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[CP2K] 求助用cp2k跑MD,平衡阶段的温度偏高

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请问各位老师,我用cp2k跑的是含有几百个水分子的体系,热浴全程采用CSVR,预平衡阶段设置参数TIMECON 50,使得体系快速达到平衡,平衡阶段设置参数TIMECON 200,使得体系保持298.15K的温度,但是我跑了接近10ps后发现,温度整体偏离设置温度298.15大约20K左右(320K附近震荡),不知道此时体系算不算是298.15度下的合理平衡过程?如果不合理,是否该降低参数TIMECON 150/100 重新跑平衡过程呢?附件为输入文件和平衡阶段温度能量曲线。

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平衡阶段温度

平衡阶段温度

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平衡阶段能量

平衡阶段能量

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预平衡阶段温度

预平衡阶段温度

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预平衡阶段能量

预平衡阶段能量

Ag15 H.inp

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发表于 Post on 2023-3-25 04:01:50 | 只看该作者 Only view this author
尝试正式模拟阶段用TIMECON 100
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-26 10:34:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-25 04:01
尝试正式模拟阶段用TIMECON 100

谢谢老师指点,已经更改参数重新跑正式模拟阶段

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-30 20:24:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chen0201 于 2023-3-30 20:26 编辑
sobereva 发表于 2023-3-25 04:01
尝试正式模拟阶段用TIMECON 100

请问老师,正式模拟阶段我已经更改为TIMECON 100 跑了接近八千步,前面温度平衡,后面又开始偏高(~10K),请问老师,这样合理吗?怎么解决呢?C:\Users\chen\Desktop\图片1.png

202303302024539764..png (57.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

TIMECON 100

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发表于 Post on 2023-4-1 05:28:20 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2023-3-30 20:24
请问老师,正式模拟阶段我已经更改为TIMECON 100 跑了接近八千步,前面温度平衡,后面又开始偏高(~10K) ...

继续跑

可能诸如发生了反应而放热之类,导致温度暂时性升高
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-1 09:20:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-1 05:28
继续跑

可能诸如发生了反应而放热之类,导致温度暂时性升高

谢谢老师耐心解答,我现在已经把10ps跑完了,最后温度还是持续偏高(~20K),请问老师,还是再继续跑吗?还是换成 Nose–Hoover thermostat继续跑,或者重新跑呢?

202304010920322354..png (45.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

温度图

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发表于 Post on 2023-4-2 04:38:12 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2023-4-1 09:20
谢谢老师耐心解答,我现在已经把10ps跑完了,最后温度还是持续偏高(~20K),请问老师,还是再继续跑吗? ...

用NOSE不会有任何额外好处,而且NOSE不太适合未达到平衡状态的模拟是众所周知的
先观察模拟体系的特征,考虑是否有什么可能令动能增加的因素
10 ps才跑了没多久,可以再跑跑。
另外值得一提的是,你的预平衡阶段跑得其实还不是很充分,其实温度还没充分平衡

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-11 09:15:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chen0201 于 2023-4-11 09:16 编辑
sobereva 发表于 2023-4-2 04:38
用NOSE不会有任何额外好处,而且NOSE不太适合未达到平衡状态的模拟是众所周知的
先观察模拟体系的特征, ...

谢谢老师耐心回复,我观察系统,发现温度最开始上升的点,就是因为有个原子突出壳层结构了。在以前的10ps基础上我又跑了10ps,仍然是CSVR,参数 100,温度仍然偏高15K~。但是我发现我没有设置压力。请问老师,是否应该在结构开始变化的时候重新控制温度?或者说20ps以后的结构还是合理的吗?还是应该设置压力为常压下呢?

202304110915424964..png (50.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

10-20ps的温度

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发表于 Post on 2023-4-11 09:53:45 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2023-4-11 09:15
谢谢老师耐心回复,我观察系统,发现温度最开始上升的点,就是因为有个原子突出壳层结构了。在以前的10ps ...

平均温度距离参考温度差15K通常不会造成有什么实际问题,如果研究的问题对温度不是很敏感的话可以不用管

跟压力没直接关系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-11 19:08:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-11 09:53
平均温度距离参考温度差15K通常不会造成有什么实际问题,如果研究的问题对温度不是很敏感的话可以不用管
...

谢谢老师耐心回复,现在是因为计算模拟的结构突出很多,和实验稳定性相悖,因此想控制很好的温度。另外请问老师,我需要控制压力在1bar情况下吗?

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发表于 Post on 2023-4-12 09:48:30 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2023-4-11 19:08
谢谢老师耐心回复,现在是因为计算模拟的结构突出很多,和实验稳定性相悖,因此想控制很好的温度。另外请 ...

这种现象不会是这么点温度差异能造成的了的

控压的必要性没具体体系没法说。如果初始结构密度偏离实际太大,就开开控压
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-13 15:16:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-12 09:48
这种现象不会是这么点温度差异能造成的了的

控压的必要性没具体体系没法说。如果初始结构密度偏离实际 ...

谢谢老师耐心回复,已经了解了,后续会继续监控的,谢谢老师

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发表于 Post on 2023-5-10 10:03:34 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问一下预平衡这一步是如何操作的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-10 15:25:18 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-5-10 10:03
您好,请问一下预平衡这一步是如何操作的?

预平衡阶段设置参数TIMECON 50

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发表于 Post on 2023-5-10 16:50:21 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2023-5-10 15:25
预平衡阶段设置参数TIMECON 50

感谢您的回复。也就是说相同的理论方法要跑两次吗?只是更改TIMECON的参数?

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