自定义基组+引用外部文件+cosmo文件

whtu

想学习自定义基组的使用，以H2O为例生成cosmo文件，输入文件如下：
%chk=water.chk
%nprocshared=8
%mem=5GB
# opt freq b3lyp/gen

Title Card Required

0 1
O                 -0.85039369   -0.71653542    0.00000000
H                  0.10960631   -0.71653542    0.00000000
H                 -1.17084828    0.18840041    0.00000000

@/home/whtu/cation/def_TZVP/def-TZVP_gaussian.gbs

--Link1--
%chk=water.chk
#p opt b3lyp/gen int=ultrafine geom=allcheck guess=read scrf=cosmo test

@/home/whtu/cation/def_TZVP/def-TZVP_gaussian.gbs

--Link1--
%chk=water.chk
#p b3lyp/gen geom=allcheck guess=read int=ultrafine scrf=cosmors test

@/home/whtu/cation/def_TZVP/def-TZVP_gaussian.gbs

water.cosmo



自定义的基组文件为def-TZVP_gaussian.gbs，内容如下：
! def-TZVP Basis set for H, B, C, N, O, F, Al, P, S, Cl, Ca, Fe, In and Sb in Gaussian-format
-H    0
S  3  1.00
    34.061341      .60251978E-02
    5.1235746      .45021094E-01
    1.1646626      .20189726
S  1  1.00
    .32723041      1.0000000
S  1  1.00
    .10307241      1.0000000
P  1  1.00
.80   1.00
****
! unpublished
-B    0
S  6  1.00
  8564.8660687      .22837198155E-03
  1284.1516263      .17682576447E-02
  292.27871604      .91407080516E-02
  82.775469176      .36342638989E-01
  27.017939269      .11063458441
  9.8149619660      .23367344321
S  2  1.00
  3.9318559059      .41818777978
  1.6595599712      .22325473798
S  1  1.00
  .35762965239      1.0000000000
S  1  1.00
  .14246277496      1.0000000000
S  1  1.00
  .60560594768E-01  1.0000000000
P  4  1.00
  22.453875803      .50265575179E-02
  5.1045058330      .32801738965E-01
  1.4986081344      .13151230768
  .50927831315      .33197167769
P  1  1.00
  .18147077798      .47314319570
P  1  1.00
  .64621893904E-01  .25802783943
D  1  1.00
  .50  1.00
****
! A. Sch?fer, C. Huber, R. Ahlrichs; J. Chem. Phys. 100, 5829 (1994).
-C    0
S  6  1.00
  13575.349682      .22245814352E-03
  2035.2333680      .17232738252E-02
  463.22562359      .89255715314E-02
  131.20019598      .35727984502E-01
  42.853015891      .11076259931
  15.584185766      .24295627626
S  2  1.00
  6.2067138508      .41440263448
  2.5764896527      .23744968655
S  1  1.00
  .57696339419      1.0000000000
S  1  1.00
  .22972831358      1.0000000000
S  1  1.00
  .95164440028E-01  1.0000000000
P  4  1.00
  34.697232244      .53333657805E-02
  7.9582622826      .35864109092E-01
  2.3780826883      .14215873329
  .81433208183      .34270471845
P  1  1.00
  .28887547253      .46445822433
P  1  1.00
  .10056823671      .24955789874
D  1  1.00
  .80   1.00
****
! A. Sch?fer, C. Huber, R. Ahlrichs; J. Chem. Phys. 100, 5829 (1994).
-N    0
S  6  1.00
  19730.800647      .21887984991E-03
  2957.8958745      .16960708803E-02
  673.22133595      .87954603538E-02
  190.68249494      .35359382605E-01
  62.295441898      .11095789217
  22.654161182      .24982972552
S  2  1.00
  8.9791477428      .40623896148
  3.6863002370      .24338217176
S  1  1.00
  .84660076805      1.0000000000
S  1  1.00
  .33647133771      1.0000000000
S  1  1.00
  .13647653675      1.0000000000
P  4  1.00
  49.200380510      .55552416751E-02
  11.346790537      .38052379723E-01
  3.4273972411      .14953671029
  1.1785525134      .34949305230
P  1  1.00
  .41642204972      .45843153697
P  1  1.00
  .14260826011      .24428771672
D  1  1.00
  1.00   1.00
****
! A. Sch?fer, C. Huber, R. Ahlrichs; J. Chem. Phys. 100, 5829 (1994).
-O    0
S  6  1.00
  27032.382631      .21726302465E-03
  4052.3871392      .16838662199E-02
  922.32722710      .87395616265E-02
  261.24070989      .35239968808E-01
  85.354641351      .11153519115
  31.035035245      .25588953961
S  2  1.00
  12.260860728      .39768730901
  4.9987076005      .24627849430
S  1  1.00
  1.1703108158      1.0000000000
S  1  1.00
  .46474740994      1.0000000000
S  1  1.00
  .18504536357      1.0000000000
P  4  1.00
  63.274954801      .60685103418E-02
  14.627049379      .41912575824E-01
  4.4501223456      .16153841088
  1.5275799647      .35706951311
P  1  1.00
  .52935117943      .44794207502
P  1  1.00
  .17478421270      .24446069663
D  1  1.00
  1.20   1.00
****
! A. Sch?fer, C. Huber, R. Ahlrichs; J. Chem. Phys. 100, 5829 (1994).
-F    0
S  6  1.00
  35479.100441      .21545014888E-03
  5318.4728983      .16700686527E-02
  1210.4810975      .86733211476E-02
  342.85518140      .35049933175E-01
  112.01943181      .11165320133
  40.714740248      .25988506647
S  2  1.00
  16.039678111      .39422966880
  6.5038186740      .24998238551
S  1  1.00
  1.5440477509      1.0000000000
S  1  1.00
  .61223452862      1.0000000000
S  1  1.00
  .24027979698      1.0000000000
P  4  1.00
  80.233900483      .63685999134E-02
  18.594010743      .44303143530E-01
  5.6867902653      .16867248708
  1.9511006294      .36166346255
P  1  1.00
  .66970211298      .44202901491
P  1  1.00
  .21651300410      .24319875730
D  1  1.00
  1.40   1.00
****
! A. Sch?fer, C. Huber, R. Ahlrichs; J. Chem. Phys. 100, 5829 (1994).
-Al    0
S  7  1.00
  37792.550772      .57047888709E-03
  5668.0682165      .44093016538E-02
  1289.8582841      .22630967411E-01
  364.86596028      .88025644295E-01
  118.57631515      .25223701612
  42.024867605      .45960547169
  15.499501629      .33277886014
S  3  1.00
  75.208026598      .19250560190E-01
  23.031408972      .87906743952E-01
  3.6348797649     -.34246704535
S  2  1.00
  1.6065049957      1.5106266058
  .76103394581      .58071016470
S  1  1.00
  .16556708849      1.0000000000
S  1  1.00
  .60041577113E-01  1.0000000000
P  6  1.00
  452.52303192      .23110812466E-02
  107.08195049      .18568641823E-01
  34.131021255      .87216237035E-01
  12.587037428      .26902101523
  4.9811919704      .52128324272
  2.0070350900      .60271687494
P  1  1.00
  .80083714374      1.0000000000
P  1  1.00
  .20178927472      1.0000000000
P  1  1.00
  .57895550392E-01  1.0000000000
D  1  1.00
  .30   1.00
****
! A. Sch?fer, C. Huber, R. Ahlrichs; J. Chem. Phys. 100, 5829 (1994).
-P    0
S  7  1.00
  52426.999233      .55207164100E-03
  7863.2660552      .42678595308E-02
  1789.5227333      .21931529186E-01
  506.27300165      .85667168373E-01
  164.60698546      .24840686605
  58.391918722      .46336753971
  21.643663201      .35350558156
S  3  1.00
  99.013837620      .21895679958E-01
  30.550439817      .95650470295E-01
  5.4537087661     -.29454270186
S  2  1.00
  2.6503362563      1.3294381200
  1.2726688867      .66109396473
S  1  1.00
  .31645005203      1.0000000000
S  1  1.00
  .11417466938      1.0000000000
P  6  1.00
  472.27219248      .25710623052E-02
  111.58882756      .20250297999E-01
  35.445936418      .91580716787E-01
  12.990776875      .25749454014
  5.0486221658      .42862899758
  1.9934049566      .34359817849
P  1  1.00
  .66527284430      1.0000000000
P  1  1.00
  .25516832128      1.0000000000
P  1  1.00
  .90357762251E-01  1.0000000000
D  1  1.00
  .45   1.00
****
! A. Sch?fer, C. Huber, R. Ahlrichs; J. Chem. Phys. 100, 5829 (1994).
-S    0
S  7  1.00
  60700.928104      .54695944225E-03
  9102.6106854      .42297224557E-02
  2071.4166009      .21747824159E-01
  586.02476821      .85100053589E-01
  190.55395021      .24799128459
  67.630384260      .46703640406
  25.127306905      .36434587550
S  3  1.00
  112.57463010      .21670040240E-01
  34.795554217      .93602301760E-01
  6.5115556215     -.26068001422
S  2  1.00
  3.2399032261      1.2842089435
  1.5477160881      .66036416584
S  1  1.00
  .40541030112      1.0000000000
S  1  1.00
  .14550651059      1.0000000000
P  6  1.00
  564.36716027      .24796796317E-02
  133.42624379      .19677930250E-01
  42.468271189      .89980008258E-01
  15.616527580      .25705880575
  6.1093988469      .43515167292
  2.4404160198      .34883240595
P  1  1.00
  .83882201296      1.0000000000
P  1  1.00
  .31288746900      1.0000000000
P  1  1.00
  .10770109004      1.0000000000
D  1  1.00
  .55  1.00
****
! A. Sch?fer, C. Huber, R. Ahlrichs; J. Chem. Phys. 100, 5829 (1994).
-Cl    0
S  7  1.00
  69507.990945      .54314897497E-03
  10426.156880      .41990463961E-02
  2373.2334061      .21592141679E-01
  671.56420071      .84598850094E-01
  218.41999790      .24757249724
  77.572249714      .47016930228
  28.888815277      .37436370716
S  3  1.00
  127.10527185      .25182166603E-01
  39.339582961      .10786112456
  7.6740679989     -.27408821574
S  2  1.00
  3.8745627630      1.3213875014
  1.8385832573      .68636955368
S  1  1.00
  .50229057542      1.0000000000
S  1  1.00
  .17962723420      1.0000000000
P  6  1.00
  666.50423284      .23632663836E-02
  157.64241690      .18879300374E-01
  50.262520978      .87206341273E-01
  18.536078105      .25285612970
  7.2940532777      .43507154820
  2.9433248995      .35026513165
P  1  1.00
  1.0404970818      1.0000000000
P  1  1.00
  .38456415080      1.0000000000
P  1  1.00
  .13069642732      1.0000000000
D  1  1.00
  .65   1.00
****
! A. Sch?fer, C. Huber, R. Ahlrichs; J. Chem. Phys. 100, 5829 (1994).
-Ca    0
S  8  1.00
  172517.32685      .23317502546E-03
  25861.519275      .18076521980E-02
  5885.6618668      .93943844255E-02
  1665.9730031      .38108409009E-01
  542.36718148      .12331203853
  194.57803492      .29004470954
  75.303597636      .40587151157
  29.574062589      .20398410743
S  4  1.00
  191.20074660     -.24419759759E-01
  58.840299883     -.11547027448
  8.9642540845      .56356636717
  3.6856960541      .56709682704
S  2  1.00
  5.2464289726     -.22825334325
  .84862621528      .72625219172
S  1  1.00
  .36743300538      1.0000000000
S  1  1.00
  .66821582613E-01  1.0000000000
S  1  1.00
  .26759730445E-01  1.0000000000
P  6  1.00
  836.97262058      .25258346092E-02
  197.93040142      .20076506686E-01
  63.135558054      .91302987366E-01
  23.282687170      .25247029915
  9.1176444932      .39426326344
  3.6336120139      .23011559492
P  3  1.00
  13.494163120     -.26495021951E-01
  1.8139259790      .55088108210
  .71981826006      1.0280616620
P  1  1.00
  .27629576992      1.0000000000
P  1  1.00
  .074979   1.000000
D  3  1.00
  5.4979093879      0.73770011433E-01
  1.3177128032      0.26052853169
0.32188682649      0.45233836380
D  1  1.00
0.70528614919E-01   1.0000000000
****
! A. Sch?fer, C. Huber, R. Ahlrichs; J. Chem. Phys. 100, 5829 (1994).
-Fe    0
S  8  1.00
  300784.84637      .22806273096E-03
  45088.970557      .17681788761E-02
  10262.516317      .91927083490E-02
  2905.2897293      .37355495807E-01
  946.11487137      .12151108426
  339.87832894      .28818881468
  131.94425588      .41126612677
  52.111494077      .21518583573
S  4  1.00
  329.48839267     -.24745216477E-01
  101.92332739     -.11683089050
  16.240462745      .55293621136
  6.8840675801      .53601640182
S  2  1.00
  10.470693782     -.22912708577
  1.7360039648      .71159319984
S  1  1.00
  .72577288979      1.0000000000
S  1  1.00
  .11595528203      1.0000000000
S  1  1.00
  .41968227746E-01  1.0000000000
P  6  1.00
  1585.3959970      .23793960179E-02
  375.38006499      .19253154755E-01
  120.31816501      .90021836536E-01
  44.788749031      .25798172356
  17.829278584      .41492649744
  7.2247153786      .24207474784
P  3  1.00
  28.143219756     -.29041755152E-01
  3.8743241412      .55312260343
  1.5410752281      .96771136842
P  1  1.00
  .58285615250      1.0000000000
D  4  1.00
  61.996675034      .11971972255E-01
  17.873732552      .73210135410E-01
  6.2744782934      .23103094314
  2.3552337175      .39910706494
D  1  1.00
  .85432239901      .41391589765
D  1  1.00
  .27869254413      .21909269782
P  1  1.00
   .134915    1.000000
****
! A. Sch?fer, C. Huber, R. Ahlrichs; J. Chem. Phys. 100, 5829 (1994).
-In    0
S  3  1.00
  1.5325620000      .26928901457517
  .95607154373     -.6264188666183
  .16950454967      .68519003450820
S  1  1.00
  .61810098073E-01  1.0000000000
P  3  1.00
  .59575805846      -.28453860489547
  .37619975148       .31165827132835
  .11204325838       .53298765184379
P  1  1.00
  .43317823898E-01  1.0000000000
P  1  1.00
  .15345553962E-01  1.0000000000
D  1  1.00
  .160               1.000
****
! K. Eichkorn, F. Weigend, O. Treutler, R. Ahlrichs; Theor. Chem. Acc. 97, 119 (1997).
-Sb    0
S  3  1.00
  2.2207990000      -.28359577785279
  1.3267299347       .67243405240451
  .23092426451      -.74735362100535
S  1  1.00
  .89371099439E-01  1.0000000000
P  3  1.00
  2.1493490000      -.09074673957374
  1.3484119943       .24517102301965
  .29142485251      -.38487489687832
P  1  1.00
  .12692192582      1.0000000000
P  1  1.00
  .52990353280E-01  1.0000000000
D  1  1.00
  .211               1.000
****
! K. Eichkorn, F. Weigend, O. Treutler, R. Ahlrichs; Theor. Chem. Acc. 97, 119 (1997).



-IN     0
IN-ECP     3     46
f POTENTIAL
  1
2      0.88436900           -6.01909200
s-f POTENTIAL
  3
2      1.43509100           29.16521900
2      0.69580500           -4.19080600
2      0.88436900            6.01909200
p-f POTENTIAL
  3
2      1.44083200           36.99054200
2      0.70139200           -3.36582000
2      0.88436900            6.01909200
d-f POTENTIAL
  2
2      0.96123600           20.00053100
2      0.88436900            6.01909200
! A. Bergner, M. Dolg, W. Kuechle, H. Stoll, H. Preuss; Mol. Phys. 80, 1431 (1993).
-SB     0
SB-ECP     3     46
f POTENTIAL
  1
2      1.60925100          -14.51768700
s-f POTENTIAL
  3
2      2.49109100           68.42793800
2      1.34157500           -4.39863100
2      1.60925100           14.51768700
p-f POTENTIAL
  3
2      2.14386400           63.96546900
2      0.58550300           -0.57872600
2      1.60925100           14.51768700
d-f POTENTIAL
  2
2      0.79540100            7.80366100
2      1.60925100           14.51768700
! A. Bergner, M. Dolg, W. Kuechle, H. Stoll, H. Preuss; Mol. Phys. 80, 1431 (1993).



然而没有成功输出cosmo文件，log文件的后面几行如下：
Variational C-PCM results
=========================
<psi(f)|   H    |psi(f)>                     (a.u.) =     -76.458862
<psi(f)|H+V(f)/2|psi(f)>                     (a.u.) =     -76.473336
Total free energy in solution:
- with all non electrostatic terms           (a.u.) =     -76.470188
--------------------------------------------------------------------
(Polarized solute)-Solvent               (kcal/mol) =      -9.08
--------------------------------------------------------------------
Cavitation energy                        (kcal/mol) =       5.66
Dispersion energy                        (kcal/mol) =      -4.21
Repulsion energy                         (kcal/mol) =       0.53
Total non electrostatic                  (kcal/mol) =       1.98
--------------------------------------------------------------------
Partition over spheres:
Sphere  on Atom  Surface  Charge   GEl     GCav    GDR
    1      O1      24.63   0.257   -4.77    3.06   -1.89
    2      H2       9.19  -0.129   -2.16    1.30   -0.89
    3      H3       9.19  -0.129   -2.16    1.30   -0.89
--------------------------------------------------------------------
- cavitation energy not included in the total energy.
- dispersion energy not included in the total energy.
- repulsion  energy not included in the total energy.
After PCM corrections, the energy is  -76.4733364192     a.u.
--------------------------------------------------------------------
Blank file name read.
Error termination via Lnk1e in /home/gaussian/g09/l502.exe at Tue Jun 14 04:00:39 2016.


这里显示是l502错误，我知道论坛里有各种方法解决，我想确认一下我的输入文件格式是否正确？因为我log文件中有提示： Blank file name read.

liyuanhe211

高斯自带TZVP，自己写它干啥
从外部引用文件一定要注意它得“干净”，Gaussian只不过会原封不动的把它copy进去就完了，对空行之类的要求同样严格。如下图，你的基组文件里明明带着赝势，赝势之前还空了好多行。你也没有写genecp，只是gen，所以Gaussian认为到446行是基组结束了，读447行当成了一个cosmo文件的输出路径，当然是blank filename。

另外test是垃圾关键词，B3LYP用不着int=ultrafine。

whtu

liyuanhe211 发表于 2016-6-14 15:17
高斯自带TZVP，自己写它干啥
从外部引用文件一定要注意它得“干净”，Gaussian只不过会原封不动的把它copy ...

按你说的已经解决问题，非常感谢。
自己写基组主要是为了学习，另外我有一个问题是：B3LYP下为什么没必要用int=ultrafine?

sobereva

whtu 发表于 2016-6-15 11:41
按你说的已经解决问题，非常感谢。
自己写基组主要是为了学习，另外我有一个问题是：B3LYP下为什么没必 ...

B3LYP这类普通杂化泛函对积分格点精度没明尼苏达系列泛函那么高要求

戴上墨镜看世界

你好！按照你的方法，确实生成不了COSMO文件，不知道是怎么解决的呀！谢谢了！

sobereva

戴上墨镜看世界 发表于 2017-7-8 17:04
你好！按照你的方法，确实生成不了COSMO文件，不知道是怎么解决的呀！谢谢了！

scrf=cosmors，然后分子坐标后面空一行写上输出文件名

戴上墨镜看世界

sobereva 发表于 2016-6-15 12:23
B3LYP这类普通杂化泛函对积分格点精度没明尼苏达系列泛函那么高要求

不好意思！刚看到，谢谢了！我先试试哈！

戴上墨镜看世界

sobereva 发表于 2017-7-8 18:01
scrf=cosmors，然后分子坐标后面空一行写上输出文件名

%mem=2GB
%chk=h2o.chk
#p b3lyp/6-31g(d,p) opt=tight scf=tight

Title Card Required

0 1
O                 -0.52402568    1.24465621   -0.01371607
H                  0.43597429    1.24489731   -0.01371607
H                 -0.84425298    2.14967249   -0.01371607

--link1--
%chk=h2o.chk
#p opt b3lyp/6-31g(d,p) int=ultrafine geom=allcheck guess=read scf=(tight,novaracc)
# scrf(cpcm,read)

radii=klamt

--link1--
%chk=h2o.chk
#p b3lyp/6-31g(d,p) scf=(tight,novaracc) geom=allcheck guess=read  scrf=cosmors

H2o.cosmo

老师，你好！这是输入文件，就是生不成cosmo文件，能不能帮我看看是哪里出错了？谢谢了！

sobereva

戴上墨镜看世界 发表于 2017-7-11 10:33
%mem=2GB
%chk=h2o.chk
#p b3lyp/6-31g(d,p) opt=tight scf=tight

把输出路径写成绝对路径，免得找不到

戴上墨镜看世界

sobereva 发表于 2017-7-11 10:37
把输出路径写成绝对路径，免得找不到

老师，你好!非常感谢你的回答。问题还是没有解决呀！好像是不用设置路径直接输出当前路径，但是就是没有COSMO文件。不知道是不是前面的输入文件是不是哪里弄错了呀！谢谢了！

sobereva

戴上墨镜看世界 发表于 2017-7-11 17:28
老师，你好!非常感谢你的回答。问题还是没有解决呀！好像是不用设置路径直接输出当前路径，但是就是没有C ...

输入文件和输出的COMOSRS文件都附上了，g09 D01跑的，对照检验

戴上墨镜看世界

sobereva 发表于 2017-7-11 21:49
输入文件和输出的COMOSRS文件都附上了，g09 D01跑的，对照检验

实在是太感谢了！

wobufan456

实在是太感谢了！

wobufan456

生成的文件在cosmotherm里读不了怎么办

new-hand

wobufan456 发表于 2019-5-21 10:20
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

你好，请问问题解决了吗？可以把文件让我参考一下吗？