关于GROMACS模拟过程中，参数不会设定的问题

phosphorescence

各位老师好，最近看到一个文章使用GROMACS模拟晶体结构，因为是刚接触软件，所以具体的动力学模拟部分不是很清楚，请各位老师教导。以下是我的具体问题：
问题一：“在600K和100bar条件下进行初始5ns的压浴，使分子紧密结合”，请问100bar应该怎么设置？是指的ref_p =100 吗？
问题二：“在600k和1bar条件下再进行10ns模拟，然后在3ns内从600k逐渐冷却到298k”，请问是做10ns的平衡相模拟，其中设定退火时间是从7ns到10ns，退火温度从600k到298k吗？
问题三：“在298k和1bar条件下进行20ns的平衡模拟，而在最后10 ns的平衡模拟过程中，我们选择了Nosee′–Hoover热浴和Parrinello-Rahman压浴”，请问这20ns模拟的时间都属于平衡相模拟吗？还是说，前10ns是平衡相模拟，后10ns是产生相模拟呢？

sobereva

1 是
2 退火是10-13 ns期间
3 都属于。10ns的时候未必能达到平衡，所以没法说后10ns就已经能算作是产生相。但如果10ns的时候确实已经平衡了，那么后10ns可以当做产生相的前期。一般产生相的模拟时间尺度远长于平衡相模拟，所以后10ns不可能真正算作一般意义的完整的产生相。

phosphorescence

sobereva 发表于 2024-4-24 07:18
1 是
2 退火是10-13 ns期间
3 都属于。10ns的时候未必能达到平衡，所以没法说后10ns就已经能算作是产生相 ...

收到！感谢老师回复，还有两个问题想要请教老师。
问题一：想要使用packmol构建包含500个分子的模型，因此使用高斯优化了单分子，将优化后的结构另存为pdb文件，并通过packmol生成包含500个分子的新pdb文件。但是在Sobtop文件中生成gro文件时，应该使用单分子还是500个分子的mol2文件去构建呢？
问题二：做能量最小化生成em.tpr文件时，出现以下报错，查了相关帖子知道是itp文件中bond部分可能包含了另一个分子类型，但仍然不知道怎么解决。希望得到老师的指导。
ERROR 1 [file MPh_GMX.itp, line 72]:
  Atom index (26) in bonds out of bounds (1-25).
  This probably means that you have inserted topology section "bonds"
  in a part belonging to a different molecule than you intended to.
  In that case move the "bonds" section to the right molecule.

sobereva

phosphorescence 发表于 2024-4-24 16:07
收到！感谢老师回复，还有两个问题想要请教老师。
问题一：想要使用packmol构建包含500个分子的模型，因 ...

sobtop主页http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ里明确说了

我强烈建议（这也是GROMACS的良好使用习惯），对体系中每种通过bond项（用于描述有显著共价特征的化学键，也包括配位键）连接到一起的片段，单独用Sobtop产生拓扑文件，并计算其原子电荷。比如离子液体，由于阴阳离子间是非共价作用，因此就应当对阳离子和阴离子分别照常产生拓扑文件，然后把二者的itp都include到主top文件里，并且把二者中的[ atomtypes ]也都合并、去重后挪到主top的[ defaults ]字段的后面去。

再顺带一提，有些零基础的GROMACS初学者，居然试图用Sobtop产生整个模拟体系（含一大堆分子）的拓扑文件，然后直接用GROMACS跑，这种做法是极端野蛮粗暴不可理喻的。这么做可能在Sobtop里耗时很高，甚至完全产生不了而崩溃，而且所有分子的拓扑信息都搅合在一起作为一个[ moleculetype ]出现时会特别难以管理和修改。

诸如[bonds]这种字段，都是对于它上面出现的[moleculetype]而言的，显然[moleculetype]里[atoms]中序号最多是多少，[bonds]里能出现的序号最多就是多少。

phosphorescence

sobereva 发表于 2024-4-25 06:28
sobtop主页http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ里明确说了

收到！感谢老师的回答，我再仔细看看去。

超音速emooo

你好，请问是哪一篇文献啊，能否分享下呢，十分感谢