gmx sham自由能貌图的绘制问题，没有gibbs.xpm

lxhpdx · 发表于 Post on 2025-6-8 21:53:48

在获得pc1和pc2的2d.xvg之后，使用以下命令处理

gmx sham -f 2d.xvg -ls gibbs.xpm -ngrid 200 200 200 -nlevels 100
但是输出结果只有bindex.ndx,shamlog.log,ener.xvg,并没有gibbs.xpm文件，这是什么原因呢

13277552957 · 发表于 Post on 2025-6-9 19:54:30

首先确保2d.xvg文件整合正确，只有三列数据，然后使用这行命令
gmx sham -f 2d.xvg -ls gibbs.xpm -nlevels 100

喵星大佬 · 发表于 Post on 2025-6-10 02:39:19

你要正确设置你的作图范围

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[GROMACS] gmx sham自由能貌图的绘制问题，没有gibbs.xpm