

谢谢社长回复，我去试试看

sobereva · 发表于 Post on 2025-3-13 07:47:17

没必要执着于刚性，用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于谐振势描述的拓扑文件就已经足够刚了。是否是严格的刚性对于描述分子间相互作用影响很小

喵星大佬 · 发表于 Post on 2025-3-12 19:20:50

不能在同一个分子上混用不同的约束方式，并且SETTLES只能约束孤立非共线三原子分子

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[GROMACS] N2O4 刚体小分子拓扑文件编写请教

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