通过cpu内核绑定提高多任务运算效率

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遇到的问题：
1. 同时提交两个任务时运算速度减半；
2. 双路服务器使用全部核心效率反而弱于半数核心；
3. 提交任务后开始时计算正常，一段时间后运算效率以指数级下降；

原因：
未绑定cpu内核，不同任务争抢cpu资源。

解决方案：
如不想配置slurm等调度环境，可以使用 taskset 命令绑定任务所需内核。例如，对于双路128核心（64×2）的服务器来说，可以使用以下命令提交vasp任务：

1. taskset -c 0-127 mpirun -n 32 -genv OMP_NUM_THREADS=4 vasp_std

复制代码

其中“taskset -c 0-127”表示使用第0到127号核心进行计算，“mpirun -n 32 -genv OMP_NUM_THREADS=4 vasp_std” 为常规的任务提交命令。
如要提交两个任务可以使用以下两条命令：

1. taskset -c 0-63 mpirun -n 16 -genv OMP_NUM_THREADS=4 vasp_std

复制代码

1. taskset -c 64-127 mpirun -n 16 -genv OMP_NUM_THREADS=4 vasp_std

复制代码

对于其他软件只需修改相应的命令即可。例如对于cp2k：

1. taskset -c 0-63 mpirun -n 16 -genv OMP_NUM_THREADS=4 cp2k.psmp -i cp2k.inp 1>$cp2k/cp2k.out 2>$cp2k/cp2k.err

复制代码

其他解决方案：

如果基于OpenMPI，可以参照sob老师的帖子“通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时“。
终极的解决方案——配置slurm调度环境。

zxq

要怎么配置slurm呢

abin

zxq 发表于 2025-5-28 23:26
要怎么配置slurm呢

有很多教程, 可以follow试试.... 自己都收搜索找找....

或者鄙人有一个自动工具, 可以做到“一键配置”, 大概5分钟到十来分钟(取决于网速), 不过工具套件需付费....

建议自己找各种教程, 多看几个, 综合试试, 就搞定了, 无非是花点时间.