IRI分析锯齿情况处理求助

l1234 · 发表于 Post on 2025-5-30 19:39:53

本帖最后由 l1234 于 2025-5-30 20:13 编辑

各位老师好，请问在用IRI表征二聚体之间的相互作用时，除了减小格点间距来减小锯齿外还有什么方法吗？或者格点间距设为多少合适？我的体系二聚体分子在50个左右，表征出来的图像锯齿情况十分严重，于是我减小格点间距到0.07或是0.06，还是有锯齿但情况有所好转，但用VMD进行可视化时总是闪退或者相互作用处为深黑色，这种情况该如何解决呢？
第一幅图VMD表征相互作用为黑色，第二幅图格点间距为0.07放大后仍有锯齿。

sobereva · 发表于 Post on 2025-5-30 20:08:52

格点间距用到0.15 Bohr通常锯齿就很小了，0.1 Bohr时锯齿可以忽略不计。“0.7或是0.6”完全是开玩笑。格点间距的选用在下文的综述里说了
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表！
http://sobereva.com/667（http://bbs.keinsci.com/thread-37629-1-1.html）

黑色说明格点数据没正常载入，往往因为32bit VMD内存限制所致。改用本论坛里VMD 1.9.3 64bit版本再试

l1234 · 发表于 Post on 2025-5-30 20:12:08

sobereva 发表于 2025-5-30 20:08
格点间距用到0.15 Bohr通常锯齿就很小了，0.1 Bohr时锯齿可以忽略不计。“0.7或是0.6”完全是开玩笑。[/bac ...

十分感谢老师的回复，打的时候太匆忙是0.07（0.06）

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