gromacs,运行gmx mdrun -v -deffnm nvt，得不出结果，请问我该怎么办

张玉飞 · 发表于 Post on 2023-12-1 15:28:33

各位大佬，初次学习有不懂的地方，实在不知道怎么搞，只能求助大家了，我的是分子对接结果，一个蛋白，一个小分子去做的，
运行完：gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr，可以得到nvt.tpr文件，但是运行下一步就会出现

请问怎么解决，附件是用的几个map文件，望各位大佬了解一下，

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-12-1 16:15:26

你图里的内容似乎不是报错信息，只是因为你设置了多个energy group导致GPU加速用不了而已。如果你想用GPU，把所有mdp文件的energygrps按如下修改就行。
energygrps =system

张玉飞 · 发表于 Post on 2023-12-1 16:42:55

Lacrimosa 发表于 2023-12-1 16:15
你图里的内容似乎不是报错信息，只是因为你设置了多个energy group导致GPU加速用不了而已。如果你想用GPU， ...

感谢感谢，感谢回复，我修改了一下参数，GPU 哪里可以了，不过还是有点问题出现
Command line:
gmx mdrun -v -deffnm nvt

Reading file nvt.tpr, VERSION 2023.3 (single precision)
Changing nstlist from 10 to 50, rlist from 1 to 1.107

Update groups can not be used for this system because atoms that are (in)directly constrained together are interdispersed with other atoms

Using 1 MPI thread
Using 4 OpenMP threads

C:\gmx2023\bin\1201>
不知道您有见过没

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-12-1 19:09:18

张玉飞发表于 2023-12-1 16:42
感谢感谢，感谢回复，我修改了一下参数，GPU 哪里可以了，不过还是有点问题出现
Command line:
gmx m ...

这个问题我不太了解

张玉飞 · 发表于 Post on 2023-12-1 20:51:17

Lacrimosa 发表于 2023-12-1 19:09
这个问题我不太了解

嗯嗯，感谢，

小马仙人 · 发表于 Post on 2025-6-5 02:29:27

请问下您最后解决了吗，我也出现这样的问题了

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[GROMACS] gromacs,运行gmx mdrun -v -deffnm nvt，得不出结果，请问我该怎么办