(已解决)gmx_MMPBSA结果异常（能到正的好几百）求助

wbqdssl · 发表于 Post on 2025-7-12 23:32:58

本帖最后由 wbqdssl 于 2025-7-13 15:47 编辑

各位老师好，我在用gmx_MMPBSA计算蛋白-有机配体的MMPBSA时结果异常（能到正的好几百），但我初次接触这个程序，还不了解具体是哪方面的问题。输入文件和结果文件都在下面，恳请各位老师指点！
用的charmm-gui网站建体系，使用charmm36m力场；2开头的文件的体系是一个含LPH（LPH is a positively charged virtual particle attached to halogen atoms.）的体系，照官网的说明进行了处理，也更改了in文件里面的参数；1开头的体系是正常蛋白-有机配体体系。观察轨迹（周期性校正和平动转动都消除了）发现体系已经平衡，配体蛋白都极其稳定，配体在结合位点；输入给gmx_MMPBSA的轨迹只有蛋白和配体，没有水和离子；在动力学模拟时盐浓度是0.15M。
猜测是in文件设置有问题，但实在是没有相关经验，请各位老师指点，谢谢！

2mmpbsa_all_halo.in (8.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

2FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat (9.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

1mmpbsa_all.in (8.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

1FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat (9.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

体系pdb文件.zip (256.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

wbqdssl · 发表于 Post on 2025-7-13 15:49:51

问题找到了，是charmm-gui在构建配体的参数文件时出了问题，构建出来的配体不是完整的，是碎的；化学键不全。
如果其他人也遇到ΔGGAS这一项能量过大的情况可以先检查一下配体是否完整。

zjj_0616 · 发表于 Post on yesterday 17:22

能请教一下您是怎么处理lp原子的吗，我按照官网处理总是会报错

wbqdssl · 发表于 Post on yesterday 18:32

zjj_0616 发表于 2026-1-23 17:22
能请教一下您是怎么处理lp原子的吗，我按照官网处理总是会报错

可以看一下这个帖子里的内容：http://bbs.keinsci.com/thread-54666-1-1.html

zjj_0616 · 发表于 Post on yesterday 19:32

wbqdssl 发表于 2026-1-23 18:32
可以看一下这个帖子里的内容：http://bbs.keinsci.com/thread-54666-1-1.html

非常感谢，但这个帖子我也看过了，还是会报错，就不知道自己哪里出问题，总是会显示[ERROR ] MMPBSA_Error /home/zjj/gromacs-2021.4-serial/bin/gmx editconf failed when querying com_traj.xtc.
Check the gmx_MMPBSA.log file to report the problem.

wbqdssl · 发表于 Post on yesterday 20:57

zjj_0616 发表于 2026-1-23 19:32
非常感谢，但这个帖子我也看过了，还是会报错，就不知道自己哪里出问题，总是会显示[ERROR ] MMPBSA_Err ...

看看gmx_MMPBSA.log中具体说什么吧，看了具体报错信息之后应该知道是哪出问题了

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