含二氧化硅的盐溶液冻结模拟与冰拼接后能量最小化不收敛

CB2024 · 发表于 Post on 2025-5-13 12:14:24

利用其他大神帖子中提到的amber14sb_OL15-Silica.ff中力场参数，并用sobtop生成了二氧化硅的itp文件，现含二氧化硅的盐溶液能量平衡后无问题，但与冰结构拼接后能量最小化不收敛，目出现边界处出现
发散情况，确定界面处无原子重叠情况，恳请各位老师指点

Seyilaxa · 发表于 Post on 2025-5-13 14:57:11

看一下atom 1491是什么原子，这么大的受力可能是拓扑文件或者起始结构不合理
另外说句不重要的，盒子周围的真空区有些太大了，能量最小化完冰的结构已经明显看到散了

牧生 · 发表于 Post on 2025-5-13 16:10:00

你的二氧化硅只是孤立的一个小块，那么，有使用羟基饱和边缘吗？

CB2024 · 发表于 Post on 2025-5-13 17:26:17

牧生发表于 2025-5-13 16:10
你的二氧化硅只是孤立的一个小块，那么，有使用羟基饱和边缘吗？

在ms里已经用OH饱和过了，净电荷为0，但是在vmd中显示就是这样的，之前您在另一篇帖子回复我的推荐二氧化硅力场参数已经使用了，但这次就是不收敛，请大神费心再帮忙看看

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[GROMACS] 含二氧化硅的盐溶液冻结模拟与冰拼接后能量最小化不收敛