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[Lammps] 水合氢离子力场及拓扑参数如何选择呢

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实验组内的DFT计算、第一性原理、MD模拟爱好者

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楼主
我的目的,是构建一个聚合物与酸溶液、碱溶液混合的体系,在lammps中弛豫平衡后,用平衡后的体系作为初始结构,再用cp2k跑酸性/碱性条件下的水解FPMD过程。
针对于经典力场下MD模拟过程,聚合物模型已经建好,酸/碱填充时,碱要么是OH-、Na+/K+,酸使用H3O+、Cl-\SO42-等。在跑MD时(哪种软件其实都无所谓)、聚合物使用gaff力场、水使用opc3,单原子离子如Na+/K+/Cl-我可以使用amber自带参数、或者使用Merz适配opc3的离子力场参数。硫酸根使用gaff结合resp2(0.5)电荷,水合氢离子怎么考虑呢,目前策略:1.使用非键点电荷模型(这种非显示的没法用于后续的FPMD).还是说,2.直接使用sobtop得到拓扑参数,计算H3O+的resp2(0.5)电荷(这种在MD中使用是不是不太严谨,但是一想,也是为了给FPMD提供体系的初始结构)。使用2可以吗,或者说有没有其他更好的方法考虑。请各位大佬提提意见
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

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发表于 Post on 2025-4-16 04:44:26 | 只看该作者 Only view this author
这种常见的微型体系文献里100%都能找到参数可用。用sobtop产生也完全可以,如果届时发现哪有不理想,再在此基础上调
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-5-8 09:49:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-16 04:44
这种常见的微型体系文献里100%都能找到参数可用。用sobtop产生也完全可以,如果届时发现哪有不理想,再在此 ...

请问卢老师水合氢离子和OH-离子力场都可以直接用sobtop生成是吗

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发表于 Post on 2025-5-9 00:21:02 | 只看该作者 Only view this author
Lisy 发表于 2025-5-8 09:49
请问卢老师水合氢离子和OH-离子力场都可以直接用sobtop生成是吗


但这些都有专门的参数,因此在sobtop产生的拓扑文件基础上改成专门的参数更好。例如JCP上刚有一篇新的水合氢离子的参数文章,里面的原子电荷用的是我提出的ADCH电荷乘了0.85因子
https://pubs.aip.org/aip/jcp/art ... force-field-A-rigid
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发表于 Post on 2025-5-11 23:28:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-9 00:21

但这些都有专门的参数,因此在sobtop产生的拓扑文件基础上改成专门的参数更好。例如JCP上刚有一篇新 ...

好的,非常感谢卢老师!

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发表于 Post on 2025-5-21 17:17:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-9 00:21

但这些都有专门的参数,因此在sobtop产生的拓扑文件基础上改成专门的参数更好。例如JCP上刚有一篇新 ...

卢老师,请问这篇文献用的这个水合氢离子的力场和GAFF力场兼容吗?我的体系还包含其他小分子和离子,其他的我想用GAFF力场

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发表于 Post on 2025-5-22 03:51:33 | 只看该作者 Only view this author
Lisy 发表于 2025-5-21 17:17
卢老师,请问这篇文献用的这个水合氢离子的力场和GAFF力场兼容吗?我的体系还包含其他小分子和离子,其他 ...

应该兼容
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发表于 Post on 2025-5-22 14:36:34 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢!

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