伞状抽样 PMF处理时， wham读取文件失败

17865328994 · 发表于 Post on 2021-6-28 11:43:40

gmx wham -it tpr-files.dat -if pullf-files.dat -o -hist -unit kCal（tpr-files.dat已经包含每个窗口的tpr文件名字， pullf-files.dat已经包含每个窗口的xvg文件名字）

当我在运行以上命令进行wham处理时，出现所下图问题，似乎是这些文件类型不能被识别，经过网上搜索以及文件检查，都没有找到合适的解决办法所以请相关老师给予指导，本人在此表示衷心的感谢！

17865328994 · 发表于 Post on 2021-6-29 17:14:56

本帖最后由 17865328994 于 2021-7-1 12:40 编辑

请老师给予指导，可能我的问题说的不太清楚，如有不清楚的地方，还请老师点出来，不知道是不是版本的问题，这几天一直在弄，但是还是没有解决

liuxdhs · 发表于 Post on 2021-7-3 11:02:28

17865328994 发表于 2021-6-29 17:14
请老师给予指导，可能我的问题说的不太清楚，如有不清楚的地方，还请老师点出来，不知道是不是版本的问题， ...

看一下你的dat文件是不是用的unix格式，如果不是，用Unix2dox转换一下

17865328994 · 发表于 Post on 2021-7-4 14:42:32

liuxdhs 发表于 2021-7-3 11:02
看一下你的dat文件是不是用的unix格式，如果不是，用Unix2dox转换一下

谢谢老师，是这个问题，解决了

动力学 · 发表于 Post on 2021-8-9 10:27:59

楼主你好是用的 unix2dox 转换还是unix2dos 呀另外能不能麻烦您把整个命令发一下呀

多谢啦

动力学 · 发表于 Post on 2021-8-9 10:48:18

17865328994 发表于 2021-7-4 14:42
谢谢老师，是这个问题，解决了

能不能借用一下您的
dat文件呀

HNUST · 发表于 Post on 2025-6-4 07:50:41

问题应该是最后一行多了一个回车，也就多了一行，直接手动删了就ok

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[GROMACS] 伞状抽样 PMF处理时， wham读取文件失败