求助：VMD计算得到的MSD曲线与GROMACS的gmx msd得到的MSD曲线有差异的原因是什么

wuxiaofei

各位老师好，我通过GROMACS运行了蒙脱石与Nacl溶液体系（图1），想计算体系中某块区域离子的扩散系数。我的想法是利用VMD软件的RMSD工具选区域并计算得到RMSD的数据，接着通过平方计算得到MSD，之后拟合获得离子的扩散系数。目前我先通过VMD（图2）与gmx msd（图3）分别计算整个体系的MSD来验证想法，但是两者计算出来的曲线趋势都不一样，这是什么原因，我该如何处理。图4是我用VMD的RMSD工具得到的z轴在0.7nm-1.2nm的MSD，更不是一条直线。

yijiexia

RMSD=Root Mean Square Deviation， MSD=Mean Square Displacement，MSD≠RMSD^2

sobereva

你把RMSD取平方之后，会看到平直得多，如下面北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的ppt所示



此外，VMD的那个插件不考虑下面培训班ppt所示的不同时间段的平均，统计误差比用gmx msd大得多，也因此噪音大得多。诸如CP2K等其它程序跑AIMD需要算MSD时我都建议借用gmx msd来算。

sobereva

yijiexia 发表于 2023-12-17 21:52
RMSD=Root Mean Square Deviation， MSD=Mean Square Displacement，MSD≠RMSD^2

当前语境下，MSD=RMSD^2。两个D此时是一码事

wuxiaofei

sobereva 发表于 2023-12-18 01:01
你把RMSD取平方之后，会看到平直得多，如下面北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/w ...

谢谢老师，主要我想计算部分区域，VMD刚好可以选区，那这样是不就得自己写脚本计算了

sobereva

wuxiaofei 发表于 2023-12-18 10:53
谢谢老师，主要我想计算部分区域，VMD刚好可以选区，那这样是不就得自己写脚本计算了

事情没那么简单。你选的区域里的粒子在模拟过程中可能中途跑出你感兴趣的区域

高章磊

我用python处理lammps的dump文件.lammpstrj得到了和你图三极为相似的结果，请问你最后是怎么将数据平滑的？