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[Gaussian/gview] 求助Gaussian优化结构加电场

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本帖最后由 15whyhq 于 2020-12-7 16:35 编辑

1 输入文件的坐标是不是cartesian  z-matrix都可以?而且不建议写opt=z-matrix?
2 加电场可以优化过渡态结构和算频率吗?
3 电场的方向怎么设置成与偶极方向平行或者反平行?field=read 坐标后面空一行怎么写呢?偶极方向与X Y Z 都不同,也没有落在某两个原子方向上。

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发表于 Post on 2020-12-7 17:24:23 | 只看该作者 Only view this author
1 不要用z-matrix。只有你自己写了笛卡尔坐标,并且用了nosymm,你才真正知道电场相对于分子是什么方向加的
2 可
3 field=read,输入文件末尾空一行写外电场矢量,让电场矢量方向和之前计算最后输出的偶极矩矢量平行就完了。

要么用此文的做法旋转体系,然后直接用诸如field=x+0200将电场指定为单一方向
让体系(跃迁)偶极矩平行于某个笛卡尔轴的方法
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-7 17:48:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-7 17:24
1 不要用z-matrix。只有你自己写了笛卡尔坐标,并且用了nosymm,你才真正知道电场相对于分子是什么方向加的 ...

让电场矢量方向和之前计算最后输出的偶极矩矢量平行
具体操作是直接在文件末尾空行写上写偶极矩的三个值吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-7 21:17:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-7 17:24
1 不要用z-matrix。只有你自己写了笛卡尔坐标,并且用了nosymm,你才真正知道电场相对于分子是什么方向加的 ...

电场加多大合适呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-7 21:53:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-7 17:24
1 不要用z-matrix。只有你自己写了笛卡尔坐标,并且用了nosymm,你才真正知道电场相对于分子是什么方向加的 ...

按照帖子将偶极矩方向平行于z轴了,
field=z+20是沿着偶极矩方向加0.002 a.u.的电场吗?field=z-20是沿着与偶极矩反向平行的方向加0.002 a.u.的电场吗?

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发表于 Post on 2020-12-8 04:01:28 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2020-12-7 21:53
按照帖子将偶极矩方向平行于z轴了,
field=z+20是沿着偶极矩方向加0.002 a.u.的电场吗?field=z-20是沿 ...

偶极矩是负电中心指向正电中心,Gaussian里的电场方向与物理习俗相反。如果你的偶极矩的z分量为正,则field=z+20是和偶极矩反方向加电场
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-8 11:30:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 15whyhq 于 2020-12-8 11:57 编辑
sobereva 发表于 2020-12-8 04:01
偶极矩是负电中心指向正电中心,Gaussian里的电场方向与物理习俗相反。如果你的偶极矩的z分量为正,则fie ...

偶极矩的z分量为正  指的是提交作业后输出文件偶极矩z的分量的值是正的?

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发表于 Post on 2020-12-8 23:11:11 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2020-12-8 11:30
偶极矩的z分量为正  指的是提交作业后输出文件偶极矩z的分量的值是正的?

如果你加了nosymm,是这样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-9 11:16:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-8 23:11
如果你加了nosymm,是这样

用GaussView保存成gjf格式,用Multwfn转化成xyz文件,按照帖子将偶极矩方向平行于z轴了,加了nosymm,输出文件偶极矩三个分量分别是X= 0.2578    Y= -0.3792    Z= 12.2148,X Y分量不精确为0,这个对结果有影响吗?为什么X Y分量不精确为0 ?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-9 18:01:33 | 只看该作者 Only view this author
可以作加电场与没加电场优化结构后的电子密度差图吗?

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发表于 Post on 2020-12-9 18:22:35 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2020-12-9 18:01
可以作加电场与没加电场优化结构后的电子密度差图吗?

显然不行
几何结构必须相同才能作密度差图

参考此文里的密度差图
一篇文章深入揭示外电场对18碳环的超强调控作用
http://sobereva.com/570http://bbs.keinsci.com/thread-19364-1-1.html
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发表于 Post on 2020-12-9 18:23:25 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2020-12-9 11:16
用GaussView保存成gjf格式,用Multwfn转化成xyz文件,按照帖子将偶极矩方向平行于z轴了,加了nosymm,输 ...

你的操作有问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-9 23:24:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 15whyhq 于 2020-12-10 11:00 编辑

问题在哪呀?按照帖子写的操作多次,还是得到X Y分量的不精确为0,真的不知道问题在哪。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-10 11:19:08 | 只看该作者 Only view this author
加电场优化完结构之后再算高精度单点能,是不是又得重新使偶极矩方向平行z轴,不能直接读优化结构的chk文件坐标 波函数?

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发表于 Post on 2020-12-10 12:11:06 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2020-12-9 23:24
问题在哪呀?按照帖子写的操作多次,还是得到X Y分量的不精确为0,真的不知道问题在哪。

把每一步操作都详细描述出来,该截图的给截图,不然没法猜问题在哪
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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