gromacs模拟麦芽糖不能生成gro和top文件？

baimengyao

老师好，我用CHARMM-GUI生成的麦芽糖pdb文件，
但在调用gmx pdb2gmx -ff charmm36-jul2022 -f maltose.pdb -o maltose3.gro -water tip3p -p  maltose.top -i maltose.itp命令时候，
提示 “Fatal error:Residue 2 named AGLC of a molecule in the input file was mapped
to an entry in the topology database, but the atom O1 used in
that entry is not found in the input file. Perhaps your atom
and/or residue naming needs to be fixed.“
但是在单独模拟葡萄糖的时候就能成功，我找了carb.rtp里面也没有包含麦芽糖的残基
输入文件如下：

REMARK  GENERATE GLYCAN
REMARK   DATE:     3/29/25      5:36:26      CREATED BY USER: charmm-gui
ATOM      1  C1  AGLC    1      -0.733   0.818   1.091  1.00  0.00      CARB
ATOM      2  H1  AGLC    1      -1.822   0.741   0.871  1.00  0.00      CARB
ATOM      3  O1  AGLC    1      -0.603   0.702   2.488  1.00  0.00      CARB
ATOM      4  HO1 AGLC    1      -1.312   1.193   2.909  1.00  0.00      CARB
ATOM      5  C5  AGLC    1       1.132   2.260   0.652  1.00  0.00      CARB
ATOM      6  H5  AGLC    1       1.402   2.206   1.733  1.00  0.00      CARB
ATOM      7  O5  AGLC    1      -0.286   2.051   0.512  1.00  0.00      CARB
ATOM      8  C2  AGLC    1      -0.022  -0.322   0.386  1.00  0.00      CARB
ATOM      9  H2  AGLC    1      -0.297  -0.272  -0.695  1.00  0.00      CARB
ATOM     10  O2  AGLC    1      -0.472  -1.591   0.845  1.00  0.00      CARB
ATOM     11  HO2 AGLC    1      -0.272  -1.672   1.781  1.00  0.00      CARB
ATOM     12  C3  AGLC    1       1.480  -0.173   0.492  1.00  0.00      CARB
ATOM     13  H3  AGLC    1       1.776  -0.189   1.567  1.00  0.00      CARB
ATOM     14  O3  AGLC    1       2.164  -1.252  -0.124  1.00  0.00      CARB
ATOM     15  HO3 AGLC    1       2.596  -1.775   0.554  1.00  0.00      CARB
ATOM     16  C4  AGLC    1       1.881   1.162  -0.095  1.00  0.00      CARB
ATOM     17  H4  AGLC    1       1.582   1.212  -1.169  1.00  0.00      CARB
ATOM     18  O4  AGLC    1       3.293   1.376   0.016  1.00  0.00      CARB
ATOM     19  C6  AGLC    1       1.448   3.655   0.164  1.00  0.00      CARB
ATOM     20  H61 AGLC    1       2.508   3.893   0.381  1.00  0.00      CARB
ATOM     21  H62 AGLC    1       1.280   3.737  -0.932  1.00  0.00      CARB
ATOM     22  O6  AGLC    1       0.656   4.639   0.820  1.00  0.00      CARB
ATOM     23  HO6 AGLC    1      -0.235   4.612   0.464  1.00  0.00      CARB
ATOM     24  C1  AGLC    2       4.029   1.053  -1.146  1.00  0.00      CARB
ATOM     25  H1  AGLC    2       3.558   0.192  -1.671  1.00  0.00      CARB
ATOM     26  C5  AGLC    2       4.794   3.293  -1.606  1.00  0.00      CARB
ATOM     27  H5  AGLC    2       4.282   3.660  -0.689  1.00  0.00      CARB
ATOM     28  O5  AGLC    2       4.107   2.128  -2.095  1.00  0.00      CARB
ATOM     29  C2  AGLC    2       5.439   0.666  -0.758  1.00  0.00      CARB
ATOM     30  H2  AGLC    2       5.963   0.305  -1.676  1.00  0.00      CARB
ATOM     31  O2  AGLC    2       5.417  -0.426   0.149  1.00  0.00      CARB
ATOM     32  HO2 AGLC    2       4.969  -0.153   0.953  1.00  0.00      CARB
ATOM     33  C3  AGLC    2       6.207   1.840  -0.199  1.00  0.00      CARB
ATOM     34  H3  AGLC    2       5.686   2.214   0.715  1.00  0.00      CARB
ATOM     35  O3  AGLC    2       7.522   1.474   0.196  1.00  0.00      CARB
ATOM     36  HO3 AGLC    2       7.998   1.145  -0.570  1.00  0.00      CARB
ATOM     37  C4  AGLC    2       6.224   2.933  -1.238  1.00  0.00      CARB
ATOM     38  H4  AGLC    2       6.748   2.572  -2.154  1.00  0.00      CARB
ATOM     39  O4  AGLC    2       6.918   4.081  -0.780  1.00  0.00      CARB
ATOM     40  HO4 AGLC    2       7.749   4.154  -1.255  1.00  0.00      CARB
ATOM     41  C6  AGLC    2       4.694   4.359  -2.676  1.00  0.00      CARB
ATOM     42  H61 AGLC    2       5.203   5.289  -2.344  1.00  0.00      CARB
ATOM     43  H62 AGLC    2       5.178   4.013  -3.615  1.00  0.00      CARB
ATOM     44  O6  AGLC    2       3.338   4.689  -2.958  1.00  0.00      CARB
ATOM     45  HO6 AGLC    2       2.944   3.979  -3.470  1.00  0.00      CARB
TER      46      AGLC     2
请问老师，这种问题怎么解决？