公社群聊Q&A整理：2015.06.21 20 ~ 2015.06.25 19 Mark

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-3-6 13:04:50

本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-3-6 16:09 编辑

本帖由 @978142355 整理

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2015.06.21 19:14:04
Q:
请教一个水分子氢键的问题，文献上是这样定义的[图片]，我想问一下这个angle 小于30度，是指角O-H-O的角吗？？如果没表述清楚的化，那么请告知一下在编程中如何定义这个角！谢谢
A:
文中表达得不确切。应该是O-H---O大于150度，或者O-O-H小于30度
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2015.06.21 20:34:35
Q:
想请问下下图中的T1 对应Excited State 1: Triplet-A 2.1985 eV（自旋多重度为1时）的值么？ [图片]
这个T1 和直接用自旋多重度为3在单态下的计算有关系么？
A:
only 0 1基态的SCF能量加上2.1985eV，以及你直接在0 3下得到的SCF能量，都对应于这个T1能量。
Q:
好的。谢谢。
请问Sob，我做了一个简单的测试。分别计算了甲烷的三态的单点能，和单态下的三态激发能，分别用如下命令：#p b3lyp/6-31g*；0，3 和#p td(triplet,root=1) b3lyp/6-31g*；0，1. 但是在三态下的能量是SCF Done: E(UB3LYP) = -40.0692977242，单态下T1的能量是Excited State 1: Triplet-T，Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) = -40.0862074709。这两个能量之间有关系么？
A:
两种方法结果肯定不同，但原理上都对
Q:
那哪个对应的才是T1的能量？
A:
都是
Q:
我用什么方法才能和上图中T1对比？
A:
一个是delta-SCF方法算的，一个是TDDFT算的。哪个都能对比
Q:
好的。那我就用TDDFT的结果对比吧。谢谢了。
在做激发态三态计算时，优化前几步激发能都是正值，可是优化了一段时间后激发能就变成了负值，这个问题该怎么客服？
A:
输入输出文件都给他就成了
看错了，以为你想说“这个问题该怎么问客服”
用出现负值的结构，改变多重度设定看看激发能是否为正。即原来的基态自旋多重度在当前结构下可能已经变了。
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2015.06.21 20:41:52
Q:
S老师，amber软件里
伞形取样法计算的是自由能面（基于反应坐标）上的最低能量路径？
而NEB方法计算的是势能面（基于反应坐标）的最低能量路径？
是这样吗？
A:
NEB是那样。但是伞状取样并不是得到自由能面的最低能量路径，应该说是得到给定的一个路径上的自由能变化。
Q:
另有一问，伞形取样法得到的路径上某点的自由能，应该是这点的最低自由能吧？
A:
没法这么说
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2015.06.21 21:42:05
Q:
不好意思打错字了。我没试过改变多重度。我是想优化T1下的稳定构型，可以改变多重度么？
A:
你就用0 3优化
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2015.06.21 22:05:30
Q:
[图片]
请问，我要把CH3CH3改成ch3ch2d
应该怎么改这个输入文件？
A:
最后一个H改为H(iso=2)
Q:
[图片]
是这样么？
A:
对
Q:
嗯，懂了，谢谢大神
为什么CH3CH2D和CH3CH3优化出来的所有键长键角的结果都是一样的啊？
A:
因为优化过程本来就不依赖于原子质量。只看核电荷、电子数
Q:
哦，懂了，我查了一下频率，是不同的
A:
只有振动平均结构能反映出同位素质量的影响
Q:
了解，谢谢大神
A:
看样子真是进入认真写论文的阶段了
Q:
是哒，写得差不多了，分块写的，现在再拼一个完整的文章~
图和表格也差不多准备完了
A:
頑張れ！
Q:
好期待九月份博士开学~
谢谢[图片]
[Emoticon]打算在科研的道路上一直走下去
A:
刮目相看了
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2015.06.21 22:08:05
Q:
sob老师，Multiwfn可以做这种图么
[图片]
A:
不能
Q:
嗯这个我看介绍说是等值面填色图
A:
结合VMD能作
Q:
不知道做这个图有啥意义
A:
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
幻灯片：Predicting reactive sites （反应位点的预测）
http://sobereva.com/234
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2015.06.21 22:09:30
Q:
嗯我看看老师发的地址
上面那个图是用这个软件做的 Moliso 看起来也很简单
http://www.moliso.de/
A:
真是稀奇
Q:
老师也可以看看
A:
moliso以前玩过，并不好用
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2015.06.21 22:57:59
Q:
As I explained in my original comments: unless the
same basis is used for PCA, the pictures of the PCA projections cannot
directly be compared by visual inspection.一个审稿人两次提到了这个问题，这是什么意思呢
针对pca图提出来的
A:
除非PCA的PC的定义相同（产生PC的过程一致），否则PCA图没法直接对比
Q:
我做的是针对一个系统突变前后分析的主成分
这不存在pc产生的不一致吧
A:
那你应该把突变后的结果往突变前产生的PC上投影
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2015.06.21 23:00:18
Q:
记得卖萌君是男人么，怎么头像是这么萌的菇凉
玛丽卖萌是女的
[Emoticon]
可是上次咋看到卖萌君的男人照了呢
[Emoticon]
那卖萌君确实好菇凉，有对象了吗[Emoticon]
阿萌说还没有
A:
有了
Q:
你骗娃娃
[图片]
我想你们都疯了
[Emoticon]
竟然有了
我只想安静的写论文
大家排队
不要争抢
我们可以给你写论文(⊙o⊙)哦
都要做有素质的竞争者
明明我排在第一位
你们这么说，我家妹子会吃醋的
A:
散了散了，别影响人家用功
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2015.06.22 01:03:14
Q:
Sob老师你好……使用ADMP的时候，输出文件有上万步……这种情况下用GaussView打开很慢，请问有什么好的办法吗？
A:
将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv
http://sobereva.com/126
转换完了你可以用VMD看，快得多
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2015.06.22 05:44:35
Q:
com输入格式正确和log正常结束也可以正常打开但fchk却打不开[Emoticon] 是计算出错了？[Emoticon]
[图片]
[图片]
那样算不了分子轨道了[Emoticon]
[图片]这个是输入文件有什么关键字冲突吗？
A:
#P前面都没换行
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2015.06.22 16:34:07
Q:
北京科音自然科学研究中心（www.keinsci.com）将于2015年8月于北京开办以下培训班：
(1) 8月5日至7日：2015北京科音量子化学基础暑期班，通知见
http://www.keinsci.com/workshop/2015SKBQC_ann1.html
(2) 8月10日至13日：第二届量子化学波函数分析暨Multiwfn程序使用培训班，通知见
http://www.keinsci.com/workshop/2WFN_ann1.html
对于量子化学初学者，两个培训班同时参加不仅能充分学习基础量子化学知识、掌握主流量子化学程序的使用，在学习波函数分析和Multiwfn使用后，还将使得量子化学研究水准明显进一步提升、将问题分析得加更深入透彻、令文章内容更为丰富充实。两个培训班同时参加可享受较多优惠，优惠信息见http://www.keinsci.com/workshop/2015SKBQC+2WFN.html。
培训的全部课程将由本群群主之一、Sobereva网名主要使用者、Multiwfn波函数分析程序的开发者卢天博士讲授。
A:
欢迎参加
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2015.06.22 16:45:26
Q:
[图片]gamess运行过程中产生的这些文件可以删除吗？
A:
算完了再删
Q:
[图片]sob老师，磁盘空间快被占满了，这种情况下，怎么解决呢？
A:
腾空间呗
Q:
就是上述的两个很大的文件占住了空间
A:
如果硬盘都占满了还算不完，那就只能尝试用别的计算方法、设定
Q:
哦这样啊谢谢sob老师
那你怎么解决的？
A:
计算级别的选择要量力而行
Q:
6-31g* 估计是体系太大了 200多个原子呢看来确实不能算能量分解了
A:
DIRSCF=.T.你用了么？
Q:
在另一个体系中用了，但是算一会儿就会自动停止不清楚为什么
A:
看输出报错。如果程序把GTF积分储存到硬盘上，自然会大得很
Q:
[图片]最后没有报错信息
A:
Direct SCF既不会占多少内存也不会占多少硬盘
Q:
手动删除硬盘上的GTF积分可行吗？恩
A:
必须用Direct SCF，这是不占硬盘的唯一办法
其它出错多尝试bypass
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2015.06.22 17:14:34
Q:
我之前也遇到这样的问题，算个qcisd（t）/tz结果，rwf写满了磁盘，算不下去了
好像劈裂了rwf也没用，因为分开的小文件如果删了其中一个，计算也就直接死掉了
算不下去啊~
A:
计算级别的选择要量力而行
DIRSCF=.T.你用了么？
多尝试。
显然
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2015.06.22 17:28:01
Q:
求教各位把MO6优化好的构型保存好，用M06/aug-cc-pVDZ做单点计算，直接报scf不收敛这个是不是可以把scf收敛精度降下来
A:
int=ultrafine scf=novaracc之类没辙再降收敛限
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2015.06.22 17:35:11
Q:
请教，使用在DFT中，选择GGA+U计算内包金属富勒烯这类分子可以吗，会有明显的缺陷吗？
A:
这种体系就拿普通杂化泛函算就行了
达夫(707476975) 9:35:11
请教，使用在DFT中，选择GGA+U计算内包金属富勒烯这类分子可以吗，会有明显的缺陷吗？
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2015.06.22 17:38:38
Q:
gamess，lmoeda用b3lyp计算。按顺序会经历那些过程呢？[图片]这个又是进行到哪一步了呢？如果有较小的.log文件，能否发来一个参考一下，谢谢啦~~
A:
自身就带了例子文件
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2015.06.22 18:30:02
Q:
gamess中，做能量分解时，用dfttyp=b3lyp是不是不能再加scftyp=rhf？
A:
不矛盾
Q:
加不加scftyp=rhf看什么呢
看体系是闭合还是开合？
A:
闭壳层都写这个，开壳层写uhf或rohf
这设定的是SCF是什么类型，和泛函选择是两回事
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2015.06.22 21:22:36
Q:
[图片]轨道分析出现这样的错误[Emoticon] 求指点[Emoticon]
A:
用Multiwfn做
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2015.06.22 21:47:37
Q:
老师我最近算了一个ts 加上了tight calcall得到的振动也凑合但是做IRC时用stepsize=15，取点=10只能出5个点我加大stepsize=20 取点=10，加上了LQA，但是得到的只有11个点图形如下[图片]这该怎么办呢
A:
再加上calcall
IRC里加
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2015.06.23 05:24:52
Q:
请问用Multiwfn可以得到金属团簇的势能或平均势能的径向分布函数吗？
A:
不能
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2015.06.23 05:30:53
Q:
什么键不影响结果，不画都行。
请问Multiwfn能输出HF能量吗？
A:
不能
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2015.06.23 06:15:34
Q:
请教一个问题，把小分子放进酶的活性口袋里，小分子的前线轨道形状会不会发生改变? 从而导致小分子的活性位点也发生改变?
A:
首先此时分子轨道就是整体的了。若把周围环境当成外场考虑，小分子的轨道肯定会发生变化，但毕竟是弱相互作用，变得不会那么显著。
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2015.06.23 15:19:33
Q:
今天使徒没有来呢好伤心
A:
？
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2015.06.23 15:22:20
Q:
eva的设定是20156.22使徒来袭。。。。
A:
还以为你想说UBW 24话使出咖喱棒之后那个爆炸很有EVA风格但是使徒没来呢
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2015.06.23 16:44:00
Q:
老师，求指导，NCI是指什么分析？multiwfn程序有相关分析功能吗？谢谢老师卢天
A:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186
弱相互作用的分析在8月份的Multiwfn培训班中会详细介绍和演示
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2015.06.23 17:10:17
Q:
[图片]
我算DFT-D3的输入文件，
提示书写有错误
A:
dispersion后面多写一个i
Q:
那个是修改时候Insert的i
我看了DFT-D3的帖子
[图片]
A:
用的哪个g09版本？
Q:
D.01
A:
把图截完整
Q:
不对，这个版本是B.01
应该是这个问题啦？
A:
D.01才行
Q:
D.01才加入GD3？
A:
sure
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2015.06.23 17:11:42
Q:
老师，susceptibility该翻译成极化率还是磁化率呢？
A:
磁化率
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2015.06.23 17:14:22
Q:
请问，如何看激发态优化是否收敛呢＠sobereva
A:
收敛了任务自然就正常结束了
Q:
现在。log文件都一万多行了
A:
[图片]
[图片]
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2015.06.23 17:30:17
Q:
[图片]请问这个BSSE矫正是什么意思呢
有谁知道吗谢谢
A:
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
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2015.06.23 17:39:15
Q:
[图片]
2000人不远了
估计到时间会清理一批僵尸
A:
肯定的
Q:
能看到那些人从来没说话？
A:
当然。
所有人加入时间加入理由都有详细记录，最后发言日期也能看到，不会错杀的
----------------------------------------------------
2015.06.23 17:46:11
Q:
活跃级别会被杀了不？好忧桑啊
A:
一年内发过言就不会被踢
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2015.06.23 17:47:40
Q:
理论上能没能预测在一在分子上引入什么样的基团可以降低熔点。
A:
根据QSPR关系，分子的性质，包括熔点、蒸发焓、密度等等，都是分子描述符的函数。分子描述符包括分子体积、质量、偶极矩、分子表面上静电势极大极小值/平均值/方差等等。
因此可以对分子进行各种修饰，然后计算描述符，通过QSPR方程预测出相应的熔点
更精准的方式则是做动力学模拟。步骤更复杂，耗时也高。
----------------------------------------------------
2015.06.23 18:40:33
Q:
对于比如C60这样的不含氢的分子，用6-31g(d,p)，是不是这个p加上去是没有任何意义的啊，因为p是对氢加的极化函数，是这样吗
2d是什么意思？
A:
是的。6-31G*就够了。
----------------------------------------------------
2015.06.23 18:57:01
Q:
在用multiwfn做临界点BCP分析的时候是不是只能用WFN格式的啊能够用FCHK格式的了？
A:
wfn/wfx/fch/molden格式都可以。凡是要用wfn格式的都能用wfx/fch/molden格式。
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2015.06.23 18:57:41
Q:
[图片]大家好。我想请教下，我想在水溶剂下做一个分子的NMR，这是我输入文件
对吗
[图片]提示的错误是这样的
只能做气相中的NMR吗
A:
别把外迭代和NMR搅在一起。你写的关键词几乎大多都是多余的。直接写
PBE1PBE/6-311++G** NMR SCRF=SMD
就够了
----------------------------------------------------
2015.06.23 19:20:39
Q:
请问一下~VMD的这个键的半径，只能是0.1 0.2 这样的间隔么不能0.15啥的么
[图片]
A:
你选file-log tcl commands to console，然后你调节这个的时候屏幕上就会显示相应的指令，然后重新输入那条指令，但是把参数写成0.15即可。
----------------------------------------------------
2015.06.23 19:22:29
Q:
[图片]
这个打不开
A:
不要在本群宣扬工口或奇怪的网站，警告一次。
----------------------------------------------------
2015.06.23 19:49:33
Q:
嗯谢谢老师再问一下老师，这个作用指认为C-H------pi可以么
A:
可以
----------------------------------------------------
2015.06.23 19:51:24
Q:
显示溶剂化与隐式溶剂化模型的各有什么好处
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.06.23 19:53:46
Q:
PCM 和cpcm 是一样的？
A:
不一样，但类似
----------------------------------------------------
2015.06.23 20:24:28
Q:
优化不考虑对称性限制是加nosymm吗
A:
恩
但是如果初始结构严格满足对称性，即便加了这个往往对称性也不会被破坏
Q:
老师我不考虑对称性为什么看不到电子态的不可约表示了
哦哦
A:
此时相对于用C1点群，显然没有那些不可约表示
Q:
除了c1点群都可以显示不可约表示吗
A:
C1不可约表示全是A，没什么意义
其它点群有哪些不可约表示看特征标表
----------------------------------------------------
2015.06.23 20:27:07
Q:
gaussian有把结构往高对称去优化的倾向么
A:
没有此倾向，纯粹取决于势能面
----------------------------------------------------
2015.06.23 21:35:39
Q:
冒昧请教一个问题：
扫描分子的某个键长资料得到的这个图的横坐标是coordinate[图片]
可是我得到的是（# B3LYP/6-311++G(d,p) opt(modredundant,maxcycles=500) iop(5/13=1) Test ）：
[图片]
横坐标怎么就不一样了[Emoticon]？
（想知道有什么方法可以得到资料那样的横坐标）
A:
真不希望视野里再出现maxcyc=几百，以及iop(5/13=1)这样的关键词
----------------------------------------------------
2015.06.23 21:43:59
Q:
[图片]文献上说这个反应能自发进行，我觉得不太可能。
A:
原子数都不一样，自然不可能反应
----------------------------------------------------
2015.06.23 22:09:55
Q:
帮解答一下小草儿的问题～
A:
hrtang已经解答了
----------------------------------------------------
2015.06.23 22:50:39
Q:
咨询一下我用
A:
操作过程不对
----------------------------------------------------
2015.06.23 22:52:57
Q:
咨询一下我用multiwfn计算了一下ICSS中苯这个例子，out文件算完了，再用multiwfn计算，multiwfn软件就自动关闭了，这是什么原因啊，求指点！
用高斯算完了，怎么再用Multiwfn算到那个Isotropic选择完1之后Multiwfn软件就自懂关闭了
您知不知道那块操作出问题了呢
A:
看此文开头提供的文件
http://sobereva.com/216
----------------------------------------------------
2015.06.23 22:59:39
Q:
请教下分子的电子态如何判断啊？比如说Σ是如何判断的。有相关的材料可以阅读吗？或者帖子啥的？~拜谢[Emoticon]
A:
看Levine的quantum chemistry的双原子分子部分
----------------------------------------------------
2015.06.23 23:09:42
Q:
请教大家，有没有什么详细的理论资料介绍在DFT计算中加外电场？
A:
[图片]
Q:
谢谢sob，这是操作方面的，有没有介绍理论实现细节的材料？
A:
没有什么值得说的，就是哈密顿算符里加一项外场和体系电荷的作用势
Q:
谢谢sob，那比如说，如果我想在ab initio MD中加入一个交流变化的外电场，那是不是这个外电场就会同时产生磁场，这样外磁场也要考虑？目前有软件能实现这样的功能吗？
A:
octopus
----------------------------------------------------
2015.06.23 23:15:22
Q:
老师：您好！之前看您说
如果初始结构严格满足对称性，即便加了nosymm这个往往对称性也不会被破坏。请问nosymm和symm=veryloose、symm=loose，这几个有什么区别吗？使用的时候需要注意写什么吗？
使用时需要注意些什么？
A:
这控制的是对点群判断的严格程度。平时没必要写veryloose、loose
Q:
那在什么情况下可以写veryloose，loose呢？
A:
程序没判断对实际点群的时候
尤其是体系对称性很高，如C60，默认设置下程序不容易判断对，需要把判断阈值设松一点
Q:
在把分子对称性调高的时候加入，是这样理解的吗？
A:
不是调高，而是没判断对当前的点群，勿把点群判断低了
[图片]
----------------------------------------------------
2015.06.23 23:34:46
Q:
我之前的计算中断了，restart之后能不能把之前的rwf文件删了呢？
A:
可以
Q:
噢，那restart是不是只需要chk文件，其他的都可以删去？
A:
恩
----------------------------------------------------
2015.06.23 23:46:31
Q:
[图片]我下载了您算的结果可是还是不行，这是怎么回事啊
A:
仔细阅读屏幕提示
文件名又不是benzene0001、benzene0002...
----------------------------------------------------
2015.06.24 00:17:51
Q:
[图片]
好低调啊
黎乐民是南大的啊
黎叔华
黎叔很生气
人家是黎书华
A:
很久很久很久以前，把叔本华和黎书华名字还搞混了
Q:
刘文剑 vs 刘剑
Schleyer vs Schlegel
----------------------------------------------------
2015.06.24 01:08:24
Q:
我是新手求助高手：文献上是这么说的molecular orbital calculations were performed by using the hybrid B3LYP functional in combination with the triple zeta basis set。其中 triple zeta basis set我在计算的时候直接写TZ还是写LANL2TZ？谢谢
A:
文献没明确写清楚，作者自己才知道
----------------------------------------------------
2015.06.24 01:09:50
Q:
Sob老师：您的博文<Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览> 中提到的：7.3 对单体和复合物状态下的原子电荷求差值得到变化量，可以再加和成片段或分子的变化量。这样一来，弱相互作用发生前后每个原子、片段或分子的电子增减了多少就非常清楚了。这个方法极为重要、常用！
这里的电荷是指ＮＢＯ分析得到的ＮＰＡ电荷吗[图片]
A:
原子电荷定义方法千差万别，看群共享里的《原子电荷计算方法的对比》。
----------------------------------------------------
2015.06.24 04:09:10
Q:
各位大神，泛函M06-X 与M06-2X有什么区别？哪一个算弱作用力更准确呢？！谢谢
[Emoticon][Emoticon][Emoticon]谢谢谢谢 @华电ding
A:
根本没有M06-X
----------------------------------------------------
2015.06.24 04:19:45
Q:
[Emoticon][Emoticon]谢谢谢谢，这两个泛函有什么区别呢？！能麻烦您帮忙解答一下吗？
各位大神，算分子间弱作用力，除了m06-2x外还有什么好的泛函可以使用吗？谢谢各位大神
A:
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
弱相互作用的计算在今年8月的科音量子化学暑期基础班里也会详细讲
----------------------------------------------------
2015.06.24 05:28:03
Q:
哪位知道，那种免费的动力学模拟软件，比较好上手，windows版本，谢谢
好的，谢谢了。我看看这个软件
我就是跑20个原子左右的团簇体系，可以吗
A:
gromacs也有windows版，只不过不是官方发布
----------------------------------------------------
2015.06.24 06:12:54
Q:
请教一下，如果我们用高斯计算的时候，计算的结果error，原因是收敛不了的。有没有更好的方法让其收敛。（已经增加循环次数500了，还是收敛不了o(╯□╰)o）
换句话说就是输入文件怎么编命令？
老师的文章？请问您指的是……
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
增加循环次数到500只会白浪费时间。
无论是科音的量化培训班里、群里、论坛里、博文里，我都反复强调绝对不要用maxcyc=几百这种做法
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2015.06.24 15:52:03
Q:
ｓｏｂ老师：如果没机会去现场听您的课，可以做成视频，我们买课，类似于新东方的在线教学，打破时间空间的限制
A:
暂无此计划
Q:
可以考虑先录制，如果考虑好马上就可以推出
A:
暂不打算这么做
Q:
[Emoticon]
有录像就有流出啊
A:
正解
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2015.06.24 16:02:19
Q:
请教一个问题：怎么用li+在C60里扫描稳定的位置
A:
直接优化
Q:
取不同位置优化，得到的是同一结构，能量也差不多。但我想把这个过程体现在文章里，所以想画个类似势能面曲线的图
A:
那你就扫把
Q:
取不同位置直接算单点能是不是也可以
A:
可以
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2015.06.24 16:38:06
Q:
请问在计算一个共轭体系时使用lc-b3lyp/6-311++G* 时 301错误，怎么解决啊？谢谢
A:
LC不能和杂化泛函一起用，只能用到GGA泛函上
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2015.06.24 16:48:52
Q:
[图片]
A:
基础量化班培训内容如下：
• 计算化学概览
• 量子力学概要（介绍所有量子化学学习需要知道的最基本的量子力学知识）
• 量子化学理论基础（Hartree-Fock、半经验、密度泛函理论、组态相互作用、微扰、耦合簇、电子相关的本质、电子积分、SCF迭代、分子轨道、自旋多重度、开壳层与闭壳层、自旋污染、导数计算等）
• 基组与赝势（介绍基函数和赝势的基本概念，盘点所有主流的基组和赝势，介绍如何根据具体情况选择最合适的基组）
• 分子结构建模（各种坐标系的介绍，演示构建各类体系的最佳、最快的途径）
• 势能面的概念
• 单点能计算（能量的读取、gap、轨道图形的观看、解决不收敛的方法、对称破缺处理、波函数稳定性测试等）
• 几何优化（几何优化的原理算法、限制性优化、加速收敛的处理等）
• 过渡态搜索与反应速率的计算（过渡态搜索的基本算法、操作技巧；反应速率计算的原理与操作）
• IRC计算
• 势能面扫描（刚性扫描、柔性扫描、不同坐标下的扫描）
• 振动分析（谐振频率计算的原理、非谐振效应、频率校正因子等）
• 热力学性质与能量相关性质的计算（ZPE、焓、自由能、反应热、电离能、电子亲和能、电负性、键能等常见属性的计算，并介绍热力学组合算法、构象分布、平衡常数的计算）
• 红外、拉曼、VCD、ROA光谱的计算与绘制
• NMR、核自旋耦合常数、磁化率的计算
• 极化率与超极化率的计算
• 弱相互作用的计算（弱相互作用的本质、计算方法的选择、BSSE的考虑、色散校正、弱相互作用的分析等）
• 溶剂效应（溶剂的影响、非平衡溶剂效应、溶剂化能的计算、pKa的计算等）
• 激发态与紫外、荧光、ECD光谱的计算和绘制（同时包括各类光化学过程、势能面交叉、旋轨耦合、激发态寿命、振动耦合等概念的讨论）
• 盘点主流计算化学软件和理论、计算化学书籍
• 其它（相对论效应、周期性计算简介、设置外电场、背景电荷、偶/多极矩的计算等）
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2015.06.24 16:50:15
Q:
求两篇文献，谢谢！
http://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.104.136102
http://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.87.216102
A:
自行用sci-hub.org解决
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2015.06.24 18:04:54
Q:
请教 mmff94的力场参数文件在哪里能找到？
A:
tinker支持MMFF94，可以看看
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2015.06.24 18:13:06
Q:
[图片] 大神么，能帮我看看我安装出现这个问题是怎么回事？
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2015.06.24 18:13:38
Q:
谁有CPMD的压缩文件，帮忙传一个，官方申请的都两天了，还没动静。谢谢啊！
A:
计算化学公社-量子化学版-资源分享区里面就有CPMD
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2015.06.24 18:21:01
Q:
formchk显示内存过小，这个怎么处理
A:
当你转换过大的chk文件的时候，需要在环境变量中设置：export GAUSS_MEMDEF=2000000000，即先尝试设置2GB
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2015.06.24 18:33:11
Q:
RDG分析中CH...HC之间的spike值小于-0.01 是否可解释为二氢键？
A:
这类作用算不上什么二氢键
这类正负电荷吸引才算
[图片]
Q:
那属于范德华？原文不是说小于0.005的属于范德华吗？
A:
如果是因为体系结构原因导致挨得太近才导致它们之间密度较高，这什么都不算。弱相互作用分析那个博文里也说了，相互作用的考察应当是那个相互作用处在平衡结构下。
Q:
结构经过优化，是否可以说是处在平衡位置？只是接触面积大、等值面比较多，这是其中的一个等值面，这样的情况是否属于“因为体系结构原因导致挨得太近”？
A:
这就是我指的因为结构原因被迫挨得太近
[图片]
并非因为自发的成键而离得近，是结构迫使其挨得太近
一些文章瞎讨论一堆，说这C-H----H-C有某某某吸引/成键作用
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2015.06.24 18:37:24
Q:
sob老师，multiwfn搜索（3，-1）的BCPs时，能不能把共价键的CPs除去，只留下剩下的弱相互作用的CPs。
A:
如果是因为体系结构原因导致挨得太近才导致它们之间密度较高，这什么都不算。弱相互作用分析那个博文里也说了，相互作用的考察应当是那个相互作用处在平衡结构下。
选
-4 Modify or export CPs (critical points)
再选
2 Delete some CPs
Q:
您觉得可行不？老师
A:
没有相应的选项控制这个
Q:
恩，我也没有找到，那我用 2 Delete some CPs吧
A:
特别需要这个功能也可以给你扩展一下程序
Q:
哇塞，老师，您太棒了，我真需要这个功能，
我昨天就用 2 Delete some CPs，昨天一天才处理了三个结构，而且有漏的CP点
A:
正在弄
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2015.06.24 18:42:05
Q:
因为我的体系比较大，成共价键的CPs比较多，找出来就很麻烦。我的想法是：能不能再搜索的过程中就不要搜索电子密度大于0.2的
sob老师，能不能帮忙扩展下程序，在搜索（3，-1）type CPs 的过程中可以选择不要搜索电子密度大于0.2的，[Emoticon]
A:
已经在Multiwfn主页上更新了。你可以先用选项2搜索出NCP，然后选-1，再选9，输入0,0.2，然后再返回去用选项3搜索BCP，此时在CP搜索过程中，只有密度在0~0.2范围内的会被保留。
wyy(1070840197) 10:51:49
sob老师，能不能帮忙扩展下程序，在搜索（3，-1）type CPs 的过程中可以选择不要搜索电子密度大于0.2的，[Emoticon]
Q:
老师这速度真是佩服
谢谢sob老师，这速度，佩服，太感谢了
A:
要不是有其它事耽误，最多半个小时就能搞完
Q:
我要是这么厉害就好了
A:
关键是程序写得清楚，代码干净易读，这点功能总共也就加了十来行代码
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2015.06.24 18:54:42
Q:
[图片] magicmonk 分享文件 10:54:42
"JCR2015_all_.xls" 下载
A:
群共享已经有这个了
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2015.06.24 18:55:47
Q:
请教一个问题：在小基组下优化的结构，要比较大基组下的稳定性，做了大机组的单点能计算，要加溶剂化效应，用大基组？还是小基组呢？哪个更好？
A:
溶剂化能应该用拟合溶剂模型时的级别，比如SMD最好的级别是M052X/6-31G*，用更大基组结果反而差
Q:
我用B3LYP/6-31G*优化的，现在用6-311+g（d,p)做了单点能，不知道用6-31G*、6-311+g（d,p），哪一个做溶剂化能呢？
希望SOB老师指点
那我就用6-31g*,就可以了？
A:
[图片]
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2015.06.24 18:56:48
Q:
sob今年不分析一下计算方面期刊的趋势？
A:
适合理论、计算化学投稿的期刊及其2014年影响因子（2015年公布）
http://sobereva.com/296
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2015.06.24 19:03:29
Q:
刚发现量化基础班和Multiwfn程序使用培训班中间隔了两天时间
A:
场地方的限制，不得已如此。
不过可以趁这个时间再休息休息、复习复习（内容很多，幻灯片近1000张），没搞明白的话等波函数分析班的时候也可以一起解答。
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2015.06.24 19:03:32
Q:
请教sob老师，如果想把moclus用于Gaussian批量计算的话，能否实现呢？比如还想保存chk文件呢？
[图片]
A:
molclus本身就会调用高斯批量计算，不明白你的意思
#的位置写错了
chk没法一一保留
Q:
嗯，就是不知道能否保留批量计算过程中的详细信息，因为我看out文件的话缺少波函数分析的信息。
A:
不能
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2015.06.24 19:16:21
Q:
Sob老师，我想对比氨分子参与到硫酸二聚体前后，两个硫酸之间所有氢键作用的变化，我这么操作是否合理？
1.先做一个氨分子不参与的纯硫酸二聚体的RDG图，找到spike位置
2.将优化好的（两个硫酸+氨分子）团簇中氨分子去掉，得到wfn文件再做RDG
3.由于两个RDG图的spike均只体现硫酸二聚体的弱相互作用，因此对比两个图中的spike位置。
[图片]
A:
这不合理。不光是从几何结构上影响，氨的电子（比如导致电子的转移）也会影响硫酸之间的作用
Q:
那我想要考虑硫酸二聚体那一部分的弱作用力，可以这么操作：
设定格点数据计算范围，让计算的盒子中心处在某个弱相互作用区域中央，适当调节盒子的延展范围，让计算的空间区域恰好囊括那个弱相互作用区域
A:
对
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2015.06.24 19:18:28
Q:
在vmd中如何lable BCP index 而不是lable atom[图片]
A:
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197
里面的id参数输入显示BCP对应的那个id就能只把BCP的标号显示出来
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2015.06.24 20:09:26
Q:
sob老师好，进行高斯MD时，我需要用时间作为步长，并且选择不同的温度，可是高斯若选择时间步长，只能GradientOnly，并输入某一温度下所有原子的初始速度，您知道如何能得到某一温度下的初始速度吗？Multiwfn是否可以给出某一温度的初始速度吗？谢谢
A:
Multiwfn没这个功能。
温度反应的是平均动能，自行写个程序，让速度在一定程度内随机分布，而且平均动能对应你需要的温度即可。
如果不会写也可以参考分子动力学程序的源码，都可以根据设定的温度随机生成初始速度。
Q:
好的，谢谢sob老师
那我有个简单的方法，不知道是否正确。
我用质量加权步长，做BOMD，输出文件里面会有以下两部分：
Cartesian coordinates: (bohr)
I= 1 X= -2.906865256658D+00 Y= 7.735784453974D-02 Z= 2.268174450444D-01
I= 2 X= -3.507391366331D+00 Y= -6.168637802479D-01 Z= -1.224258313529D+00
I= 3 X= -8.910749910962D-01 Y= 3.070240426046D-01 Z= 1.630056378567D-01
I= 4 X= 2.760162082140D+00 Y= -7.902684073311D-02 Z= -2.387267758202D-01
I= 5 X= 3.091158189998D+00 Y= -9.303973272618D-01 Z= 1.424247840108D+00
I= 6 X= 3.635593998476D+00 Y= 1.266725245559D+00 Z= -1.739854433188D-01
MW cartesian velocity: (sqrt(amu)*bohr/ sec)
I= 1 X= 4.523317494829D+13 Y= -3.689497215427D+13 Z= 3.703257091831D+13
I= 2 X= 4.728199101524D+13 Y= 1.169636447502D+14 Z= -2.041033595795D+13
I= 3 X= -6.013600794576D+13 Y= 5.472232688398D+12 Z= 2.115175166759D+13
I= 4 X= -2.060671197266D+13 Y= 7.883213056708D+12 Z= 1.102790135581D+13
I= 5 X= -5.693315437223D+12 Y= 4.500653047233D+13 Z= -1.404532560750D+14
I= 6 X= -7.955976612752D+13 Y= -5.186513194880D+13 Z= -5.175185020973D+13
第二部分MW cartesian velocity: (sqrt(amu)*bohr/ sec)
应该是质量加权的笛卡尔速度，单位也对着呢，
可是第一部分也像速度，可是单位是bohr，不是bohr/ sec.
您觉得第一部分会不会是原子单位的笛卡尔速度呢
A:
换算一下就知道了，大抵是
Q:
amu的平方根值如何算呢，我想算算对不对
A:
就是原子的原子质量
Q:
哦，这样呀，好的，谢谢sob老师了。
那麻烦再问下，我采用质量加权步长，设定了具体温度，可是我看到MD过程中，每一步的速度都不一样，那是不是都是在我设定温度下的模拟呢。温度定了，速度会在一定程度内随机分布？
A:
坐标、速度怎么改变是根据牛顿运动方程来演变的
Q:
那都是在我设定一定温度下变化的吗？
因为整个MD我都设定的是600K
A:
模拟过程中总能量是保守的，动能和势能会发生一定交换，衡量温度的是动能
Q:
那这么说，以上的速度我还不能用，因为如果动能和势能交换了，就不是我要的600K了
A:
对
保持600K严格来说应通过热浴来实现，通过调节速度来让对应的温度一直是你设的值，但高斯的AIMD没有。
Q:
哦，这样。
那我设定温度是600K，模拟的第一个速度会不会就是对应600K的动能下的初始速度呢，用的高斯BOMD。如果是的话，第一个速度我也可以拿来用，后面的因为像您说的动能势能有交换，应该不是600K
第一个速度，如果没有交换，应该还是600K的动能，那对应的速度应该就是600K的
我是这样想的，不知道是否正确
A:
对
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2015.06.24 21:12:17
Q:
算这一步时老是出错，怎么办？
Performing Berny Optimization
[图片]
求大神指教！
A:
opt=cartesian
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2015.06.24 21:34:34
Q:
群里有老师用ACEMD这个软件的吗，我想知道这个软件是不是开源的，我下载了这个软件，但是不会看是不是开源，谢谢
A:
显然不开源，否则没法卖了
Q:
这个软件不是可以自由下载[图片]
A:
完整版不会免费提供的
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2015.06.24 22:17:18
Q:
[图片]
激发态优化出现这样的情况，是继续算还是改一些参数呢
A:
算起码15步再说
Q:
这4步就1个月了
能不能降低一点收敛标准
你看如何降低收敛表针呢
收敛标准呢
A:
说明你的计算模型、计算级别设定完全不合适。这样算下去没有未来
Q:
你看就是gaussian计算荧光的第四步
降低收敛标准，怎么降低呢？
A:
根本不是降低收敛标准的事
Q:
那是，请指教。
A:
Sobereva(190258442) 14:31:27
说明你的计算模型、计算级别设定完全不合适。这样算下去没有未来
----------------------------------------------------
2015.06.24 22:44:55
Q:
#p wb97xd/6-31+G(d) TD=(NStates=130,Root=1) SCRF=(Solvent=Water) Geom= Modify Guess=Read Opt=ReadFC
你看可能减少一些收敛标准
或者减少一些激发态的数目
A:
多少原子？
Q:
89个原子
NStates=130 需要这么大的nstate吗？
A:
计算时用了多少核？
Q:
Sobereva老师是回答的我的问题吗？只要能量最小化就可以了，是吗？
92个原子其中80个C，12个氢
A:
能量最小化也不是必须的
Q:
i7的cpu，用了4个核心。算了接近1个半月了
纯CH的体系不用130个态吧？
需要。不然算不到200nm
A:
你若是算荧光，写
#p B3LYP/6-31G(d) TD SCRF opt
Q:
紫外吸收是哪个态跃迁到200附件的？
A:
是
Q:
我有点糊涂了。上次你不是说算荧光要带+么，
如果用白
b3lyp得算到300个以上
[Emoticon]
A:
算荧光是算荧光，算紫外是算紫外
选的泛函耗时高
还带弥散
优化第一激发态每步却居然算到130个态
CPU只有四核
算得动才怪
Q:
多问两句，荧光不就是紫外发射么？
A:
[图片]
你先弄明白kasha's rule
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2015.06.24 22:45:51
Q:
刚刚开始学amber，我想用autoduck算一个小分子和蛋白质的对接，蛋白质分子用amber做能量最小化之后还需要动力学模拟吗，是在真空的条件下还是加水分子的条件下模拟呢？有哪位做生物体系的，能帮我解答下吗。
A:
不用
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2015.06.24 23:20:02
Q:
为什么分子氧可以控制热异构化的快慢
A:
字体最好别用太大
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2015.06.24 23:20:35
Q:
@Sobereva大神，想画有机环分子的结构，有点大，怕画出来也优化不了，有什么网站有现成的晶体结构，在它基础上我做opt，谢谢
A:
没有那么恰好的网站正好能找到你需要的晶体结构
Q:
哦，那画出来的有机分子的结构，优化不了怎么办
A:
优化不动就用MOPAC半经验
Q:
优化opt完后，需要用frequent看一下有没有虚频吗
A:
不是必须的。有没有虚频往往凭直觉也能判断。有时有点虚频也不碍事
----------------------------------------------------
2015.06.24 23:23:48
Q:
老师：加入int=ultrafine会对能量产生影响，这个影响是好还是不好呢？
A:
横向比较时，都加int=ultrafine，相对能量会更精准一点
Q:
恩，好的，马上改，横向比较？老师指的是？
A:
诸如不同构型能量差
反应能
Q:
[图片]根据高斯view中的这个对话框，我调整对称性为C3v，但是优化的结果仍然是Cs。然后加入symm=veryloose.也没解决，老师您觉得还可以从哪个角度调整呢？对于该体系用Cs或者是C3v做NBO分析和WBIs和NICs分析和MO轨道分析有差别吗？
A:
用的什么基组？
Q:
6-311++G**和Sdd
A:
把弥散去掉再优化
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2015.06.24 23:41:29
Q:
S老师，请问像三氟化硼和苯甲醚络合体系的优化是否需要对两个分子的势能进行扫描分析以确定最低能量？另外，如果我需要考虑硼同位素的话，请问您推荐用何种基组计算？
A:
不用扫描，直接优化。
几何优化不会体现同位素效应。
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2015.06.24 23:53:46
Q:
求教：为什么我做NBO分析时，可以正常得到.47文件，但是继续做NBO计算时，会提示 Structure accepted: No low occupancy Lewis orbitals
4 low occupancy (<1.9990e) core orbitals found on Nb 1
AO with unknown angular symmetry, l = 5
AO with unknown angular symmetry found.
从而不能正常得到NBO分析结果。同时还会出来个FILE.48文件。大家有了解的吗？~
A:
用的什么基组？
Q:
很大的。aug-cc-pwCVQZ-PP和aug-cc-pVQZ
A:
把基组改小。
NBO支持不了那么高角动量
而且NBO分析对基组很不敏感，用那么大毫无意义
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2015.06.25 00:02:19
Q:
大家好有个问题想向大家请教，我是用的方法是B97-1，基组是cc-pwCVQZ-DK和cc-pVQZ，输入信息怎么写呀？这种基组是高斯03自带的吗？
A:
EMSL上拷cc-pwCVQZ-DK定义。
cc-pVQZ是自带的
DFT用这类基组太浪费
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2015.06.25 00:04:27
Q:
谢谢S老师。我用[图片]计算出来的反应热是-21.33 KJ/mol，但实验测定值为-51 KJ/mol 左右，请问这个偏差算正常吗？
A:
偏差太大。
一般来说建议你改用M062X/def2TZVP来算
而且要考虑对焓的热力学校正
Q:
您说的是针对同位素体系采用这个算比较好吗？
A:
和同位素没直接关系
Q:
大家好，请教一下，用B3LYP方法DZVP(d)(opt+3f)基组优化过渡金属离子，基组信息在哪里可以查到
老师，我的过渡态优化震荡，想调整步长上限，需要重新calcfc么？我改步长后，力常数算了20多小时还没搞定…
A:
不要用这种非主流基组，没任何好处
Q:
那我做NiBr+催化丁烷，用什么方法跟基组，能给个建议吗？
请问我做的是铁原子裂解2分子水这个体系应该用什么方法和基组呢[Emoticon]
A:
穷：TZVP
富：def2TZVP
Q:
老师是说我吗
A:
都是
Q:
老师我用小基组sto_3g优化得到中间体构型，到换有大基组6_31优化单点能却不收敛，是我找的中间体不对吗，我该怎么办啊
A:
穷穷：def2SVP
穷穷穷：lanl2DZ+6-31G**
STO-3G根本别用
6-31G*是下限
Q:
哦，我是用的6-31G**大几组不收敛
我们师妹跟我探讨我们到底是穷还是富[Emoticon]
老师，6-31G*是下限是什么意思啊
A:
比6-31G*还低，被拒风险就很大了
Q:
请问文献中使用的基组和方法和我使用的不一样可以吗？
壕：def2QZVPP
神：aug-cc-pV5Z
仙：aug-cc-pV6Z
外星人：[图片]
A:
高斯里用def2QZVPP是壕，ORCA里用def2QZVPP，对中小体系即便是屌丝也能享受
Q:
ORCA开了挂，壕是不屑于用的
aug-cc-pvtz和def2-TZVP是一个水平的吗
A:
比后者大得多
Q:
[图片]属于穷穷穷级别
A:
cc-pVTZ和def2-TZVP一个级别，但对于DFT前者耗时略多一些，后者更为理想
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2015.06.25 01:00:12
Q:
我用SMD溶剂模型作优化，直接报错了，提示说[图片]，#部分是opt=gdiis b3lyp/6-31+g(d,p) scrf=(solvent=methanol,smd) nosymm geom=
connectivity。。是不是当前结构下不适合用SMD模型呢
A:
数值巧合
Q:
就是说在数值计算上巧合碰到不合适的地方导致失败是吗？
A:
对
----------------------------------------------------
2015.06.25 01:27:47
Q:
如果我只想计算总态密度和分态密度，是不是定义片段的时候不用定义1和2[图片]，而是从3开始定义啊，还是怎么做？
A:
作PDOS定义哪个无所谓。但只有定义1、2才有OPDOS
这类问题just try和RTFM大法都能解决
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2015.06.25 01:54:43
Q:
帮忙下载一篇文献：Accounts of Chemical Research (2012), 45, (3), 404-413. Publisher: (American Chemical Society, ) CODEN:ACHRE4 ISSN:0001-4842.谢谢大伙
A:
[图片]
没看过群共享里的公社规章制度者都先看看
Q:
Sob老师，我的两篇文献，学校没有权限，实在是下载不了，有一个连连接都没有，别人推荐的，我只能求助大家帮帮忙了，第一个：http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cphc.201402472/abstract 第二个：找不到连接： Acc Chem Res 2012, 45, 404，谢谢各位帮个忙
A:
不可能找不到链接
[图片]
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2015.06.25 03:12:38
Q:
【话唠】ruanyang 谢谢你，我刚吃饭去了，现在回来了，你说sci-hub可以下载那篇weili的，我打开了SCI-Hub，但是不知道如何使用，你能教教我吗？谢谢
A:
看群共享里本群的规章制度，用法在里面写得很清楚
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2015.06.25 03:16:32
Q:
[图片]@Sobereva大神，中间有金属的多吡啶结构优化之后，金属和N原子的键，没有了，怎么回事？谢谢大神[Emoticon][Emoticon]
A:
[图片]
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2015.06.25 03:41:48
Q:
[图片]其中碳键是哪种键？
A:
Phys. Chem. Chem. Phys., 2013, 15, 14377--14383
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2015.06.25 03:53:19
Q:
请问有懂openCL的大神么？我现在有64核的AMD CPU和96核的Nvidia GPU，已经安装N卡驱动和cuda，请问怎么安装和设置OpenCL的环境才能使用OpenCL异构计算呢？
A:
应该直接就能运行OpenCL程序。起码Windows里用OpenCL测试程序直接就能跑。
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2015.06.25 04:16:24
Q:
加上noysmm,就不能显示分子轨道？可以这样说吗？
哦，好的，也就是说，算与光谱有关的性质时不要加nosymm.可以这样理解吗？
手头没书，暂时查不来了...
A:
数值巧合而已
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2015.06.25 04:18:42
Q:
ppt上有
[图片]
A:
幻灯片里说得根本不对。网上的计算化学资料净是严重误导。画一个D3h的NH3（在gv里对称化），写上nosymm后优化，得到的还是D3h的结构而得不到锥形。
劝大家不要轻易相信网上的计算化学资料，尤其是中文的。
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2015.06.25 05:06:56
Q:
群主还有一篇DFT-D乱谈，没看见了，你可以尝试找找
百度空间太坑，关了，现在找群主的精华贴子都不好找了，有些群主没有移植过来
A:
计算化学相关的博文全都移植过来了，费了好大劲
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2015.06.25 05:26:32
Q:
oc1sq=(owx(i)-bounc1x)**2+ *
(owy(i)-bounc1y)**2 + *
(owz(i)-bounc1z)**2
ocensq3=(owx(i)-cenx)**2+
& (owy(i)-ceny)**2+
& (owz(i)-cenz)**2
把+放到上一行去还出错？
ocensq3=(owx(i)-cenx)**2+
& (owy(i)-ceny)**2+
& (owz(i)-cenz)**2
用* 代替上面的&
ocensq3=(owx(i)-cenx)**2+
* (owy(i)-ceny)**2+
* (owz(i)-cenz)**2
差
frak
A:
对f90，末尾截断的位置写上&即可，比如
write(*,*) "lovelive nico &
maki nozomi"
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2015.06.25 16:08:14
Q:
请问一下，对于同一个分子使用相同的基组，分别使用b3lyp与mo62x计算得到的吸收光谱为什么会相差那么大，我该相信哪一种方法，是要相信与实验结果相近的吗？谢谢
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
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2015.06.25 16:56:15
Q:
sob老师，为什么我计算NPA得到的电荷是0.9多
，而不是设定的-1。我是读取opt计算结果的chk文件来计算的npa。（抱歉，这个问题我昨天问了，但没看到回复，怕是自己错过了，所以再问一下）
哦，是-0.9多
A:
把问题发到计算化学公社波函数分析版，输出文件压缩一下也作为附件传上去
我优先回答计算化学公社上的问题
Sob回答问题的优先级顺序见群共享里群规章制度最后的部分
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2015.06.25 17:02:46
Q:
[图片]从这个图中可以看到的5,6在LUMO部分对总态密度的贡献很小，是怎么回事啊，还是咋分析啊？
A:
实际就是这样，没有什么怎么回事
Q:
5,6是受体部分的片段，按理来说应该对LUMO贡献比较大啊
A:
都不知道你算的什么体系，上来就一张图，没法回答
Q:
从分子轨道空间分布图可以看到LUMO位于5,6部分，
A:
用的什么基组？
Q:
是染料敏化剂，D-
6-31g(d,p)
A:
你先做轨道成分分析，看mulliken/SCPA方法得到的LUMO的轨道成份和图中是否定性一致。
PDOS的贡献计算就是根据Mulliken/SCPA方法来的，轨道成份结果合理则PDOS必然合理
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2015.06.25 17:21:01
Q:
[图片]老师，你手头有没有做这种分子轨道图的文献或者能不能给我建议一下怎么做复杂分子分子轨道图谢谢老师
A:
用Multiwfn的CDA模块作轨道相互作用图，然后根据实际情况适当修改调整
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
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2015.06.25 17:46:11
Q:
科音有微信公众号吗？
A:
没有
Q:
运营微信公众号是不是比较麻烦？
A:
不知道。
寡人抵制微信
Q:
也不是很麻烦，要看你的运营的微信公众平台的目的
貌似现在扣扣都是工作，微信都是闲聊
A:
闲聊可以在公社大杂烩群
Q:
谢谢，呵呵。思想家公社和计算化学公社有什么区别啊
A:
计算化学公社是科音直属的高水平计算化学论坛。
和本群互为补充
----------------------------------------------------
2015.06.25 17:48:23
Q:
好吧，
A:
不能。得自己手动标
Q:
[图片]
A:
要么你就把ADCH电荷输出贴到高斯输出文件里Mulliken电荷部分，然后在gv里显示Mulliken电荷即可
----------------------------------------------------
2015.06.25 18:07:27
Q:
老师请问BSSE矫正直接在做优化的时候加上Counterpoise=2吗
我看过啦
就是优化后总是出现问题
A:
[图片]
Q:
你好这个是我的输入文件[图片]
最后计算相互作用能跟我之前计算优化时候的能量有什么区别吗我想知道A B 分子之间的弱相互作用
A:
1 幻灯片里已经说了，优化和振动分析不要用counterpoise，完全划不来
2 B971算弱相互作用糟糕透顶
Q:
那就是将优化出来的结构做下一步counterpoise是吧还有B971我是看文献中说比较好要不就是MP2
A:
是
----------------------------------------------------
2015.06.25 18:34:31
Q:
各位老师们，请教大家个问题啊，初学者，不是很懂
[图片]
我是研究表面活性剂的，我想得到类似于这些图的结果，用的Gaussian 09，可以做出来这些吗？
这必须VMD啊
他说的可能是怎么去模拟吧
A:
gromacs+VMD
Q:
就是说高斯不能做到这些吗？
模拟的话Gromacs， Lammps都行
A:
计算化学常识问题
gmx是首选
----------------------------------------------------
2015.06.25 18:37:02
Q:
老师：请问怎样理解“NBO轨道定域性强（化学键往往能直接对应），而MO离域性强”这句话？
A:
MO往往涉及很大空间范围，NBO只涉及一个或两个，至多3个原子
----------------------------------------------------
2015.06.25 18:38:57
Q:
[图片]log文件中有mulliken电荷，这里却显示灰色，请问如何解决？
A:
你先正常算完一个体系，比如水分子，做普通单点计算，用gv看Mulliken电荷
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2015.06.25 18:40:13
Q:
[图片]老师我这样做IRC做出来还是只有3个点
A:
步长再加大
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2015.06.25 18:47:25
Q:
[图片]老师，这个mulliken电荷在输出文件可以看到，用高斯view也可以直接看吗？
A:
对
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2015.06.25 18:49:31
Q:
那老师们，就是我算一个体系，用B3LYP/6-31G** 去优化，正常结束后用B3LYP/6-31+G**去优化，显示的则为Restarting incremental Fock formation.
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met
A:
多尝试，自然就明白了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
网上说的都是过了，就是没有解决
A:
不要信网上别的地方的说法
大多都是错的
Q:
应该是初始结构有问题吧？
A:
都是基础知识问题，掌握了基础理论和算法知识就不会有这些疑问
Q:
但是初始结构也看不出有什么问题啊
A:
你先好好看我的帖子再问
----------------------------------------------------
2015.06.25 18:49:52
Q:
sob老师，vmd中怎么保存当前的所有操作，下次直接load，就不用一个个设置了
A:
file-save visualization state
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2015.06.25 18:55:56
Q:
Typecho怎么能在首页只显示摘要而不是全文啊
A:
不属于计算化学相关问题，在大杂烩群问吧
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