询问多聚体trjconv轨迹处理的-pbc mol和nojump选项的分析结果不同，应该选择哪个选项

Kiteliberator · 发表于 Post on 2025-5-20 13:49:30

本帖最后由 Kiteliberator 于 2025-5-21 14:20 编辑

（1）我的体系是二聚体，有两条肽链
（2）使用-pbc mol处理，在VMD中可以看到正常接触的二聚体(故我使用此选项观察二聚体接触变化情况)，但得到的RMSD不连续（会突然升高或者降低）。
（3）使用-pbc nojump处理，虽然VMD观察会跑出盒子外面，但RMSD连续（故我使用此选项分析rmsd）。
（4）问题：通过两种不同的选项处理轨迹，后续do_dssp进行DSSP分析的时候，结果有很大不同。
我个人觉得-pbc mol选项得到的二级结构分析结果更合理，但不知道是否正确，请求各位老师指点。
（a）mol选项二级结构结果

（b）nojump选项结果

sobereva · 发表于 Post on 2025-5-21 06:18:15

不说清楚怎么不同，别人没法回答

-pbc nojump处理后，如果从轨迹上看蛋白质结构始终完整、正常，没理由DSSP结果会有问题

Kiteliberator · 发表于 Post on 2025-5-21 14:19:42

sobereva 发表于 2025-5-21 06:18
不说清楚怎么不同，别人没法回答

-pbc nojump处理后，如果从轨迹上看蛋白质结构始终完整、正常，没理由D ...

sob老师，我把两种处理方式的结果都放上帖子了，mol选项处理之后发现两条链之间有β结构，但nojump选项没有显示。

sobereva · 发表于 Post on 2025-5-22 04:03:10

Kiteliberator 发表于 2025-5-21 14:19
sob老师，我把两种处理方式的结果都放上帖子了，mol选项处理之后发现两条链之间有β结构，但nojump选项没 ...

结合VMD显示的判断
VMD自带的timeline插件也可以得到这种图

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