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[Gaussian/gview] 关于NCI分析中单体分子建立

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本帖最后由 yzh 于 2025-3-12 10:23 编辑

      最近看了一篇文献Part per trillion level DMMP gas sensor based on calixarene modified organic thin film transistor(DOI:10.1016/j.cej.2022.137097)中提到了NCI方法可视化两个分子间的弱相互作用(结合能)见图1,想请教一下各位老师。
1、图1(c)中两个化合物P3HT和DMMP如何在gview中进行放置?P3HT和DMMP两个分子在gview中绘制摆放时需要控制两者的空间距离么?
2、图1(c)中的P3HT3-己基噻吩,CAS: 110134-47-9为聚合物,聚合物的单体分子的构建是否可以省略长烷基链,P3HT在gview中构建的时候一般摆放几个单体?
3、如果在gview中构建聚合物(图2):(乙二醇)-block-(丙二醇)-block-(乙二醇) CAS: 9003-11-6,average Mn ~2,000(EOPO=19)的单体分子该如何构建?单体分子的x,y,z怎么取值?
非常感谢!

图1.png (423.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

图1

图1

图2.png (19.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

图2

图2

Song et al_2022_Part per trillion level DMMP gas sensor based on calixarene modi.pdf

6.01 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 2025-3-13 06:49:40 | 只看该作者 Only view this author
根据DMMP和P3HT的重复单元的长度来看,两个重复单元可以接受。用genmer+molclus的方式做构型搜索,让批量产生的结构中DMMP都在P3HT的中间区域
参考
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

那个根本不是NCI分析,作者胡写,明明是IGM图。如今NCI和IGM分析都不推荐,如果你关注的是分子间的相互作用,IGMH分析是首选,看
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表!
http://sobereva.com/667http://bbs.keinsci.com/thread-37629-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-13 14:24:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-13 06:49
根据DMMP和P3HT的重复单元的长度来看,两个重复单元可以接受。用genmer+molclus的方式做构型搜索,让批量产 ...

谢谢sober老师的帮助,再请教一下老师,聚(乙二醇)-block-聚(丙二醇)-block-聚(乙二醇) 这个单体应该怎么构建合适,其中的xyz取值多少比较合适?谢谢

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发表于 Post on 2025-3-14 03:50:00 | 只看该作者 Only view this author
yzh 发表于 2025-3-13 14:24
谢谢sober老师的帮助,再请教一下老师,聚(乙二醇)-block-聚(丙二醇)-block-聚(乙二醇) 这个单体应该怎么 ...

“xyz取值”语义不明
block指代不明
重复单元数不很多的时候,自己在gview里画结构就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-17 08:41:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-14 03:50
“xyz取值”语义不明
block指代不明
重复单元数不很多的时候,自己在gview里画结构就完了

谢谢sober老师,收到

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-18 14:01:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-13 06:49
根据DMMP和P3HT的重复单元的长度来看,两个重复单元可以接受。用genmer+molclus的方式做构型搜索,让批量产 ...

老师,您好,请教一下:我按照genmer的方式,生成了50个构象(traj.xyz ; PH3T和DMMP复合体,配置文件genmer.ini),因为结构简单,只设置生成50个构象。然后用xtb进行了50个结构优化(iosmer.xyz),然后启动isostat设置0.25和99后,输入300k,得到11个结构并排序(cluster.xyz),看了一下结构,发现Boltzmann分布最大概率的结构其中DMMP并不在P3HT的中间。
请教一下老师,我的最后的culster.xyz的结构合理么?是否都需要 DFT B3LYP-D3/6-31G(d)进行计算后再挑选能量最低的那个构象?
谢谢

cluster.xyz

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isomers.xyz

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traj.xyz

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发表于 Post on 2025-3-19 10:21:46 | 只看该作者 Only view this author
yzh 发表于 2025-3-18 14:01
老师,您好,请教一下:我按照genmer的方式,生成了50个构象(traj.xyz ; PH3T和DMMP复合体,配置文件gen ...

就把在中间的构型(不叫构象)留下来用DFT进一步refine就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-19 10:31:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-19 10:21
就把在中间的构型(不叫构象)留下来用DFT进一步refine就完了

谢谢老师,我将这个14构型用gaussian的opt+freq B3LYP-D3计算后,得到7个结构,发现能量最低的是DMMP靠近P3HT的中间(但是不完全在中间),后面我用orca计算单点能后选择能量最低的那个构型,去做△E结合能和IGMH分析。谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-3 14:02:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yzh 于 2025-4-3 14:04 编辑
sobereva 发表于 2025-3-13 06:49
根据DMMP和P3HT的重复单元的长度来看,两个重复单元可以接受。用genmer+molclus的方式做构型搜索,让批量产 ...

老师,请教一下,文献应该是NCI的RDG图和IGM图,我这边重复了一下,h图的重复和文献差异较大,这个是什么原因呢?感谢老师指导!

RDGscatter-DMMP-TB6.jpg (199.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

DMMP-TB6(h图)

DMMP-TB6(h图)

DMMP-TB6-001-wfn.7z

3.37 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 2025-4-3 14:50:01 | 只看该作者 Only view this author
yzh 发表于 2025-4-3 14:02
老师,请教一下,文献应该是NCI的RDG图和IGM图,我这边重复了一下,h图的重复和文献差异较大,这个是什么 ...

构象不同、格点设置不同等等
散点图基本没用,没必要管这个
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-10 08:33:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-3 14:50
构象不同、格点设置不同等等
散点图基本没用,没必要管这个

谢谢老师,明白了,还是选取的构象不同的原因比较大,我发现这个用于解释实验现象还行,通过计算的调整基本上能解释实验现象,但是预测好像还是不太行

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