计算自由连接链的均方末端距与理论不符

cmbsnr · 发表于 Post on 2025-3-17 14:53:16

本帖最后由 cmbsnr 于 2025-3-18 15:03 编辑

lammps刚刚上手，准备做些高分子的工作，因此选择一个小体系练习。
模拟一根链长为50、100、200、400的自由连接链，只设置bond_style为harmonic，其余pair、angle、dihedral的style均设置为none，模拟只有键长制约的自由链。
理论上的均方末端距Rg^2 = n * l^2，实际模拟结果除了链长为50的，计算出来的末端距与理论的有较大的差距，不知道问题出在哪里。

已经尝试修改步长，温度，以及系综，均没有改善，统计了lammpstrj文件中的键长和键角，也服从理论分布，排除随机数的问题。
附100的in文件和data文件，以及200的data文件如下，链长设置为4.48理论末端距值为44.8和63.36，实际上却只有33和39。

in.PDMS (2.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

PDMS_100.data (5.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

PDMS_200.data (11.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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