Molclus调用在ORCA对团簇进行结构优化时，输出文件无内容的问题

Meso_Alt

诸位老师们好，本人在使用Molclus调用ORCA进行对genmer生成的1去甲肾上腺素分子与20水分子构成的团簇时，输出的isomers.xyz中并无任何内容，为首次出现，之前在对相同分子的由gentor生成的不同构象水团簇进行同样的操作时并无同样问题。
此问题由何造成？
附上molclus运行过程中输出，中间文件已被自动删除。orca.out为新任务运行一小时左右后的输出。

在运行此任务时曾出现过PMIX ERROR:OUT-OF-RESOURCE的报错，但尝试重启后并未出现此问题。怀疑为相关问题，有保留截图但过大无法上传。

最近曾重装了openmpi4.1.1，但重装后有顺利运行过不同分子构象的相同任务。

系统：ubuntu server 22.04，openmpi版本4.1.1。

wzkchem5

上传molclus自动生成的orca输入文件，以及对应的orca输出文件

Meso_Alt

wzkchem5 发表于 2025-2-11 03:49
上传molclus自动生成的orca输入文件，以及对应的orca输出文件

我重新启动了一下任务，目前只有输入文件，输出文件还得等待一会

orca.inp内容如下：
! r2SCAN-3c opt noautostart miniprint nopop
%maxcore  1600
%pal nprocs   128 end
%cpcm
smd true
SMDsolvent "water"
end

* xyz 0 1
C      -0.59691547    0.44671307   -0.79108720
C      -1.25088457    0.79546712    0.38924921
C      -0.71598959    0.37622258    1.60200590
C       0.50616350   -0.31432374    1.62897447
C       1.15024393   -0.66596795    0.45061942
C       0.56100383   -0.33074698   -0.77069697
C       1.14673382   -0.86695051   -2.05259450
C       0.70010024   -2.32998080   -2.31088908
N      -0.69611428   -2.60163312   -1.91693639
O       0.77037647   -0.08417300   -3.15800722
O       1.10370036   -0.59302958    2.82718816
O      -1.37490187    0.55792708    2.77536783
H      -0.99529308    0.79070837   -1.74808963
H      -2.17606522    1.37428295    0.37429176
H       2.10647345   -1.18881570    0.49909402
H       2.26371111   -0.77840666   -2.07295169
H       1.38427814   -3.04546714   -1.80837100
H       0.78739255   -2.53462703   -3.40535149
H      -1.26151790   -1.77101559   -2.05660931
H      -0.75614752   -2.85240327   -0.94034046
H      -0.18745005   -0.16171590   -3.38846544
H       0.49039805   -1.22674226    3.37053377
H      -1.30375263    1.52835745    3.07980846
O       0.52591068    3.74972061   -2.14456133
H       0.58402301    4.44265692   -2.79731839
H       0.93665227    4.15534830   -1.29115787
O      -2.87128289   -1.61314256    3.29691742
H      -2.48656192   -0.74256246    3.14255582
H      -2.16303242   -2.10602281    3.72957541
O       2.60933832   -2.81033944    2.93869210
H       3.50598187   -2.67943226    3.24298122
H       2.20780009   -1.92681949    2.86635941
O      -0.08623616   -2.75617033    3.59900390
H      -0.17044312   -3.06995773    2.66746656
H       0.66458657   -3.25601348    3.94585068
O       2.17065412    2.26373064    0.80931557
H       2.95149202    1.83934142    0.32670750
H       1.41771108    1.83286474    0.39823658
O       1.45119895    4.71867287    0.02205514
H       1.90934230    3.93228898    0.38396597
H       0.61087832    4.75400391    0.53551711
O       2.43925981    1.98972938   -2.82252865
H       1.86049732    1.26347223   -3.07710899
H       1.82282516    2.66890022   -2.52092828
O      -3.25499740   -2.39490942   -3.25426573
H      -2.58629753   -3.08034500   -3.10167380
H      -2.75436446   -1.65259856   -3.63776955
O       2.25733794   -3.46211129    0.36010128
H       1.29387856   -3.41389479    0.35838578
H       2.48414665   -3.37060538    1.30070693
O      -2.76587457   -2.77009298    0.88944344
H      -3.04393866   -2.14412066    0.20990983
H      -2.91974106   -2.33328292    1.75582634
O      -1.87298085    3.20762501   -1.09245149
H      -2.39446412    3.97398803   -1.34793421
H      -0.99415655    3.33017183   -1.53972270
O      -0.33856953   -3.61729854    1.07448252
H      -1.27197477   -3.24356142    0.95251185
H      -0.45719366   -4.56818721    1.04962880
O       3.88092257   -1.64507949   -0.76413897
H       4.46156571   -2.10977988   -1.35509109
H       3.26733942   -2.30562087   -0.38910687
O      -0.66350749    3.01269660    3.39967873
H       0.29101698    2.67061732    3.43650180
H      -0.82112841    3.45978231    4.22679281
O      -3.25679272    1.22346674   -2.25263989
H      -3.42430468    0.49041365   -1.63935821
H      -2.77380561    1.91406590   -1.77478736
O      -3.71809724   -1.09216125   -0.97476698
H      -3.57194278   -1.64137850   -1.80004822
H      -4.67330552   -1.08047775   -0.86352213
O       3.85937825    1.05194087   -0.75117686
H       3.83859997    0.09542795   -0.74386728
H       3.43379953    1.35916565   -1.57616878
O      -0.96271781    4.41723968    1.13326672
H      -0.89314947    3.91080391    1.95037181
H      -1.37123991    3.85396747    0.47411136
O      -1.81475070   -0.21831306   -3.88043169
H      -2.35325119    0.42400601   -3.32910023
H      -1.80238339    0.12345716   -4.77287566
O       1.70678963    1.96270320    3.42808380
H       2.00888431    2.15200654    2.51273343
H       1.55063732    1.01166867    3.40962973
*

Meso_Alt

wzkchem5 发表于 2025-2-11 03:49
上传molclus自动生成的orca输入文件，以及对应的orca输出文件

新任务运行一小时左右后的输出文件已附上。

Stardust0831

molclus已经输出”Error: Optimization did not converge! Therefore do not update initial geometry“，推测是orca在优化过程中几何优化不收敛，molclus判断为任务失败，所以没把结构写进去。又因为settings.ini里面ibkout= 0，所以molclus没有备份输出文件。

Stardust0831

回到输入文件本身，128核并行有些浪费，可以少给点核，多给内存。如果机子确实有128个物理内核，可以绑核以后同时跑多个任务，可以提高不少计算效率。r2SCAN-3c结构优化时速度比B97-3c慢，对当前体系在优化精度上也不见得有明显优势，且r2SCAN-3c本身容易出虚频，所以如果没有特殊理由，建议理论方法换B97-3c或者B3LYP-D3(BJ)/def2-SVP

Meso_Alt

Stardust0831 发表于 2025-2-11 20:12
回到输入文件本身，128核并行有些浪费，可以少给点核，多给内存。如果机子确实有128个物理内核，可以绑核以 ...

给到多少核多少内存为好呢？

Stardust0831

Meso_Alt 发表于 2025-2-13 01:15
给到多少核多少内存为好呢？

128核核数太大了，并行时的效率损失可能比较严重。如果有128个物理内核的话，可以绑核同时跑四个32核的任务。具体可以看《通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时》（http://sobereva.com/553）。内存的话，我个人习惯是会把maxcore设置成到物理内存/总并行核数的80%，此处只给80%的原因是orca有时可能用超过设定值的内存。

Meso_Alt

Stardust0831 发表于 2025-2-13 02:27
128核核数太大了，并行时的效率损失可能比较严重。如果有128个物理内核的话，可以绑核同时跑四个32核的任 ...

多谢老师！