求助VMD显示模型元素问题

shiyuyang

我建模只有CHONS五种元素，用lammps做模拟，用atomsk将.xyz文件转换成.pdb文件后，VMD却自动识别了一些LI,BE,MG,F,AL元素，若按element显示，其中占比最大的棕色是AL,BE,MG，SC，MN，B,CO,CR这些元素，而不是显示的C元素，我想只显示CHONS五种颜色进行模型的元素显示，请问该怎么做呀

Uus/pMeC6H4-/キ

这不是VMD的问题，根本在于当前操作绕了很多弯路。

1. 最标准的xyz文件/extxyz文件应该用元素名而非元素序号来标记原子，而extxyz的注释行也不是所有软件都能利用，比如VMD不会读注释行的盒子信息但multiwfn可以（http://sobereva.com/477）；
2. lammps的dump指令的文档有"You can use the dump_modify element option to change the output from using the (numerical) atom type to an element name (or some other label). This option will help many visualization programs to guess bonds and colors. "这样一句提醒，也就是跑MD途中就要用dump_modify自行把元素改成用符号标记的格式；
3. 实际上VMD直接就能打开(1) lammps导出的.lammpstrj格式的文件（已包含盒子信息），(2) 标准的用元素名来标记原子的.xyz文件（不包含盒子信息），(3) 不标准的拿元素序号来标记原子的xyz文件（也不包含盒子信息）；
4. 就算真的只能在已经导出的xyz文件上修改，不清楚atomsk怎么把元素序号映射到元素名上的话，用它还不如用linux的awk等直接做文本操作修改。

shiyuyang

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-7-8 12:40
这不是VMD的问题，根本在于当前操作绕了很多弯路。

1. 最标准的xyz文件/extxyz文件应该用元素名而非元素 ...

感谢回答，.xyz文件已按照您说的加了[size=12.573px]dump_modify[size=12.573px]命令变成标准格式，再用VMD直接打开xyz文件我看好像显示就正确了，且VMD中的color→element也识别这[size=12.573px]CHONS[size=12.573px]五种颜色了，请问这样是对的吧？

Uus/pMeC6H4-/キ

shiyuyang 发表于 2025-7-8 17:12
感谢回答，.xyz文件已按照您说的加了dump_modify命令变成标准格式，再用VMD直接打开xyz文件我看好像显示 ...

不关心盒子信息的话就这样也行，如果要体现三维周期性的话，得自行从别处读取当前帧盒子的三个矢量的长度a, b, c及夹角alpha, beta, gamma，然后在VMD输入指令pbc set {a b c alpha beta gamma}定义。

其实像下面这样直接让lammps输出.lammpstrj文件也可以给VMD读取并识别元素信息（把{element_list}换成按序号排列的元素符号），也不需要像.xyz文件那样另外寻找、补充盒子信息了。

1. dump             dump1 all custom 100 traj.lammpstrj id element xu yu zu
   
2. dump_modify      dump1 sort id element {element_list}

复制代码

shiyuyang

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-7-8 17:37
不关心盒子信息的话就这样也行，如果要体现三维周期性的话，得自行从别处读取当前帧盒子的三个矢量的长度 ...

非常感谢，这个格式信息多