做团簇中的原子相对团簇质心的径向分布函数能否实现

panger · 发表于 Post on 2017-3-10 15:19:31

想利用VMD做一个团簇中的任意原子相对团簇质心的径向分布函数。不知道selection部分怎么设。是否可以通过VMD直接实现?希望大家给点建议，谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-10 15:46:23

如果你是直接用VMD的extensions里那个RDF插件计算，而且团簇质心位置不断改变，用一个selection没法实现，得自己写计算脚本。

diaok · 发表于 Post on 2017-3-10 20:59:28

团簇是固定的一个吗？

如果是可以对每帧进行平移
团簇measure质心移到某个位置
随便取个别的原子移过去当参考用

panger · 发表于 Post on 2017-3-14 15:03:26

sobereva 发表于 2017-3-10 15:46
如果你是直接用VMD的extensions里那个RDF插件计算，而且团簇质心位置不断改变，用一个selection没法实现， ...

谢谢您

panger · 发表于 Post on 2017-3-14 15:05:11

diaok 发表于 2017-3-10 20:59
团簇是固定的一个吗？

如果是可以对每帧进行平移

情况和sob老师说的一样，反应过程中团簇的质心不断变化。主要是想考察团簇中的原子会不会以单原子或几个原子的情况脱离团簇。

panger · 发表于 Post on 2017-3-14 15:16:01

diaok 发表于 2017-3-10 20:59
团簇是固定的一个吗？

如果是可以对每帧进行平移

另外，measure质心的时候，团簇仅仅是整个催化剂结构的一部分，这样可以吗？谢谢您

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-14 18:16:53

panger 发表于 2017-3-14 15:05
情况和sob老师说的一样，反应过程中团簇的质心不断变化。主要是想考察团簇中的原子会不会以单原子或几个 ...

如果你用的gromacs，考察这个用clustsize命令是最省事的，直接就告诉你随着模拟进行，体系当中簇的数目的变化

panger · 发表于 Post on 2017-3-15 11:57:05

sobereva 发表于 2017-3-14 18:16
如果你用的gromacs，考察这个用clustsize命令是最省事的，直接就告诉你随着模拟进行，体系当中簇的数目 ...

我做的体系是氧化物上负载金属团簇，您觉得这种体系用gromacs做是否合适呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-15 13:00:05

panger 发表于 2017-3-15 11:57
我做的体系是氧化物上负载金属团簇，您觉得这种体系用gromacs做是否合适呢？

找得到合适的力场就合适，应该能找到

panger · 发表于 Post on 2017-3-15 13:28:29

sobereva 发表于 2017-3-15 13:00
找得到合适的力场就合适，应该能找到

谢谢您。

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