Sobtop读取.mol2文件失败

2421886719 · 发表于 Post on 2025-4-24 10:23:40

各位老师好，
   我用Sobtop读取.mol2文件报错（Sobtop版本为：Version 1.0(dev3.2)  First release: 2024-Feb-17）：

forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit -5, file Internal List-Directed Read
Image             PC             Routine          Line       Source
sobtop          000000000126BD1B  Unknown             Unknown  Unknown
sobtop          0000000001291CEE  Unknown             Unknown  Unknown
sobtop          0000000001290A15  Unknown             Unknown  Unknown
sobtop          000000000042852E  Unknown             Unknown  Unknown
sobtop          000000000042294A  Unknown             Unknown  Unknown
sobtop          0000000000422322  Unknown             Unknown  Unknown
libc-2.28.so    0000146697BEBCA3  __libc_start_main    Unknown  Unknown
sobtop          0000000000422229  Unknown             Unknown  Unknown
请问该怎么解决

BDTnon2F-BT2F.mol2 (7.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-24 23:19:14

@<TRIPOS>BOND字段有诸如34 20 52 Wk这样的行，代表第34个键是20-52之间的Weak（Wk）作用，这是sobtop不支持的，如果20-52确实是弱相互作用，把这行删掉，而如果是共价键，则把Wk改成实际的形式键级（如1代表单键）。

2421886719 · 发表于 Post on 2025-4-25 09:32:24

sobereva 发表于 2025-4-24 23:19
@BOND字段有诸如34 20 52 Wk这样的行，代表第34个键是20-52之间的Weak（Wk）作用，这是sobtop不支持的，如 ...

感谢卢老师！

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[Sobtop] Sobtop读取.mol2文件失败

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