IRC计算跑两步就结束了

Qze · 发表于 Post on 2025-4-6 19:56:54

您好，请教一下各位，IRC跑两步就结束了，这是什么原因造成的。
# irc=(forward,calcfc,maxpoints=30,stepsize=5) b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(iefpcm,solvent=generic,read) int=ultrafine

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-4-6 20:20:24

单从截图看不出来这是个什么反应的过渡态，俩分子也太远了，建议把找到这个过渡态的输入输出文件打包压缩上传为帖子附件看看。

问题本身的答案看http://sobereva.com/400的第2节第二个回复。此外，涉及两个柔性分子的反应应当注意弱相互作用的描述，参考http://sobereva.com/557和http://sobereva.com/413应给B3LYP泛函加上D3色散校正。

Qze · 发表于 Post on 2025-4-6 20:29:53

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-6 20:20
单从截图看不出来这是个什么反应的过渡态，俩分子也太远了，建议把找到这个过渡态的输入输出文件打包压缩上 ...

感谢您的回复，我把输入输出文件放在附件了，您看下。另外，我的这个是离子键还要考虑色散校正吗？

Qze · 发表于 Post on 2025-4-6 20:30:30

这是输入输出文件

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-4-6 20:53:40

Qze 发表于 2025-4-6 20:29
感谢您的回复，我把输入输出文件放在附件了，您看下。另外，我的这个是离子键还要考虑色散校正吗？

你是说这个反应就是二级胺和羧酸形成有机酸铵盐的过程？且不说质子转移可能实际上就不存在过渡态（可能需要柔性扫描之类的辅助确认），就算在这个体系中真有过渡态也肯定不长这样，胺的氮原子孤对电子都不在羧基氢原子那个方向……建议补一补基础的结构和有机化学知识。

现在输出文件有一句WARNING: NO IMAGINARY FREQUENCIES AT TS!，也就是Gaussian找不到虚频，认为初始坐标不是过渡态结构，后面自然没法硬跑IRC。所以我问的是找到这个结构，也就是上一步opt(ts)任务的相关计算文件，问题从那里肯定就有了。

不能一上来就认为纯靠静电相互作用（所谓“离子键”）即可形成反应复合物，加上D3色散校正显然对合理描述两个分子间的相互作用很有必要（且又不会明显增加耗时），仔细看上面链接的博文。而且优化和IRC任务应当统一加上。

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-4-7 15:54:50

哦，我在楼主之前一帖http://bbs.keinsci.com/thread-52640-1-1.html看到这个结构了，只能说确实不符合化学常识。

我把羧酸的环己基简化成氢，考虑到羟基与羧基的氢键来摆了个合理的初猜构象，然后在B3LYP-D3(BJ)/6-311G(d,p)级别和这个溶剂环境下完成反应物、产物、过渡态的优化，输入输出文件如下

amine_acid.zip (1.1 MB, 下载次数 Times of downloads: 3)
顺便按http://sobereva.com/290做了一个反应物（羧酸与胺，半透明红色）、过渡态（单一虚频789.2203i cm-1且振动方向符合质子转移，半透明橙色）、产物（羧酸根与铵盐，半透明黄色）的叠加显示图

Qze · 发表于 Post on 2025-4-11 23:23:49

非常感谢您的回复，而且还抽出宝贵时间帮我计算了过渡态，真的感谢，解决了我的燃眉之急。
我在用您的摆出来的结构计算了N,N二甲基乙醇胺与环己烷乙酸反应，成功找到了过渡态，看到羧基上氢原子振动方向向胺靠近，真是很激动。但我计算其它胺的时候发现虚频只有负几十，而且也没出现氢原子向胺靠近的趋势，应该是没计算正确。您有空帮我看下我摆出来的结构是否正确，放在附件了。

Qze · 发表于 Post on 2025-4-11 23:24:23

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-7 15:54
哦，我在楼主之前一帖http://bbs.keinsci.com/thread-52640-1-1.html看到这个结构了，只能说确实不符合化学 ...

非常感谢您的回复，而且还抽出宝贵时间帮我计算了过渡态，真的感谢，解决了我的燃眉之急。
我在用您的摆出来的结构计算了N,N二甲基乙醇胺与环己烷乙酸反应，成功找到了过渡态，看到羧基上氢原子振动方向向胺靠近，真是很激动。但我计算其它胺的时候发现虚频只有负几十，而且也没出现氢原子向胺靠近的趋势，应该是没计算正确。您有空帮我看下我摆出来的结构是否正确，放在附件了。

Qze · 发表于 Post on 2025-4-11 23:25:18

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-7 15:54
哦，我在楼主之前一帖http://bbs.keinsci.com/thread-52640-1-1.html看到这个结构了，只能说确实不符合化学 ...

非常感谢您的回复，而且还抽出宝贵时间帮我计算了过渡态，真的感谢，解决了我的燃眉之急。
我在用您的摆出来的结构计算了N,N二甲基乙醇胺与环己烷乙酸反应，成功找到了过渡态，看到羧基上氢原子振动方向向胺靠近，真是很激动。但我计算其它胺的时候发现虚频只有负几十，而且也没出现氢原子向胺靠近的趋势，应该是没计算正确。您有空帮我看下我摆出来的结构是否正确，放在附件了。

Qze · 发表于 Post on 2025-4-11 23:31:35

这是输入文件和结算出来的结构

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-4-12 10:31:44

Qze 发表于 2025-4-11 23:31
这是输入文件和结算出来的结构

不知道你这三个输入文件的初猜是怎么摆的，从O-H和N-H距离来看完全没利用我找到的结果。辛苦找到一个过渡态以后，直接以其为初猜找其他类似的过渡态不是更容易么？

应该直接用GaussView打开我那个有_ts.out后缀的输出文件，复制最后一帧的结构并在此基础上修改基团（注意环己基应该用GaussView的环状片段库里面那个椅式构象的，因为这是环己烷的极小点而不至于产生构象变化的多余虚频），然后按http://sobereva.com/404在冗余内坐标下冻结质子转移涉及的O-H和N-H键长等做过渡态的预优化，再放开所有限制做最终的过渡态优化。

严格说来基团比我上面那个甲基的例子大的时候应该做过渡态的构象搜索，参考http://sobereva.com/730，特别是Q21。

Qze · 发表于 Post on 2025-4-12 16:12:13

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-12 10:31
不知道你这三个输入文件的初猜是怎么摆的，从O-H和N-H距离来看完全没利用我找到的结果。辛苦找到一个过渡 ...

感谢您的回复，刚入手计算，好多知识都不懂，多亏您的指点。我做预优化是冻结O-H键长吗？

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