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[新手求助] 结构优化时对于某个体系不知道是否必须添加溶剂模型

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请问一下我计算的体系当中部分含有氯化胆碱和甜菜碱这两个分子,其余的都是一些不带电的有机分子,如图所示为这两个分子的结构。我不知道这个两个分子是否算局部呈现显著的离子性,因此不知道是否要添加溶剂模型,还有一个原因是因为我后面做高精度的能量计算的时候想计算在不同溶剂下的结合能,因此要在不同的溶剂下计算,那么如果我在结构优化的时候必须添加溶剂的话,那么我的溶剂是添加什么呢?是我在计算能量时候的不同的溶剂吗还是选择其他?

QQ截图20240513102804.png (48.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

氯化胆碱

氯化胆碱

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甜菜碱

甜菜碱

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发表于 Post on 2024-5-14 08:09:05 | 只看该作者 Only view this author
典型的带局部显著电荷体系
在相应溶剂下优化
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-14 09:08:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-14 08:09
典型的带局部显著电荷体系
在相应溶剂下优化

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-14 09:12:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-14 08:09
典型的带局部显著电荷体系
在相应溶剂下优化

请问老师我可以先在molclus调用xtb在不加溶剂的条件下初步优化,然后再调用gaussian在溶剂下优化吗?因为xtb的内置溶剂好像很少。

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发表于 Post on 2024-5-14 22:48:20 | 只看该作者 Only view this author
xiewei 发表于 2024-5-14 09:12
请问老师我可以先在molclus调用xtb在不加溶剂的条件下初步优化,然后再调用gaussian在溶剂下优化吗?因为 ...

不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里问同一问题,注意看群规(http://sobereva.com/QQrule.html),以及论坛置顶的论坛新社员必读贴

如果是极性溶剂,用个介电常数相近的也比不用强
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发表于 Post on 2025-4-17 21:05:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-14 08:09
典型的带局部显著电荷体系
在相应溶剂下优化

sob老师,对于上面典型的带局部显著电荷体系,实际溶剂环境是水,我需要计算resp2电荷。对于这种小分子,结构优化选择显式溶剂scrf=(smd,solvent=water)还是隐式溶剂scrf=solvent=water?在计算单点时选择的溶剂需要跟优化时选择的显式/隐式一致吗?

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发表于 Post on 2025-4-18 05:31:11 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2025-4-17 21:05
sob老师,对于上面典型的带局部显著电荷体系,实际溶剂环境是水,我需要计算resp2电荷。对于这种小分子, ...

scrf=solvent=water
SMD不推荐用于优化目的,没额外好处,还容易因为数值噪音导致难收敛

我不知道有什么理由用不同的溶剂
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